| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-10页 |
| 第1章 绪论 | 第20-38页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第20-22页 |
| 1.1.1 消落带的形成 | 第20页 |
| 1.1.2 三峡库区消落带氮素污染问题 | 第20-21页 |
| 1.1.3 研究意义 | 第21-22页 |
| 1.2 氮循环关键过程及其功能微生物 | 第22-31页 |
| 1.2.1 好氧氨氧化 | 第23-27页 |
| 1.2.2 厌氧氨氧化 | 第27-29页 |
| 1.2.3 反硝化型厌氧甲烷氧化 | 第29-31页 |
| 1.3 微生物群落稳定性 | 第31-35页 |
| 1.4 研究内容与预期目标 | 第35-38页 |
| 1.4.1 研究内容 | 第35-36页 |
| 1.4.2 预期目标 | 第36页 |
| 1.4.3 技术路线 | 第36-38页 |
| 第2章 研究区概况与样品采集 | 第38-44页 |
| 2.1 引言 | 第38-39页 |
| 2.2 研究区概况 | 第39-41页 |
| 2.3 样品的采集 | 第41-44页 |
| 2.3.1 采样方案 | 第41-42页 |
| 2.3.2 样品的采集与保存 | 第42-44页 |
| 第3章 三峡库区消落带氮转化相关土壤性质动态变化与主导因子 | 第44-60页 |
| 3.1 引言 | 第44-45页 |
| 3.2 材料和方法 | 第45-47页 |
| 3.2.1 研究区概况 | 第45页 |
| 3.2.2 采样方案和样品采集 | 第45页 |
| 3.2.3 土壤性质分析 | 第45页 |
| 3.2.4 生物学统计分析 | 第45-47页 |
| 3.3 结果 | 第47-57页 |
| 3.3.1 白家溪和小河消落带土壤性质 | 第47-48页 |
| 3.3.2 消落带土壤性质沿高程梯度分布 | 第48-51页 |
| 3.3.3 淹水对消落带土壤性质的影响 | 第51-52页 |
| 3.3.4 影响消落带土壤性质的关键因子 | 第52-55页 |
| 3.3.5 水位波动和人为干扰的相对重要性 | 第55-57页 |
| 3.4 讨论 | 第57-59页 |
| 3.4.1 人为干扰决定消落带土壤碳氮总量 | 第57页 |
| 3.4.2 水位波动决定消落带土壤氨氮和硝氮 | 第57-58页 |
| 3.4.3 消落带土壤性质影响因素划分的阈值系统 | 第58-59页 |
| 3.5 小结 | 第59-60页 |
| 第4章 三峡库区消落带土壤全古菌群落稳定性 | 第60-82页 |
| 4.1 引言 | 第60-61页 |
| 4.2 材料和方法 | 第61-65页 |
| 4.2.1 采样方案和样品采集 | 第61页 |
| 4.2.2 样品分类 | 第61-62页 |
| 4.2.3 土壤性质分析 | 第62页 |
| 4.2.4 DNA提取与定量PCR扩增 | 第62页 |
| 4.2.5 Illumina高通量测序 | 第62-63页 |
| 4.2.6 高通量测序序列处理与生信分析 | 第63-64页 |
| 4.2.7 古菌群落抗性和韧性量化 | 第64页 |
| 4.2.8 网络分析 | 第64页 |
| 4.2.9 生物学统计分析 | 第64-65页 |
| 4.3 结果 | 第65-77页 |
| 4.3.1 白家溪和小河消落带土壤性质比较 | 第65-66页 |
| 4.3.2 白家溪和小河消落带古菌丰度和群落多样性 | 第66-71页 |
| 4.3.3 白家溪和小河消落带古菌群落组成 | 第71-73页 |
| 4.3.4 古菌群落的抗性和韧性 | 第73-75页 |
| 4.3.5 白家溪和小河古菌群落共现模式 | 第75-77页 |
| 4.4 讨论 | 第77-79页 |
| 4.4.1 消落带土壤古菌群落的恢复能力 | 第77页 |
| 4.4.2 消落带土壤古菌群落的抗性和韧性 | 第77-78页 |
| 4.4.3 人为干扰对古菌群落稳定性的影响 | 第78-79页 |
| 4.5 小结 | 第79-82页 |
| 第5章 三峡库区消落带土壤全细菌群落稳定性 | 第82-102页 |
| 5.1 引言 | 第82-83页 |
| 5.2 材料和方法 | 第83-84页 |
| 5.2.1 采样方案和样品采集 | 第83页 |
| 5.2.2 样品分类 | 第83页 |
| 5.2.3 土壤性质分析 | 第83页 |
| 5.2.4 DNA提取与定量PCR扩增 | 第83页 |
| 5.2.5 Illumina高通量测序 | 第83-84页 |
| 5.2.6 高通量测序序列处理与生信分析 | 第84页 |
| 5.2.7 细菌群落抗性和韧性量化 | 第84页 |
| 5.2.8 网络分析 | 第84页 |
| 5.2.9 生物学统计分析 | 第84页 |
| 5.3 结果 | 第84-98页 |
