| 摘要 | 第7-10页 |
| ABSTRACT | 第10-12页 |
| 主要缩略词表 | 第13-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-32页 |
| 1. 棉花遗传连锁图的研究进展 | 第14-20页 |
| 1.1 棉属的分类及进化 | 第14-16页 |
| 1.2 分子标记研究进展 | 第16-17页 |
| 1.3 棉花遗传图谱研究进展 | 第17-19页 |
| 1.4 棉花连锁群的染色体定位 | 第19-20页 |
| 2. 棉花基因组测序研究进展 | 第20-27页 |
| 2.1 DNA测序技术的发展 | 第21页 |
| 2.2 棉花基因组测序的意义 | 第21-22页 |
| 2.3 棉花基因组的特点 | 第22-23页 |
| 2.4 棉花基因组测序面临的挑战及策略 | 第23-25页 |
| 2.5 棉花基因组测序研究进展 | 第25-27页 |
| 3. 棉花比较基因组学研究进展 | 第27-29页 |
| 3.1 比较基因组作图 | 第27-28页 |
| 3.2 全基因组序列比较 | 第28-29页 |
| 4. 本研究的目的和意义 | 第29-32页 |
| 第二章 棉花海陆种间超高密度SNP遗传图谱的加密及应用 | 第32-54页 |
| 1. 材料与方法 | 第33-35页 |
| 1.1 数据来源 | 第33页 |
| 1.2 鉴定双亲候选SNP位点 | 第33页 |
| 1.3 群体基因型分型及验证 | 第33-34页 |
| 1.4 遗传图谱的构建及验证 | 第34页 |
| 1.5 遗传图谱和物理图谱的共线性分析 | 第34页 |
| 1.6 辅助基因组组装 | 第34-35页 |
| 2. 结果与分析 | 第35-50页 |
| 2.1 双亲候选SNP位点筛选 | 第35-36页 |
| 2.2 群体基因型的准确鉴定 | 第36-37页 |
| 2.3 超高密度连锁图谱的构建 | 第37-40页 |
| 2.4 异源四倍体棉花染色体结构变异鉴定 | 第40-45页 |
| 2.5 超高密度连锁图谱与四倍体棉花的基因组组装与定位 | 第45-50页 |
| 3. 讨论 | 第50-54页 |
| 3.1 多倍体植物SNP鉴定要注意的问题 | 第50-51页 |
| 3.2 超高密度遗传图谱构建是高质量多倍体组装和定向的基础 | 第51-54页 |
| 第三章 陆地棉遗传标准系TM-1参考基因组序列的构建 | 第54-76页 |
| 1. 材料与方法 | 第54-59页 |
| 1.1 数据来源 | 第54-56页 |
| 1.2 原始数据过滤 | 第56页 |
| 1.3 K-mer分析 | 第56-58页 |
| 1.4 基因组组装 | 第58-59页 |
| 1.5 基因组结构注释 | 第59页 |
| 2. 结果与分析 | 第59-73页 |
| 2.1 TM-1基因组测序 | 第59-60页 |
| 2.2 TM-1基因组组装 | 第60-65页 |
| 2.3 基因组注释 | 第65-70页 |
| 2.4 遗传图谱与物理图谱比较 | 第70-72页 |
| 2.5 海陆SNP分布 | 第72-73页 |
| 3. 讨论 | 第73-76页 |
| 3.1 TM-1基因组测序的意义 | 第73-74页 |
| 3.2 重组惰性区 | 第74-75页 |
| 3.3 海陆渐渗区 | 第75-76页 |
| 第四章 棉花比较基因组研究 | 第76-96页 |
| 1 材料与方法 | 第76-77页 |
| 2 结果与分析 | 第77-91页 |
| 2.1 不同基因组间序列相似度分析 | 第77页 |
| 2.2 不同基因组染色体对应分析 | 第77-83页 |
| 2.3 共线性分析 | 第83-84页 |
| 2.4 海陆多态性标记开发 | 第84-91页 |
| 3 讨论 | 第91-96页 |
| 3.1 四倍体棉花的供体 | 第91-93页 |
| 3.2 TM-1与雷蒙德氏棉的结构变异 | 第93-95页 |
| 3.3 海陆之间DNA多态性标记开发 | 第95-96页 |
| 全文总结 | 第96-98页 |
| 参考文献 | 第98-108页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文 | 第108-110页 |
| 致谢 | 第110-111页 |
