| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-12页 |
| 英文缩略词表 | 第13-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-49页 |
| 1 丹参研究进展 | 第14-19页 |
| 1.1 丹参概述 | 第14页 |
| 1.1.1 丹参植物形态 | 第14页 |
| 1.1.2 丹参化学成分 | 第14页 |
| 1.1.3 丹参药理作用 | 第14页 |
| 1.2 丹参分子生物学研究进展 | 第14-19页 |
| 1.2.1 丹参组学研究进展 | 第15-16页 |
| 1.2.2 丹参基因家族研究进展 | 第16-17页 |
| 1.2.3 丹参基因功能验证 | 第17-19页 |
| 2 表观遗传与表观调控 | 第19页 |
| 3 DNA甲基化 | 第19-30页 |
| 3.1 DNA甲基化模式 | 第19-20页 |
| 3.2 从头甲基化 | 第20-22页 |
| 3.3 DNA甲基化的维持 | 第22-23页 |
| 3.4 DNA甲基化的去除 | 第23-24页 |
| 3.5 DNA甲基化的分析技术 | 第24-28页 |
| 3.5.1 特定位点的甲基化检测技术 | 第24-25页 |
| 3.5.2 基因组范围的甲基化检测技术 | 第25-28页 |
| 3.6 DNA甲基化的生物学功能 | 第28-29页 |
| 3.7 DNA甲基转移酶与去甲基化酶 | 第29页 |
| 3.8 药用植物DNA甲基化的研究进展 | 第29-30页 |
| 4 CRSPR/Cas9基因组编辑系统 | 第30-33页 |
| 4.1 基因组编辑技术概述 | 第30-31页 |
| 4.2 CRISPR/Cas9的技术原理 | 第31页 |
| 4.3 CRISPR/Cas9在植物基因组编辑中的应用 | 第31-32页 |
| 4.4 CRISPR/Cas9基因打靶的检测方法 | 第32-33页 |
| 5 本研究的目的和意义 | 第33-34页 |
| 6 参考文献 | 第34-49页 |
| 第二章 丹参全基因组范围的DNA甲基化谱 | 第49-75页 |
| 1 实验材料 | 第49页 |
| 2 实验方法 | 第49-50页 |
| 2.1 基因组DNA提取 | 第49-50页 |
| 2.2 亚硫酸盐测序文库的构建和质检 | 第50页 |
| 2.3 上机测序 | 第50页 |
| 3 DNA甲基化测序数据分析 | 第50-52页 |
| 3.1 测序reads的质控 | 第50-51页 |
| 3.2 序列比对和甲基化位点的提取 | 第51页 |
| 3.3 甲基化水平分析 | 第51页 |
| 3.4 DMR相关基因的功能注释 | 第51-52页 |
| 3.5 5Aza-dC处理丹参毛状根和HPLC分析 | 第52页 |
| 4 结果 | 第52-70页 |
| 4.1 丹参组织间的DNA甲基化比较分析 | 第52-54页 |
| 4.2 基因和重复区域的DNA甲基化模式 | 第54-56页 |
| 4.3 DNA甲基化差异分析 | 第56-59页 |
| 4.4 DMR相关基因的GO功能分析 | 第59-61页 |
| 4.5 DMR相关基因的KEGG富集分析 | 第61-68页 |
| 4.6 DNA甲基化参与丹参酮的生物合成 | 第68-70页 |
| 5 讨论 | 第70-72页 |
| 6 参考文献 | 第72-75页 |
| 第三章 丹参SMC5-MTASE基因的鉴定和分析 | 第75-97页 |
| 1 实验材料 | 第75页 |
| 2 实验方法 | 第75-78页 |
| 2.1 SmC5-MTase基因鉴定 | 第75页 |
| 2.2 基因结构检测,蛋白序列分析和进化树构建 | 第75页 |
| 2.3 丹参RNA的提取 | 第75-76页 |
| 2.4 cDNA的合成 | 第76-77页 |
| 2.5 荧光定量PCR引物设计 | 第77页 |
| 2.6 荧光定量PCR | 第77-78页 |
