摘要 | 第7-9页 |
Abstract | 第9-10页 |
缩略词表 | 第11-12页 |
第一章 前言 | 第12-34页 |
1.1 马铃薯及其产业概述 | 第12-16页 |
1.1.1 马铃薯的起源和分布 | 第12页 |
1.1.2 马铃薯的种植情况 | 第12-13页 |
1.1.3 马铃薯的营养价值 | 第13-15页 |
1.1.4 马铃薯的经济价值 | 第15-16页 |
1.1.5 马铃薯产业链 | 第16页 |
1.2 马铃薯块茎的发育 | 第16-19页 |
1.2.1 匍匐茎的形成和生长 | 第18页 |
1.2.2 块茎形成 | 第18-19页 |
1.3 马铃薯块茎的发育调控 | 第19-28页 |
1.3.1 激素对马铃薯块茎发育的调控 | 第19-22页 |
1.3.1.1 激素对匍匐茎形成的调控 | 第20页 |
1.3.1.2 激素对块茎形成的调控 | 第20-22页 |
1.3.2 光照对马铃薯块茎发育的调控 | 第22-23页 |
1.3.3 温度对马铃薯块茎发育的调控 | 第23-24页 |
1.3.4 糖类物质对植物发育的调控 | 第24-26页 |
1.3.4.1 内源糖类物质对植物发育的调控 | 第24-26页 |
1.3.4.2 外源糖类物质对马铃薯块茎发育的调控 | 第26页 |
1.3.5 调控马铃薯块茎发育的基因 | 第26-28页 |
1.4 高通量测序及其在基因差异表达研究中的应用 | 第28-32页 |
1.4.1 高通量测序技术的发展及原理 | 第28-30页 |
1.4.2 高通量测序技术在转录组学和基因表达调控研究中的应用 | 第30-31页 |
1.4.3 RNA-seq在马铃薯中的应用 | 第31-32页 |
1.5 课题提出 | 第32-34页 |
第二章 材料和方法 | 第34-42页 |
2.1 实验材料和处理 | 第34-35页 |
2.1.1 基础苗的培养及繁殖 | 第34页 |
2.1.2 蔗糖诱导结薯处理 | 第34-35页 |
2.2 RNA-seq测序文库制备及测序 | 第35-36页 |
2.3 生物信息分析 | 第36-41页 |
2.4.1 基因相对表达量计算 | 第37-39页 |
2.4.2 基因差异表达分析 | 第39页 |
2.4.3 差异表达基因GO富集分析 | 第39-40页 |
2.4.4 差异表达基因Pathway富集分析 | 第40-41页 |
2.4 荧光实时定量PCR分析 | 第41-42页 |
第三章 结果与分析 | 第42-86页 |
3.1 不同蔗糖浓度对试管薯形成的影响 | 第42-45页 |
3.2 总RNA提取和质量检测 | 第45-46页 |
3.3 转录组测序信息分析 | 第46-55页 |
3.3.1 过滤低质量原始数据 | 第46-47页 |
3.3.2 碱基组成分析 | 第47-49页 |
3.3.3 与基因组比对分析 | 第49-51页 |
3.3.4 Reads在基因上的分布 | 第51-52页 |
3.3.5 样本间基因表达概况 | 第52-55页 |
3.4 差异基因筛选 | 第55-58页 |
3.5 差异基因表达模式分析 | 第58-59页 |
3.6 差异表达基因Pathway富集分析 | 第59-61页 |
3.7 差异表达基因GO功能注释分析 | 第61-64页 |
3.8 差异表达基因的定量分析 | 第64-80页 |
3.8.1 内参基因筛选和优化 | 第69-71页 |
3.8.2 相关性分析 | 第71-72页 |
3.8.3 候选基因生物学功能分析 | 第72-75页 |
3.8.4 差异表达基因聚类分析 | 第75-80页 |
3.9 候选基因的筛选 | 第80-83页 |
3.10 主效QTL中的候选基因 | 第83-86页 |
第四章 讨论 | 第86-91页 |
研究展望 | 第91-94页 |
参考文献 | 第94-112页 |
附录 | 第112-130页 |
致谢 | 第130页 |