| 内容提要 | 第1-7页 |
| 第一章 绪论 | 第7-33页 |
| ·人工生命 | 第7-19页 |
| ·复杂适应性系统 | 第8-9页 |
| ·人工生命的产生 | 第9-12页 |
| ·人工生命的研究内容 | 第12-15页 |
| ·人工生命的研究方法 | 第15-16页 |
| ·人工生命的基本思想与基础理论 | 第16-19页 |
| ·人工生命的研究意义 | 第19页 |
| ·电子细胞 | 第19-29页 |
| ·电子细胞的产生与发展 | 第20-22页 |
| ·电子细胞的研究内容 | 第22-24页 |
| ·电子细胞的构建过程 | 第24-25页 |
| ·现有电子细胞模型 | 第25-28页 |
| ·电子细胞的研究意义 | 第28-29页 |
| ·本文工作 | 第29-33页 |
| 第二章 Analog-Cell电子细胞模型的建立 | 第33-56页 |
| ·基因表达 | 第33-37页 |
| ·DNA转录为mRNA | 第34-35页 |
| ·mRNA翻译为多肽链 | 第35页 |
| ·mRNA的降解 | 第35-37页 |
| ·Analog-Cell的建模设计 | 第37-51页 |
| ·总体设计 | 第37页 |
| ·反应物 | 第37-40页 |
| ·基因序列 | 第40页 |
| ·反应规则 | 第40-41页 |
| ·酶促聚合反应 | 第41-45页 |
| ·三联体密码子的识别 | 第45-47页 |
| ·降解反应 | 第47页 |
| ·基于并发约束的随机模型 | 第47-51页 |
| ·模拟结果 | 第51-55页 |
| ·小结 | 第55-56页 |
| 第三章 Analog-Cell中的基因表达调控 | 第56-78页 |
| ·基因表达调控 | 第56-61页 |
| ·“一级”调控 | 第56-59页 |
| ·“二级”调控 | 第59-61页 |
| ·Analog-Cell模拟的基因表达调控 | 第61-74页 |
| ·调节因子和酶 | 第61-63页 |
| ·DNA的解螺旋 | 第63-64页 |
| ·转录水平的调控 | 第64-66页 |
| ·氨酰化反应 | 第66-68页 |
| ·翻译起始的调控 | 第68-70页 |
| ·翻译延伸的调控 | 第70-72页 |
| ·翻译终止的调控 | 第72-74页 |
| ·模拟结果 | 第74-77页 |
| ·小结 | 第77-78页 |
| 第四章 Analog-Cell中启动子的检测和基因突变 | 第78-89页 |
| ·启动子的检测 | 第78-83页 |
| ·真核生物的启动子 | 第78-79页 |
| ·位置权值矩阵 | 第79-80页 |
| ·Analog-Cell中启动子的检测 | 第80-83页 |
| ·基因突变 | 第83-87页 |
| ·基因突变概述 | 第83-86页 |
| ·Analog-Cell模拟的基因突变 | 第86-87页 |
| ·小结 | 第87-89页 |
| 第五章 结论与展望 | 第89-93页 |
| 参考文献 | 第93-100页 |
| 作者读博士期间完成的论文与参加的科研项目 | 第100-101页 |
| 摘要 | 第101-105页 |
| Abstract | 第105-111页 |
| 致谢 | 第111页 |