| 2.7 RNA-seq数据和生物信息学分析 | 第78页 |
| 3 结果 | 第78-92页 |
| 3.1 SmC5-MTase基因的鉴定和序列特征 | 第78-81页 |
| 3.2 序列比对和保守基序 | 第81-87页 |
| 3.3 丹参和其它植物中C5-MTase的进化分析 | 第87-88页 |
| 3.4 丹参C5-MTase基因家族的组织特异性表达 | 第88-90页 |
| 3.5 SmC5-MTse对酵母提取物和茉莉酸甲酯的响应 | 第90-91页 |
| 3.6 水杨酸响应SmC5-MTase | 第91-92页 |
| 4 讨论 | 第92-94页 |
| 5 参考文献 | 第94-97页 |
| 第四章 丹参DML基因的鉴定和分析 | 第97-135页 |
| 1 实验材料 | 第97页 |
| 2 实验方法 | 第97-104页 |
| 2.1 SmDML基因鉴定 | 第97页 |
| 2.2 基因结构和蛋白序列分析 | 第97页 |
| 2.3 进化分析 | 第97-99页 |
| 2.4 RNA提取 | 第99页 |
| 2.5 cDNA合成 | 第99-100页 |
| 2.6 SmDML荧光定量PCR引物设计 | 第100页 |
| 2.7 荧光定量PCR | 第100页 |
| 2.8 microRNA提取 | 第100-101页 |
| 2.9 microRNA的反转录和表达分析 | 第101页 |
| 2.10 RNA-Seq数据和生物信息学分析 | 第101-102页 |
| 2.11 潜在靶向SmDML基因的miRNA鉴定 | 第102页 |
| 2.12 miR7972介导的切割验证 | 第102页 |
| 2.13 唇形亚纲MIR7972基因的鉴定 | 第102-104页 |
| 3 实验结果 | 第104-128页 |
| 3.1 SmDML的鉴定和比较分析 | 第104-106页 |
| 3.2 DML的保守结构域和基序 | 第106-112页 |
| 3.3 DML蛋白的进化分析 | 第112-114页 |
| 3.4 SmDML的差异表达 | 第114-116页 |
| 3.5 SmDML基因响应5Aza-dC的表达模式 | 第116-117页 |
| 3.6 miRNA介导的SmDML1的转录后调控 | 第117-120页 |
| 3.7 MIR7972基因的进化 | 第120-128页 |
| 4 讨论 | 第128-130页 |
| 5 参考文献 | 第130-135页 |
| 第五章 利用CRISPR/CAS9系统定点敲除SMMET1和SMDML3基因的研究 | 第135-148页 |
| 1 实验材料 | 第135页 |
| 1.1 菌株与载体 | 第135页 |
| 1.2 各种生化试剂与酶 | 第135页 |
| 2 实验方法 | 第135-141页 |
| 2.1 引物设计 | 第135-136页 |
| 2.2 PCR扩增和电泳切胶回收 | 第136-137页 |
| 2.3 CRISPR/Cas9载体的构建 | 第137页 |
| 2.4 阳性克隆鉴定 | 第137-138页 |
| 2.5 转化GV3101农杆菌感受态细胞 | 第138页 |
| 2.6 转化丹参 | 第138页 |
| 2.7 获得再生丹参苗 | 第138页 |
| 2.8 筛选鉴定突变植株 | 第138-141页 |
| 3 结果 | 第141-145页 |
| 3.1 打靶基因的确定 | 第141页 |
| 3.2 靶点的选择 | 第141-142页 |
| 3.3 含有两个sgRNA表达框的双元载体的构建 | 第142页 |
| 3.4 双元载体转化GV3101农杆菌感受态 | 第142页 |
| 3.5 突变类型的鉴定 | 第142-145页 |
| 4 讨论 | 第145-146页 |
| 5 参考文献 | 第146-148页 |
| 第六章 结论与展望 | 第148-150页 |
| 1 结论 | 第148-149页 |
| 2 展望 | 第149-150页 |
| 致谢 | 第150-151页 |
| 个人简历 | 第151页 |
