| 目录 | 第4-7页 |
| Contents | 第7-11页 |
| 摘要 | 第11-13页 |
| Abstract | 第13-15页 |
| 第一章 前言 | 第16-33页 |
| 1 PAHs简介 | 第16-18页 |
| 1.1 PAHs的理化性质及危害 | 第16-17页 |
| 1.2 PAHs的来源及去除 | 第17-18页 |
| 2 微生物降解PAHs的研究现状 | 第18-24页 |
| 2.1 降解PAHs的微生物 | 第18-20页 |
| 2.2 PAHs的降解机制研究进展 | 第20-24页 |
| 3 细菌趋化性 | 第24-31页 |
| 3.1 趋化反应蛋白及模型 | 第24-28页 |
| 3.2 趋化反应的分子机制 | 第28-29页 |
| 3.3 细菌对环境污染物的趋化性 | 第29-30页 |
| 3.4 趋化性与降解性关联的分子机制 | 第30-31页 |
| 4 本论文的研究内容及意义 | 第31-33页 |
| 第二章 材料与方法 | 第33-46页 |
| 1 材料 | 第33-37页 |
| 1.1 实验菌株 | 第33页 |
| 1.2 主要药品试剂 | 第33-34页 |
| 1.3 主要仪器 | 第34-35页 |
| 1.4 主要培养基 | 第35页 |
| 1.5 溶液配制 | 第35-36页 |
| 1.6 主要分析软件 | 第36-37页 |
| 2 基本方法 | 第37-46页 |
| 2.1 N.pentaromativorans F2的基因组精细图构建和分析 | 第37-38页 |
| 2.2 N.pentaromativorans US6-1基因组和转录组分析 | 第38页 |
| 2.3 PAHs降解率测定 | 第38-40页 |
| 2.4 疏水性测定 | 第40页 |
| 2.5 趋化性实验 | 第40-41页 |
| 2.6 电子传递系统活性(ETSA)和细胞密度OD_(600)的测定 | 第41页 |
| 2.7 关键酶基因的表达 | 第41-46页 |
| 第三章 结果与分析 | 第46-96页 |
| 1 N.pentaromativorans F2基因组测序与分析 | 第46-61页 |
| 1.1 N.pentaromativorans F2基因组概况与组分 | 第46-48页 |
| 1.2. N.pentaromativorans F2功能基因注释与分类 | 第48-52页 |
| 1.3 N.pentaromativorans F2进化分析 | 第52-53页 |
| 1.4 N.pentaromativorans F2降解PAHs相关基因及降解率研究 | 第53-58页 |
| 1.5 N.pentaromativorans F2趋化基因及其蛋白分析 | 第58-61页 |
| 2 N.pentaromativorans US6-1趋化基因及其蛋白结构分析 | 第61-67页 |
| 2.1 N.pentaromativorans US6-1趋化基因分析 | 第61-64页 |
| 2.2 N.pentaromativorans US6-1趋化蛋白结构分析 | 第64-67页 |
| 3 新鞘氨醇杆菌属(Novosphingobium)趋化系统比较分析 | 第67-74页 |
| 3.1 新鞘氨醇杆菌中趋化蛋白的组成 | 第67-68页 |
| 3.2 新鞘氨醇杆菌中趋化基因的分布 | 第68-69页 |
| 3.3 细菌趋化蛋白CheA结构比较与分类 | 第69-73页 |
| 3.4 趋化蛋白CheA系统发育分析 | 第73-74页 |
| 4 新鞘氨醇杆菌(Novosphingobium)细菌的趋化性 | 第74-81页 |
| 4.1 新鞘氨醇杆菌对单环芳烃化合物和TCA循环产物的趋化性 | 第74-79页 |
| 4.2 Novosphingobium细菌对多环芳烃化合物的趋化性 | 第79-81页 |
| 5 N.pentaromativorans US6-1趋化转运基因表达动力学 | 第81-96页 |
| 5.1 引物特异性分析 | 第82-85页 |
| 5.2 引物扩展效率分析 | 第85-86页 |
| 5.3 菲诱导下趋化转运基因实时表达 | 第86-91页 |
| 5.4 芘诱导下趋化转运基因实时表达 | 第91-96页 |
| 第四章 讨论 | 第96-103页 |
| 1 新鞘氨醇杆菌趋化性比较分析及其与降解性的关系 | 第96-97页 |
| 2 新鞘氨醇杆菌的趋化基因及其编码蛋白的比较分析 | 第97-100页 |
| 3 N.pentaromativorans US6-1趋化转运蛋白表达分析 | 第100-101页 |
| 4 N.pentaromativorans US6-1和F2对PAHs的降解特性及其疏水性分析 | 第101-103页 |
| 第五章 结论与展望 | 第103-105页 |
| 1 结论 | 第103-104页 |
| 2 展望 | 第104-105页 |
| 参考文献 | 第105-113页 |
| 附录 | 第113-123页 |
| 附录一 参与的科研课题和待发表的学术论文 | 第113页 |
| 科研课题 | 第113页 |
| 待发表的学术论文 | 第113页 |
| 附录二 目标基因序列 | 第113-123页 |
| 1. methyl-accepting chemotaxis protein McpJ(5'-3') | 第113-114页 |
| 2. NSU_1130:methyl-accepting chemotaxis protein(5'-3') | 第114-116页 |
| 3. cheA(5'-3') | 第116-117页 |
| 4. cheD(5'-3') | 第117-118页 |
| 5. cheW(5'-3') | 第118页 |
| 6. NSU_0850:major facilitator superfamily permease(5'-3') | 第118-119页 |
| 7. NSU_0838:MFS transporter, DHA2 family, multidrug resistance protein B(5' 3') | 第119-120页 |
| 8. NSU_0680:putative ABC transport system permease protein(5'-3') | 第120-121页 |
| 9. 16S rRNA(5'-3') | 第121-123页 |
| 致谢 | 第123页 |