| 5.3.1 白家溪和小河消落带细菌丰度和群落多样性 | 第84-89页 |
| 5.3.2 白家溪和小河消落带细菌群落组成 | 第89-93页 |
| 5.3.3 细菌群落的抗性和韧性 | 第93-95页 |
| 5.3.4 白家溪和小河细菌群落共现模式 | 第95-98页 |
| 5.4 讨论 | 第98-101页 |
| 5.4.1 消落带土壤细菌群落的恢复能力 | 第98-99页 |
| 5.4.2 消落带土壤细菌群落的抗性和韧性 | 第99-100页 |
| 5.4.3 人为干扰对细菌群落稳定性的影响 | 第100-101页 |
| 5.5 小结 | 第101-102页 |
| 第6章 三峡库区消落带土壤好氧氨氧化菌群落稳定性 | 第102-124页 |
| 6.1 引言 | 第102-103页 |
| 6.2 材料和方法 | 第103-105页 |
| 6.2.1 采样方案和样品采集 | 第103页 |
| 6.2.2 样品分类 | 第103页 |
| 6.2.3 土壤性质分析 | 第103页 |
| 6.2.4 DNA提取与定量PCR | 第103-104页 |
| 6.2.5 Illumina高通量测序 | 第104页 |
| 6.2.6 高通量测序序列处理与生信分析 | 第104页 |
| 6.2.7 好氧氨氧化群落抗性和韧性量化 | 第104页 |
| 6.2.8 生物学统计分析 | 第104-105页 |
| 6.3 结果 | 第105-118页 |
| 6.3.1 白家溪消落带土壤性质 | 第105页 |
| 6.3.2 白家溪消落带土壤AOA和AOB丰度 | 第105-106页 |
| 6.3.3 白家溪消落带土壤AOA和AOB多样性 | 第106-111页 |
| 6.3.4 白家溪消落带土壤AOA和AOB群落组成 | 第111-112页 |
| 6.3.5 白家溪消落带土壤AOA和AOB群落的抗性和韧性 | 第112-113页 |
| 6.3.6 关键物种的抗性和韧性 | 第113-118页 |
| 6.4 讨论 | 第118-121页 |
| 6.4.1 白家溪消落带土壤AOA比AOB的恢复速度快 | 第118-119页 |
| 6.4.2 白家溪消落带土壤AOA和AOB的抗性和韧性 | 第119-121页 |
| 6.4.3 白家溪消落带土壤AOA和AOB不同的生活策略 | 第121页 |
| 6.5 小结 | 第121-124页 |
| 第7章 三峡库区消落带土壤厌氧氨氧化菌群落分布特征及影响因子 | 第124-134页 |
| 7.1 引言 | 第124-125页 |
| 7.2 材料和方法 | 第125-127页 |
| 7.2.1 采样方案和样品采集 | 第125页 |
| 7.2.2 土壤性质分析 | 第125页 |
| 7.2.3 DNA提取与PCR反应 | 第125页 |
| 7.2.4 克隆与测序 | 第125-126页 |
| 7.2.5 系统发育树分析 | 第126页 |
| 7.2.6 定量PCR | 第126-127页 |
| 7.2.7 生物学统计分析 | 第127页 |
| 7.3 结果 | 第127-131页 |
| 7.3.1 厌氧氨氧化菌丰度 | 第127-128页 |
| 7.3.2 厌氧氨氧化菌群落系统发育树分析 | 第128-131页 |
| 7.4 讨论 | 第131-133页 |
| 7.5 小结 | 第133-134页 |
| 第8章 三峡库区消落带土壤亚硝酸盐型厌氧甲烷氧化菌群落特征 | 第134-150页 |
| 8.1 引言 | 第134-135页 |
| 8.2 材料和方法 | 第135-136页 |
| 8.2.1 采样方案和样品采集 | 第135页 |
| 8.2.2 土壤性质分析 | 第135页 |
| 8.2.3 DNA提取与PCR反应 | 第135-136页 |
| 8.2.4 克隆与测序 | 第136页 |
| 8.2.5 系统发育树分析 | 第136页 |
| 8.2.6 定量PCR | 第136页 |
| 8.2.7 生物学统计分析 | 第136页 |
| 8.3 结果 | 第136-147页 |
| 8.3.1 消落带土壤性质 | 第136-138页 |
| 8.3.2 亚硝酸盐型厌氧甲烷氧化菌群落丰度时空特征 | 第138-140页 |
| 8.3.3 反硝化型厌氧甲烷氧化菌群落系统发育树分析与群落结构 | 第140-145页 |
| 8.3.4 反硝化型厌氧甲烷氧化菌群落多样性性 | 第145-147页 |
| 8.4 讨论 | 第147-149页 |
| 8.5 小结 | 第149-150页 |
| 第9章 结论及展望 | 第150-156页 |
| 9.1 主要结论 | 第150-153页 |
| 9.2 创新点 | 第153页 |
| 9.3 不足与展望 | 第153-156页 |
| 参考文献 | 第156-178页 |
| 致谢 | 第178-180页 |
| 作者简历及攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 | 第180-181页 |
