基于PCF的拷贝数预处理系统的设计与实现
| 摘要 | 第4-5页 |
| abstract | 第5-6页 |
| 第1章 绪论 | 第9-19页 |
| 1.1 课题来源 | 第9页 |
| 1.2 研究背景和意义 | 第9-11页 |
| 1.3 国内外研究现状 | 第11-16页 |
| 1.3.1 拷贝数研究的发展与现状 | 第11-14页 |
| 1.3.2 生物信息技术的发展与现状 | 第14页 |
| 1.3.3 Spark技术的发展与现状 | 第14-16页 |
| 1.4 主要研究内容及技术路线 | 第16-17页 |
| 1.5 本文的组织结构 | 第17-19页 |
| 第2章 拷贝数预处理整体框架 | 第19-35页 |
| 2.1 拷贝数及预处理流程 | 第19-22页 |
| 2.2 K-Means基因分型 | 第22-25页 |
| 2.3 平衡位点的提取及实现 | 第25-29页 |
| 2.3.1 相关系数计算 | 第25-27页 |
| 2.3.2 基于经验分布的累积分布函数的改进 | 第27-28页 |
| 2.3.3 直方图求AB平衡区间 | 第28-29页 |
| 2.4 拷贝数基线提取及标准化实现 | 第29-32页 |
| 2.5 拷贝数分类 | 第32-34页 |
| 2.6 本章小结 | 第34-35页 |
| 第3章 分段算法实现及对比 | 第35-54页 |
| 3.1 HMM分段算法及实现 | 第35-37页 |
| 3.2 递归分段算法及实现 | 第37-41页 |
| 3.3 Lasso分段算法及实现 | 第41-43页 |
| 3.4 PCF分段算法及实现 | 第43-46页 |
| 3.5 分段算法对比 | 第46-53页 |
| 3.5.1 仿真数据设计 | 第47-49页 |
| 3.5.2 分段结果对比分析 | 第49-53页 |
| 3.6 本章小结 | 第53-54页 |
| 第4章 预处理系统实现与结果分析 | 第54-68页 |
| 4.1 Spark分布式框架及算法实现 | 第54-57页 |
| 4.1.1 Spark运行构架 | 第54-55页 |
| 4.1.2 Spark编程模型 | 第55-57页 |
| 4.2 预处理系统的总体实现 | 第57-64页 |
| 4.3 整体结果分析与对比 | 第64-65页 |
| 4.4 卵巢癌的个案研究 | 第65-67页 |
| 4.5 本章小结 | 第67-68页 |
| 第5章 总结与展望 | 第68-71页 |
| 5.1 论文总结 | 第68-69页 |
| 5.2 研究展望 | 第69-71页 |
| 致谢 | 第71-72页 |
| 参考文献 | 第72-75页 |
| 攻读硕士学位期间的学术成果 | 第75页 |
