连作对烟田根际土壤细菌群落结构和多样性的影响
| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 1 前言 | 第11-23页 |
| 1.1 烟草概述 | 第11页 |
| 1.2 土壤微生物概述 | 第11-12页 |
| 1.3 土壤微生物研究方法 | 第12-13页 |
| 1.3.1 平板培养计法 | 第12-13页 |
| 1.3.2 变性梯度凝胶电泳(DGGE) | 第13页 |
| 1.4 高通量测序 | 第13-19页 |
| 1.4.1 高通量测序技术的发展历程 | 第14-16页 |
| 1.4.2 高通量测序技术与宏基因组 | 第16-17页 |
| 1.4.3 宏基因组相关软件与数据库 | 第17-19页 |
| 1.4.4 扩增子测序实验和分析基本流程 | 第19页 |
| 1.5 连作障碍的研究 | 第19-21页 |
| 1.5.1 连作障碍的概念 | 第19页 |
| 1.5.2 非生物因素与连作障碍的研究现状 | 第19-20页 |
| 1.5.3 微生物群落结构、多样性与连作障碍 | 第20-21页 |
| 1.6 本研究的主要内容和技术路线 | 第21-23页 |
| 1.6.1 本研究的主要内容 | 第21页 |
| 1.6.2 本研究的技术路线 | 第21页 |
| 1.6.3 本研究的目的与意义 | 第21-23页 |
| 2 材料与方法 | 第23-25页 |
| 2.1 实验材料 | 第23-25页 |
| 2.1.1 土壤样品采集 | 第23页 |
| 2.1.2 DNA提取 | 第23页 |
| 2.1.3 PCR扩增和文库构建 | 第23-24页 |
| 2.1.4 高通量测序 | 第24页 |
| 2.1.5 生物信息分析 | 第24页 |
| 2.1.6 多样性分析 | 第24页 |
| 2.1.7 功能预测 | 第24-25页 |
| 3 结果 | 第25-42页 |
| 3.1 基本数据统计 | 第25-28页 |
| 3.1.1 高质量序列与OTU数目统计 | 第25-26页 |
| 3.1.2 测序质量评估 | 第26-27页 |
| 3.1.3 OTU门类统计 | 第27-28页 |
| 3.2 细菌群落结构 | 第28-36页 |
| 3.2.1 门分类水平下连作与非连作群落构成差异 | 第28-29页 |
| 3.2.2 纲分类水平下连作与非连作群落差异 | 第29-30页 |
| 3.2.3 目分类水平下连作与非连作群落差异 | 第30-31页 |
| 3.2.4 科分类水平下连作与非连作群落差异 | 第31-32页 |
| 3.2.5 属分类水平下连作与非连作群落差异 | 第32-33页 |
| 3.2.6 微生物相关标志物筛选 | 第33-36页 |
| 3.3 微生物多样性分析 | 第36-37页 |
| 3.3.1 Alpha多样性指数 | 第36-37页 |
| 3.3.2 Beta多样性 | 第37页 |
| 3.4 菌群功能分析 | 第37-42页 |
| 3.4.1 COG构成差异分析 | 第37-38页 |
| 3.4.2 功能基因的KEGG注释 | 第38-42页 |
| 4 讨论 | 第42-46页 |
| 4.1 连作土壤微生物多样性变化 | 第42-43页 |
| 4.2 连作土壤微生物群落结构特征 | 第43-44页 |
| 4.3 微生物群落功能差异 | 第44-45页 |
| 4.4 微生物研究展望 | 第45-46页 |
| 5 结论 | 第46-47页 |
| 参考文献 | 第47-58页 |
| 附件 | 第58-59页 |
| 致谢 | 第59-60页 |
| 攻读学位期间发表论文情况 | 第60页 |
