| 论文提要 | 第1-10页 |
| 第一章 绪论 | 第10-22页 |
| ·蛋白质的组成及其结构 | 第10-13页 |
| ·蛋白质结构的实验测定及理论预测 | 第13-14页 |
| ·蛋白质结构预测的发展及现有方法 | 第14-16页 |
| ·蛋白质的功能 | 第16-18页 |
| ·酶的催化反应机理的理论研究 | 第18-21页 |
| ·论文内容 | 第21-22页 |
| 第二章 理论计算方法简介 | 第22-58页 |
| ·同源模建 | 第22-35页 |
| ·序列比对 | 第23-27页 |
| ·建立模型 | 第27-35页 |
| ·分子动力学模拟 | 第35-48页 |
| ·力场 | 第35-38页 |
| ·Born-Oppenheimer 近似 | 第35-37页 |
| ·力场的组成和定义 | 第37页 |
| ·能量表示 | 第37-38页 |
| ·力场参数化 | 第38页 |
| ·分子力学 | 第38-42页 |
| ·优化的概念 | 第39页 |
| ·优化算法 | 第39-40页 |
| ·优化中要注意的几点 | 第40-42页 |
| ·分子动力学 | 第42-48页 |
| ·积分算法 | 第43-45页 |
| ·微正则系综的分子动力学 | 第45-47页 |
| ·正则系综的分子动力学 | 第47-48页 |
| ·分子对接方法 | 第48-52页 |
| ·分子对接的理论基础 | 第49-50页 |
| ·分子对接方法的分类 | 第50-52页 |
| ·量子化学方法 | 第52-58页 |
| ·量子化学从头算理论 | 第52-54页 |
| ·密度泛函理论 | 第54-55页 |
| ·势能面及几何构型优化 | 第55-58页 |
| 第三章 细胞色素P450酶与几类药物相互作用的理论研究 | 第58-92页 |
| ·CYP2C9 和CYP2C19 代谢格列奇特(gliclazide)的理论研究 | 第58-73页 |
| ·引言 | 第58-59页 |
| ·理论方法和步骤 | 第59-61页 |
| ·构建CYP2C19 的三维结构模型 | 第59-60页 |
| ·柔性对接 | 第60-61页 |
| ·结果与讨论 | 第61-71页 |
| ·CYP2C19 的三维结构模建 | 第61-63页 |
| ·格列奇特与CYP2C9 的对接研究 | 第63-66页 |
| ·格列奇特与CYP2C19 的对接研究 | 第66-68页 |
| ·底物抑制现象 | 第68-71页 |
| ·小结 | 第71-73页 |
| ·原人参萜二醇20(S)-Protopanaxadiol (PPD)与人参皂甙Ginsenoside Rh2 对CYP2C9 和CYP3A4 抑制作用的理论研究 | 第73-82页 |
| ·引言 | 第73页 |
| ·理论与方法 | 第73-75页 |
| ·结合位点分析 | 第74页 |
| ·柔性分子对接 | 第74-75页 |
| ·Ludi 得分 | 第75页 |
| ·结果与讨论 | 第75-81页 |
| ·确定结合位点 | 第75-76页 |
| ·PPD 与CYP2C9 和CYP3A4 的对接 | 第76-78页 |
| ·Rh2 与CYP2C9 和CYP3A4 的对接 | 第78-81页 |
| ·小结 | 第81-82页 |
| ·CYP2C9 和 CYP2D6 与艾瑞昔布(Imrecoxib)的亲和力的理论研究 | 第82-90页 |
| ·引言 | 第82-83页 |
| ·理论与方法 | 第83-84页 |
| ·Binding-site 分析 | 第83-84页 |
| ·柔性分子对接 | 第84页 |
| ·结果与讨论 | 第84-89页 |
| ·确定底物结合区域 | 第84页 |
| ·对接研究 | 第84-89页 |
| ·艾瑞昔布与CYP2C9 的对接 | 第85-86页 |
| ·艾瑞昔布与CYP2D6 的对接 | 第86-87页 |
| ·艾瑞昔布与CYP2C9 和CYP2D6 之间亲和力的差别 | 第87-89页 |
| ·小结 | 第89-90页 |
| ·本章小结 | 第90-92页 |
| 第四章 人类光感受器视黄醛脱氢酶(hRDH8)三维结构及催化反应机理的理论研究 | 第92-104页 |
| ·引言 | 第92-93页 |
| ·计算方法 | 第93-94页 |
| ·结果和讨论 | 第94-101页 |
| ·同源模建及分子对接研究 | 第94-96页 |
| ·hRDH8 的催化反应机理 | 第96-101页 |
| ·本章小结 | 第101-104页 |
| 第五章 两类抑制剂对胆碱酯酶的抑制机理的理论研究 | 第104-126页 |
| ·氨基甲酸酯类化合物对胆碱酯酶的抑制机理的理论研究 | 第104-112页 |
| ·引言 | 第104页 |
| ·计算方法 | 第104-105页 |
| ·结果与讨论 | 第105-111页 |
| ·路径A | 第106-108页 |
| ·路径B | 第108-111页 |
| ·小结 | 第111-112页 |
| ·丙胺氟磷对丁酰胆碱酯酶的抑制机理的理论研究 | 第112-126页 |
| ·引言 | 第112-113页 |
| ·计算方法 | 第113-114页 |
| ·结果与讨论 | 第114-125页 |
| ·磷酸化反应 | 第114-121页 |
| ·老化反应机理 | 第121-125页 |
| ·小结 | 第125-126页 |
| 参考文献 | 第126-152页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文 | 第152-153页 |
| 论文摘要 | 第153-155页 |
| Abstract | 第155-161页 |
| 致谢 | 第161页 |
