| 摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-14页 |
| 符号说明 | 第14-21页 |
| 第一章 文献综述 | 第21-45页 |
| ·食品安全与食源性致病细菌 | 第21-25页 |
| ·沙门氏菌 | 第21-22页 |
| ·单核细胞增生李斯特菌 | 第22-23页 |
| ·副溶血弧菌 | 第23-24页 |
| ·金黄色葡萄球菌 | 第24-25页 |
| ·基于核酸序列的食源性致病细菌分子检测方法 | 第25-29页 |
| ·聚合酶链式反应检测技术 | 第25-27页 |
| ·环介导等温核酸扩增技术 | 第27页 |
| ·连接酶扩增反应 | 第27-28页 |
| ·基因芯片检测技术 | 第28-29页 |
| ·食源性致病细菌进化与基因水平迁移 | 第29-38页 |
| ·微生物进化与基因水平迁移 | 第29-33页 |
| ·大肠杆菌0157：H7 进化与基因水平迁移 | 第33-35页 |
| ·沙门氏菌进化与基因水平迁移 | 第35-38页 |
| ·食源性致病菌比较基因组学工具 | 第38-42页 |
| ·BLAST 基本局部比对搜索工具 | 第39-40页 |
| ·FASTA 数据库相似性搜索程序 | 第40页 |
| ·Blat 类BLAST 比对工具 | 第40页 |
| ·Clustal 多序列比对程序 | 第40-41页 |
| ·Blastz 序列比对工具 | 第41-42页 |
| ·GenePlot 相互同源性蛋白比较 | 第42页 |
| ·TaxPlot 三向同源性蛋白比较 | 第42页 |
| ·研究目标及思路 | 第42-45页 |
| 第二章 特异性靶点发掘系统SMM-system 构建 | 第45-62页 |
| ·材料与方法 | 第46-51页 |
| ·软件工具 | 第46-47页 |
| ·SMM-system 软件设计流程 | 第47-49页 |
| ·本地基因组数据库构建 | 第49页 |
| ·目标菌基因组切割 | 第49-50页 |
| ·BLASTN 自动比对 | 第50页 |
| ·目标序列筛选 | 第50-51页 |
| ·结果与分析 | 第51-59页 |
| ·SMM-system 软件界面 | 第51页 |
| ·SMM-system 软件功能模块 | 第51-56页 |
| ·SMM-system 软件使用说明 | 第56-59页 |
| ·小结与讨论 | 第59-62页 |
| 第三章 副溶血弧菌irgB 基因特异性评价与多重PCR 体系构建 | 第62-83页 |
| ·材料与方法 | 第63-71页 |
| ·主要试剂 | 第63-64页 |
| ·主要培养基配制 | 第64-65页 |
| ·主要仪器设备 | 第65页 |
| ·供试菌株 | 第65-67页 |
| ·DNA 提取及纯度鉴定 | 第67-68页 |
| ·副溶血弧菌特异性靶点发掘 | 第68-69页 |
| ·引物设计与合成 | 第69-70页 |
| ·PCR 扩增 | 第70页 |
| ·PCR 灵敏度评价 | 第70页 |
| ·多重PCR 扩增 | 第70-71页 |
| ·结果与分析 | 第71-80页 |
| ·副溶血弧菌特异性靶点发掘 | 第71-73页 |
| ·靶向irgB 基因的PCR 引物特异性评价 | 第73-75页 |
| ·靶向irgB 基因的PCR 引物灵敏度评价 | 第75-76页 |
| ·多重PCR 体系扩增 | 第76-77页 |
| ·多重PCR 体系评价 | 第77-80页 |
| ·小结与讨论 | 第80-83页 |
| 第四章 沙门氏菌特异性靶点发掘与PCR 评价 | 第83-103页 |
| ·材料与方法 | 第84-95页 |
| ·主要试剂 | 第84-85页 |
| ·主要培养基的配制 | 第85页 |
| ·仪器设备 | 第85-86页 |
| ·供试菌株 | 第86-89页 |
| ·测试菌株DNA 提取 | 第89页 |
| ·基因组数据资源 | 第89-90页 |
| ·沙门氏菌特异性靶点发掘 | 第90-92页 |
| ·引物设计与合成 | 第92-93页 |
| ·PCR 扩增 | 第93页 |
| ·人工污染牛奶样品检测 | 第93-94页 |
| ·多重PCR 扩增 | 第94-95页 |
| ·结果与分析 | 第95-99页 |
| ·沙门氏菌特异性靶点挖掘 | 第95-96页 |
| ·靶标引物特异性评价 | 第96-98页 |
| ·人工污染牛奶样品检测 | 第98-99页 |
| ·小结与讨论 | 第99-103页 |
| 第五章 食源性致病细菌特异性靶点数据库SMDB 构建 | 第103-128页 |
| ·材料与方法 | 第104-117页 |
| ·数据来源 | 第104-111页 |
| ·食源性致病细菌特异性靶点发掘 | 第111-112页 |
| ·食源性疾病信息 | 第112-113页 |
| ·食源性致病细菌信息 | 第113-114页 |
| ·食源性致病细菌特异性靶点信息 | 第114-115页 |
| ·SMDB 数据库构建 | 第115-117页 |
| ·结果与分析 | 第117-125页 |
| ·食源性致病细菌特异性靶点信息检索 | 第118-120页 |
| ·食源性病原菌信息检索 | 第120-121页 |
| ·食源性疾病信息检索 | 第121-122页 |
| ·SMDB 数据库导航 | 第122-125页 |
| ·小结与讨论 | 第125-128页 |
| 第六章 主要结论与创新性 | 第128-130页 |
| ·主要结论 | 第128页 |
| ·创新性 | 第128-129页 |
| ·展望 | 第129-130页 |
| 参考文献 | 第130-157页 |
| 附录 | 第157-179页 |
| 附录1 SMM-system 软件源代码 | 第157-179页 |
| 附录1.1 SMM-system 基因组合并模块源代码 | 第157-163页 |
| 附录1.2 SMM-system 数据库格式化模块源代码 | 第163-164页 |
| 附录1.3 SMM-system 基因组切割模块源代码 | 第164-167页 |
| 附录1.4 SMM-system 自动比对模块源代码 | 第167-170页 |
| 附录1.5 SMM-system 筛选模块源代码 | 第170-179页 |
| 致谢 | 第179-180页 |
| 攻读博士学位期间已发表或正整理的学术论文 | 第180-183页 |
