| 摘要 | 第1-10页 |
| ABSTRACT | 第10-18页 |
| 第一章 文献综述 | 第18-62页 |
| 引言 | 第18页 |
| ·结直肠癌的研究现状 | 第18-26页 |
| ·结直肠癌概述 | 第18-21页 |
| ·结直肠癌的发生和发展 | 第21-23页 |
| ·与结直肠癌发病相关的因素 | 第23-26页 |
| ·肠道菌群与人体健康关系的研究 | 第26-45页 |
| ·肠道菌群的组成 | 第27-28页 |
| ·肠道菌群与宿主（人体）的相互作用 | 第28-35页 |
| ·肠道菌群结构与功能的研究方法 | 第35-40页 |
| ·多变量统计学在肠道菌群与健康相关研究中的应用 | 第40-45页 |
| ·结直肠癌与肠道菌群关系的研究进展 | 第45-51页 |
| ·促进结直肠癌发生的共生菌及其代谢物 | 第45-47页 |
| ·抑制结直肠癌发生的共生菌及其代谢物 | 第47-49页 |
| ·结直肠癌患者/高危人群的肠道菌群组成 | 第49页 |
| ·益生菌/益生元对结直肠癌的预防和治疗作用 | 第49-51页 |
| ·小结 | 第51页 |
| 参考文献 | 第51-62页 |
| 第二章 结肠癌癌前病变过程中大鼠肠道菌群结构的动态分析 | 第62-92页 |
| 摘要 | 第62-64页 |
| ABSTRACT | 第64-66页 |
| 引言 | 第66-67页 |
| ·材料与方法 | 第67-74页 |
| ·动物和采样 | 第67-68页 |
| ·动物解剖及异常隐窝病灶（ACF）的测定 | 第68页 |
| ·粪便样本总DNA 的提取 | 第68-69页 |
| ·16S rRNA 基因全长扩增和V3 区片段扩增 | 第69-70页 |
| ·DNA 指纹图谱分析 | 第70-71页 |
| ·454 测序及序列分析 | 第71-73页 |
| ·多变量统计分析 | 第73-74页 |
| ·重要OTU 代表序列的登录号 | 第74页 |
| ·实验结果 | 第74-85页 |
| ·大鼠健康状况监测和结肠ACF 计数 | 第74页 |
| ·大鼠肠道菌群结构的动态监测 | 第74-80页 |
| ·与两组大鼠肠道菌群结构差异密切相关的细菌种类的鉴定 | 第80-81页 |
| ·454 测序与DGGE 结果的比较 | 第81-85页 |
| ·讨论 | 第85-87页 |
| ·本章小结与展望 | 第87-88页 |
| 参考文献 | 第88-92页 |
| 第三章 结直肠癌患者和健康人肠道菌群结构差异的比较研究 | 第92-136页 |
| 摘要 | 第92-94页 |
| ABSTRACT | 第94-96页 |
| 引言 | 第96-97页 |
| ·材料与方法 | 第97-103页 |
| ·志愿者招募及采样 | 第97-98页 |
| ·DNA 提取 | 第98页 |
| ·16S rRNA 基因V3 高变区片段扩增和454 测序 | 第98页 |
| ·生物信息学和统计分析 | 第98-101页 |
| ·实时定量PCR | 第101-103页 |
| ·核酸登录号 | 第103页 |
| ·实验结果 | 第103-118页 |
| ·序列多样性分析 | 第103-106页 |
| ·结直肠癌患者和健康人肠道菌群在门水平上的比较 | 第106-108页 |
| ·结直肠癌患者和健康人肠道菌群在门以下水平上的比较 | 第108-112页 |
| ·实时定量PCR 结果 | 第112页 |
| ·结直肠癌患者与健康人肠道菌群整体结构的差异 | 第112-115页 |
| ·和两组人群肠道菌群结构差异显著相关的细菌种类鉴定 | 第115-118页 |
| ·讨论 | 第118-121页 |
| ·本章小结与展望 | 第121-123页 |
| 参考文献 | 第123-136页 |
| 本论文的创新性 | 第136-137页 |
| 附录1 一种基于荧光检测的rDNA 限制性片段分析方法的建立及其在检测微生物群落结构变化方面的应用 | 第137-166页 |
| 附录2 人粪便分离菌株Enterococcus spp.的体外培养和转录组学测序cDNA 样品制备方法的建立 | 第166-198页 |
| 附录3 缩写及全名 | 第198-200页 |
| 附录4 通用溶液及培养基配方 | 第200-201页 |
| 附录5 仪器设备 | 第201-202页 |
| 致谢 | 第202-204页 |
| 学术论文、专利和参与的科研课题 | 第204-205页 |
