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蔗糖诱导马铃薯(S.tuberosum L.)试管薯形成的转录组分析与关键基因筛选

摘要第7-9页
Abstract第9-10页
缩略词表第11-12页
第一章 前言第12-34页
    1.1 马铃薯及其产业概述第12-16页
        1.1.1 马铃薯的起源和分布第12页
        1.1.2 马铃薯的种植情况第12-13页
        1.1.3 马铃薯的营养价值第13-15页
        1.1.4 马铃薯的经济价值第15-16页
        1.1.5 马铃薯产业链第16页
    1.2 马铃薯块茎的发育第16-19页
        1.2.1 匍匐茎的形成和生长第18页
        1.2.2 块茎形成第18-19页
    1.3 马铃薯块茎的发育调控第19-28页
        1.3.1 激素对马铃薯块茎发育的调控第19-22页
            1.3.1.1 激素对匍匐茎形成的调控第20页
            1.3.1.2 激素对块茎形成的调控第20-22页
        1.3.2 光照对马铃薯块茎发育的调控第22-23页
        1.3.3 温度对马铃薯块茎发育的调控第23-24页
        1.3.4 糖类物质对植物发育的调控第24-26页
            1.3.4.1 内源糖类物质对植物发育的调控第24-26页
            1.3.4.2 外源糖类物质对马铃薯块茎发育的调控第26页
        1.3.5 调控马铃薯块茎发育的基因第26-28页
    1.4 高通量测序及其在基因差异表达研究中的应用第28-32页
        1.4.1 高通量测序技术的发展及原理第28-30页
        1.4.2 高通量测序技术在转录组学和基因表达调控研究中的应用第30-31页
        1.4.3 RNA-seq在马铃薯中的应用第31-32页
    1.5 课题提出第32-34页
第二章 材料和方法第34-42页
    2.1 实验材料和处理第34-35页
        2.1.1 基础苗的培养及繁殖第34页
        2.1.2 蔗糖诱导结薯处理第34-35页
    2.2 RNA-seq测序文库制备及测序第35-36页
    2.3 生物信息分析第36-41页
        2.4.1 基因相对表达量计算第37-39页
        2.4.2 基因差异表达分析第39页
        2.4.3 差异表达基因GO富集分析第39-40页
        2.4.4 差异表达基因Pathway富集分析第40-41页
    2.4 荧光实时定量PCR分析第41-42页
第三章 结果与分析第42-86页
    3.1 不同蔗糖浓度对试管薯形成的影响第42-45页
    3.2 总RNA提取和质量检测第45-46页
    3.3 转录组测序信息分析第46-55页
        3.3.1 过滤低质量原始数据第46-47页
        3.3.2 碱基组成分析第47-49页
        3.3.3 与基因组比对分析第49-51页
        3.3.4 Reads在基因上的分布第51-52页
        3.3.5 样本间基因表达概况第52-55页
    3.4 差异基因筛选第55-58页
    3.5 差异基因表达模式分析第58-59页
    3.6 差异表达基因Pathway富集分析第59-61页
    3.7 差异表达基因GO功能注释分析第61-64页
    3.8 差异表达基因的定量分析第64-80页
        3.8.1 内参基因筛选和优化第69-71页
        3.8.2 相关性分析第71-72页
        3.8.3 候选基因生物学功能分析第72-75页
        3.8.4 差异表达基因聚类分析第75-80页
    3.9 候选基因的筛选第80-83页
    3.10 主效QTL中的候选基因第83-86页
第四章 讨论第86-91页
研究展望第91-94页
参考文献第94-112页
附录第112-130页
致谢第130页

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