高温诱导下HP-35去折叠动力学研究--基于马尔科夫模型建立的构象转换网络
| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6页 |
| 第一章 绪论 | 第9-16页 |
| 1.1 蛋白质结构及生物学功能 | 第9-14页 |
| 1.1.1 蛋白质的发展历程 | 第9页 |
| 1.1.2 蛋白质结构与生物学功能 | 第9-12页 |
| 1.1.3 蛋白质折叠和去折叠 | 第12-13页 |
| 1.1.4 蛋白质折叠/去折叠研究进展 | 第13-14页 |
| 1.2 本文研究目的及内容安排 | 第14-16页 |
| 第二章 分子动力学模拟理论基础 | 第16-34页 |
| 2.1 分子动力学模拟概述 | 第16-23页 |
| 2.1.1 分子动力学模拟基本原理 | 第16-19页 |
| 2.1.2 分子动力学模拟的溶液环境及边界条件 | 第19-22页 |
| 2.1.3 分子动力学模拟系综的选择 | 第22-23页 |
| 2.2 计算方法介绍 | 第23-29页 |
| 2.2.1 力场 | 第23-24页 |
| 2.2.2 最陡下降法 | 第24-25页 |
| 2.2.3 共轭梯度法 | 第25-26页 |
| 2.2.4 SHAKE约束算法 | 第26-27页 |
| 2.2.5 tICA | 第27页 |
| 2.2.6 K-Medoids | 第27-28页 |
| 2.2.7 PCCA+ | 第28页 |
| 2.2.8 主成分分析 | 第28-29页 |
| 2.3 计算软件介绍 | 第29-32页 |
| 2.3.1 AMBER | 第29-30页 |
| 2.3.2 PyMol及Modevectors | 第30-31页 |
| 2.3.3 MSMBuilder | 第31-32页 |
| 2.4 本章小结 | 第32-34页 |
| 第三章 HP-35去折叠动力学分析研究 | 第34-46页 |
| 3.1 HP-35简介 | 第34-35页 |
| 3.2 HP-35去折叠动力学模拟 | 第35-36页 |
| 3.3 HP-35去折叠动力学结果分析 | 第36-45页 |
| 3.3.1 动力学模拟的平衡分析 | 第36-37页 |
| 3.3.2 疏水核的完整性分析 | 第37-38页 |
| 3.3.3 二级结构分析 | 第38-40页 |
| 3.3.4 马尔科夫转换网络构建 | 第40-43页 |
| 3.3.5 主成分分析 | 第43-45页 |
| 3.4 本章小结 | 第45-46页 |
| 第四章 总结与展望 | 第46-48页 |
| 4.1 总结 | 第46-47页 |
| 4.2 展望 | 第47-48页 |
| 参考文献 | 第48-53页 |
| 在校期间研究成果 | 第53-54页 |
| 致谢 | 第54-55页 |
