基于RNA-Seq的苜蓿萌发期耐盐性状全基因组关联分析
符号说明 | 第4-8页 |
中文摘要 | 第8-10页 |
Abstract | 第10-11页 |
1 引言 | 第12-19页 |
1.1 苜蓿基因组与遗传图谱研究 | 第12-13页 |
1.1.1 苜蓿基因组研究 | 第12-13页 |
1.1.2 苜蓿遗传图谱研究 | 第13页 |
1.2 植物耐盐性研究 | 第13-15页 |
1.2.1 植物耐盐机理 | 第13-14页 |
1.2.2 苜蓿耐盐生理研究 | 第14页 |
1.2.3 苜蓿耐盐性评价与筛选 | 第14-15页 |
1.3 转录组测序技术 | 第15-16页 |
1.3.1 转录组及转录组测序 | 第15页 |
1.3.2 植物转录组测序技术 | 第15-16页 |
1.3.3 转录组测序技术在牧草上的应用 | 第16页 |
1.4 全基因组关联分析 | 第16-17页 |
1.4.1 全基因组关联分析的概念 | 第16页 |
1.4.2 全基因组关联分析在植物研究中的应用 | 第16-17页 |
1.4.3 全基因组关联分析在苜蓿研究中的应用 | 第17页 |
1.5 本研究的目的意义 | 第17-19页 |
2 材料与方法 | 第19-28页 |
2.1 试验材料 | 第19页 |
2.2 萌发期耐盐性试验 | 第19-23页 |
2.2.1 试验方法 | 第19页 |
2.2.2 耐盐性状数据调查 | 第19-23页 |
2.3 田间种植 | 第23页 |
2.4 RNA-Seq分析与组装 | 第23-26页 |
2.4.1 取样 | 第23页 |
2.4.2 总RNA提取和检测 | 第23-24页 |
2.4.3 文库构建 | 第24-25页 |
2.4.4 上机测序与数据质控 | 第25页 |
2.4.5 三代全长转录组数据分析 | 第25-26页 |
2.4.6 二代数据拼接与组装 | 第26页 |
2.4.7 组装统计 | 第26页 |
2.4.8 参考基因组的选择与建立 | 第26页 |
2.5 SNP/InDelcalling | 第26-27页 |
2.6 萌发期耐盐性状的统计分析 | 第27页 |
2.7 全基因组关联分析 | 第27-28页 |
3 结果与分析 | 第28-52页 |
3.1 苜蓿耐盐表型分析 | 第28-33页 |
3.1.1 苜蓿萌发期耐盐性状表型分析 | 第28-29页 |
3.1.2 苜蓿萌发期耐盐性状方差分析 | 第29页 |
3.1.3 苜蓿萌发期耐盐性状间的相关性分析 | 第29-30页 |
3.1.4 苜蓿萌发期耐盐系数分布频率 | 第30-32页 |
3.1.5 苜蓿萌发期耐盐性的综合评价 | 第32-33页 |
3.2 转录组数据分析与标记开发 | 第33-43页 |
3.2.1 测序数据质量评估 | 第33-37页 |
3.2.2 三代全长转录组的质控矫正 | 第37页 |
3.2.3 二代转录组拼接组装结果 | 第37-38页 |
3.2.4 参考转录组的建立 | 第38-39页 |
3.2.5 参考基因组比对 | 第39页 |
3.2.6 基因组比对结果 | 第39-43页 |
3.2.7 变异位点筛选 | 第43页 |
3.3 萌发期耐盐性状GWAS分析 | 第43-52页 |
4 讨论 | 第52-54页 |
4.1 苜蓿萌发期的耐盐性 | 第52页 |
4.2 取样时期及部位的选定 | 第52-53页 |
4.3 苜蓿基因组的开发 | 第53页 |
4.4 与性状相关的SNP位点筛选 | 第53-54页 |
5 结论 | 第54-55页 |
参考文献 | 第55-65页 |
附表 | 第65-72页 |
致谢 | 第72-73页 |
攻读学位期间发表论文和获奖情况 | 第73页 |