| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第12-27页 |
| 1.1 脱氮硫杆菌的生态特征 | 第12-14页 |
| 1.1.1 脱氮硫杆菌的基本特征 | 第13页 |
| 1.1.2 脱氮硫杆菌的代谢特征 | 第13-14页 |
| 1.2 脱氮硫杆菌在废气和废水处理中的应用 | 第14-15页 |
| 1.3 SoxY ，SoxZ与SoxB蛋白 | 第15-18页 |
| 1.4 本文所涉及的分子模拟技术与理论简介 | 第18-25页 |
| 1.4.1 同源建模 | 第18-21页 |
| 1.4.2 分子力场 | 第21页 |
| 1.4.3 分子力学 | 第21-22页 |
| 1.4.4 蛋白质-蛋白质分子对接 | 第22-23页 |
| 1.4.5 蛋白质-蛋白质相互作用 | 第23-25页 |
| 1.4.5.1 疏水相互作用 | 第24页 |
| 1.4.5.2 氢键作用 | 第24-25页 |
| 1.4.5.3 静电相互作用 | 第25页 |
| 1.5 本课题的研究意义和内容 | 第25-27页 |
| 第二章 SoxY ，SoxZ与SoxB蛋白的同源建模和模型质量评估 | 第27-43页 |
| 2.1 实验材料 | 第27-28页 |
| 2.1.1 所用软件和数据库 | 第27页 |
| 2.1.2 硬件计算平台 | 第27页 |
| 2.1.3 目的蛋白质氨基酸序列 | 第27-28页 |
| 2.2 实验过程 | 第28-35页 |
| 2.2.1 SoxY ，SoxZ与SoxB蛋白的同源建模 | 第28-33页 |
| 2.2.1.1 模板的搜索和选择 | 第28-29页 |
| 2.2.1.2 目标蛋白序列与模板序列的比对 | 第29页 |
| 2.2.1.3 蛋白质同源模型的建立 | 第29-33页 |
| 2.2.1.4 初始模型的能量优化 | 第33页 |
| 2.2.2 模型三维结构的质量评估 | 第33-35页 |
| 2.3 实验结果与分析 | 第35-41页 |
| 2.3.1 目的蛋白与模板的序列比对结果分析 | 第35页 |
| 2.3.2 SoxY ，SoxZ与SoxB蛋白模型三维结构分析 | 第35-37页 |
| 2.3.3 SoxY ，SoxZ与SoxB蛋白模型质量评估结果分析 | 第37-41页 |
| 2.4 本章小结 | 第41-43页 |
| 第三章 SoxYZ二聚体蛋白的构建和相互作用研究 | 第43-58页 |
| 3.1 实验材料 | 第43-44页 |
| 3.1.1 供试蛋白 | 第43页 |
| 3.1.2 软件计算平台 | 第43页 |
| 3.1.3 硬件计算平台 | 第43-44页 |
| 3.2 实验过程 | 第44-47页 |
| 3.2.1 SoxYZ二聚体模型搭建 | 第44页 |
| 3.2.2 SoxYZ二聚体的能量优化 | 第44页 |
| 3.2.3 SoxYZ二聚体模型质量评估 | 第44-45页 |
| 3.2.4 SoxYZ二聚体相互作用 | 第45-47页 |
| 3.2.4.1 疏水相互作用 | 第45页 |
| 3.2.4.2 氢键相互作用 | 第45-46页 |
| 3.2.4.3 静电相互作用 | 第46-47页 |
| 3.2.5 SoxYZ二聚体的相互作用能 | 第47页 |
| 3.3 实验结果与分析 | 第47-57页 |
| 3.3.1 SoxYZ二聚体模型三维结构特征分析 | 第47-48页 |
| 3.3.2 SoxYZ三维模型质量评价 | 第48-50页 |
| 3.3.3 SoxYZ二聚体相互作用分析 | 第50-55页 |
| 3.3.3.1 疏水相互作用分析 | 第50-52页 |
| 3.3.3.2 氢键相互作用分析 | 第52-54页 |
| 3.3.3.3 静电相互作用分析 | 第54-55页 |
| 3.3.4 SoxYZ二聚体相互作用能分析 | 第55-57页 |
| 3.4 本章小结 | 第57-58页 |
| 第四章 SoxY与SoxB蛋白以及底物分子相互作用研究 | 第58-75页 |
| 4.1 实验材料 | 第58-59页 |
| 4.1.1 供试材料 | 第58页 |
| 4.1.2 软件计算平台 | 第58页 |
| 4.1.3 硬件计算平台 | 第58-59页 |
| 4.2 实验过程 | 第59-62页 |
| 4.2.1 SoxB蛋白的活性位点分析 | 第59页 |
| 4.2.2 蛋白质SoxB与SoxY的对接 | 第59-61页 |
| 4.2.2.1 ZDOCK | 第59-60页 |
| 4.2.2.2 RDOCK | 第60-61页 |
| 4.2.3 蛋白质复合物Sox B-Y的能量优化 | 第61页 |
| 4.2.4 蛋白质复合物Sox B-Y的质量评估 | 第61页 |
| 4.2.5 复合物Sox B-Y-S2O3-的模型搭建 | 第61-62页 |
| 4.2.6 复合物Sox B-Y-S2O3-的相互作用 | 第62页 |
| 4.2.7 复合物Sox B-Y-S2O3-的相互作用能 | 第62页 |
| 4.3 实验结果与分析 | 第62-74页 |
| 4.3.1 SoxB蛋白的活性位点分析 | 第62页 |
| 4.3.2 蛋白质Sox B与SoxY的对接结果分析 | 第62-65页 |
| 4.3.3 蛋白质复合物SoxB-Y的质量评估 | 第65-67页 |
| 4.3.4 复合物SoxB-Y-S2O3的相互作用分析 | 第67-72页 |
| 4.3.4.1 疏水相互作用分析 | 第67-70页 |
| 4.3.4.2 氢键相互作用分析 | 第70-71页 |
| 4.3.4.3 静电相互作用分析 | 第71-72页 |
| 4.3.5 复合物SoxB-Y-S2O32的相互作用能分析 | 第72-74页 |
| 4.4 本章小结 | 第74-75页 |
| 结论与展望 | 第75-77页 |
| 1 结论 | 第75-76页 |
| 2 展望 | 第76-77页 |
| 参考文献 | 第77-84页 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 | 第84-85页 |
| 致谢 | 第85-86页 |
| 附件 | 第86页 |
