| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第10-25页 |
| 1.1 中度嗜盐菌概述 | 第10-17页 |
| 1.1.1 中度嗜盐菌的定义及分类 | 第10-11页 |
| 1.1.2 中度嗜盐菌的分布 | 第11-12页 |
| 1.1.3 中度嗜盐菌的耐盐机制 | 第12-17页 |
| 1.2 原核生物转录组学研究 | 第17-22页 |
| 1.2.1 转录组学的研究方法及其优劣 | 第18页 |
| 1.2.2 RNA-seq实验的一般流程 | 第18-21页 |
| 1.2.3 细菌转录组的研究价值 | 第21-22页 |
| 1.3 嗜盐四联球菌盐胁迫应答机制的研究进展 | 第22-23页 |
| 1.4 本课题研究的意义与主要内容 | 第23-25页 |
| 第二章T. halophilus盐胁迫转录组测序文库的构建及高通量测序 | 第25-40页 |
| 2.1 实验菌株及培养 | 第25-26页 |
| 2.1.1 实验菌株 | 第25页 |
| 2.1.2 培养基 | 第25-26页 |
| 2.2 试剂和仪器 | 第26-28页 |
| 2.2.1 溶液配制 | 第26页 |
| 2.2.2 主要试剂 | 第26-27页 |
| 2.2.3 主要仪器 | 第27-28页 |
| 2.3 实验方法 | 第28-35页 |
| 2.3.1 菌株的活化与扩大培养 | 第28页 |
| 2.3.2 菌株生长曲线及耐盐性测定 | 第28-29页 |
| 2.3.3 RNA样品的制备 | 第29-31页 |
| 2.3.4 RNA样品的质量检测 | 第31页 |
| 2.3.5 cDNA文库的构建及RNA-seq高通量测序 | 第31-33页 |
| 2.3.6 RNA-seq高通量测序结果的质量控制 | 第33-34页 |
| 2.3.7 测序数据匹配到T. halophilus基因组及基因注释 | 第34页 |
| 2.3.8 基因表达水平的确定及标准化 | 第34-35页 |
| 2.4 实验结果与讨论 | 第35-39页 |
| 2.4.1 T. halophilus生长曲线及耐盐性测定结果 | 第35-36页 |
| 2.4.2 RNA样品的质量检测结果 | 第36-37页 |
| 2.4.3 RNA-seq高通量测序结果的质量控制及概况 | 第37-39页 |
| 2.5 本章小结 | 第39-40页 |
| 第三章 比较转录组学研究揭示T. halophilus盐胁迫应答机制 | 第40-61页 |
| 3.1 实验材料 | 第40页 |
| 3.2 实验方法 | 第40-45页 |
| 3.2.1 基因表达差异分析 | 第40-42页 |
| 3.2.2 q-PCR验证RNA-seq结果的准确性 | 第42-45页 |
| 3.3 实验结果与讨论 | 第45-60页 |
| 3.3.1 差异表达基因概况 | 第45-47页 |
| 3.3.2 q-PCR验证实验结果 | 第47-48页 |
| 3.3.3 GO基因功能富集分析结果 | 第48-51页 |
| 3.3.4 KEGG pathway生物通路分析结果 | 第51-52页 |
| 3.3.5 T. halophilus盐胁迫应答机制分析 | 第52-60页 |
| 3.4 本章小结 | 第60-61页 |
| 结论与展望 | 第61-63页 |
| 结论 | 第61-62页 |
| 创新性 | 第62页 |
| 展望 | 第62-63页 |
| 参考文献 | 第63-72页 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 | 第72-73页 |
| 致谢 | 第73-74页 |
| 附件 | 第74页 |
