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基于RNA-Seq的苜蓿萌发期耐盐性状全基因组关联分析

符号说明第4-8页
中文摘要第8-10页
Abstract第10-11页
1 引言第12-19页
    1.1 苜蓿基因组与遗传图谱研究第12-13页
        1.1.1 苜蓿基因组研究第12-13页
        1.1.2 苜蓿遗传图谱研究第13页
    1.2 植物耐盐性研究第13-15页
        1.2.1 植物耐盐机理第13-14页
        1.2.2 苜蓿耐盐生理研究第14页
        1.2.3 苜蓿耐盐性评价与筛选第14-15页
    1.3 转录组测序技术第15-16页
        1.3.1 转录组及转录组测序第15页
        1.3.2 植物转录组测序技术第15-16页
        1.3.3 转录组测序技术在牧草上的应用第16页
    1.4 全基因组关联分析第16-17页
        1.4.1 全基因组关联分析的概念第16页
        1.4.2 全基因组关联分析在植物研究中的应用第16-17页
        1.4.3 全基因组关联分析在苜蓿研究中的应用第17页
    1.5 本研究的目的意义第17-19页
2 材料与方法第19-28页
    2.1 试验材料第19页
    2.2 萌发期耐盐性试验第19-23页
        2.2.1 试验方法第19页
        2.2.2 耐盐性状数据调查第19-23页
    2.3 田间种植第23页
    2.4 RNA-Seq分析与组装第23-26页
        2.4.1 取样第23页
        2.4.2 总RNA提取和检测第23-24页
        2.4.3 文库构建第24-25页
        2.4.4 上机测序与数据质控第25页
        2.4.5 三代全长转录组数据分析第25-26页
        2.4.6 二代数据拼接与组装第26页
        2.4.7 组装统计第26页
        2.4.8 参考基因组的选择与建立第26页
    2.5 SNP/InDelcalling第26-27页
    2.6 萌发期耐盐性状的统计分析第27页
    2.7 全基因组关联分析第27-28页
3 结果与分析第28-52页
    3.1 苜蓿耐盐表型分析第28-33页
        3.1.1 苜蓿萌发期耐盐性状表型分析第28-29页
        3.1.2 苜蓿萌发期耐盐性状方差分析第29页
        3.1.3 苜蓿萌发期耐盐性状间的相关性分析第29-30页
        3.1.4 苜蓿萌发期耐盐系数分布频率第30-32页
        3.1.5 苜蓿萌发期耐盐性的综合评价第32-33页
    3.2 转录组数据分析与标记开发第33-43页
        3.2.1 测序数据质量评估第33-37页
        3.2.2 三代全长转录组的质控矫正第37页
        3.2.3 二代转录组拼接组装结果第37-38页
        3.2.4 参考转录组的建立第38-39页
        3.2.5 参考基因组比对第39页
        3.2.6 基因组比对结果第39-43页
        3.2.7 变异位点筛选第43页
    3.3 萌发期耐盐性状GWAS分析第43-52页
4 讨论第52-54页
    4.1 苜蓿萌发期的耐盐性第52页
    4.2 取样时期及部位的选定第52-53页
    4.3 苜蓿基因组的开发第53页
    4.4 与性状相关的SNP位点筛选第53-54页
5 结论第54-55页
参考文献第55-65页
附表第65-72页
致谢第72-73页
攻读学位期间发表论文和获奖情况第73页

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