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基于结构生物信息学指导稳定性杂合木聚糖酶的设计初探

中文摘要第9-11页
ABSTRACT第11-13页
缩略词表第14-15页
第一章 绪论第15-28页
    1.1 植物生物质的异质性与抗降解屏障第15-18页
        1.1.1 纤维素和木质素的分子结构第16-17页
        1.1.2 木聚糖的分子结构第17-18页
    1.2 降解木聚糖的相关酶类第18-20页
        1.2.1 木聚糖主链降解酶类第18-19页
        1.2.2 木聚糖侧链降解酶类第19-20页
    1.3 木聚糖酶的工业应用及其问题第20-22页
        1.3.1 木聚糖酶在饲料行业的应用第20页
        1.3.2 木聚糖酶在食品行业的应用第20-21页
        1.3.3 木聚糖酶在造纸行业的应用第21页
        1.3.4 木聚糖酶在医药行业的应用第21页
        1.3.5 木聚糖酶在能源行业的应用第21-22页
        1.3.6 木聚糖酶工业应用中存在的问题第22页
    1.4 高效工业酶的筛选策略第22页
    1.5 高效工业酶的分子改造策略第22-26页
        1.5.1 蛋白质工程的发展阶段第23-24页
        1.5.2 生物大数据时代及其工程化改造趋势第24页
        1.5.3 蛋白质功能区概念的提出第24-25页
        1.5.4 大数据时代下酶分子的设计策略第25-26页
    1.6 立项依据第26-28页
第二章 高效木聚糖酶GH11家族的结构生物信息学分析第28-43页
    2.1 材料与方法第28-31页
        2.1.1 结构生物信息学分析的常用软件第28-29页
        2.1.2 结构生物信息学分析的常用网站第29页
        2.1.3 GH11家族酶分子的结构比对第29-30页
        2.1.4 GH11家族碱性酶和耐盐酶的搜索与性质分析第30页
        2.1.5 TlXynA与耐受性酶的系统发育树构建第30页
        2.1.6 TlXynA与耐受性酶的序列比对分析第30-31页
        2.1.7 GH11家族表面带电残基序列谱的绘制与分析第31页
    2.2 结果与分析第31-42页
        2.2.1 GH11家族酶分子结构比对分析第31-32页
        2.2.2 TlXynA与耐受性酶的系统发育树构建第32-33页
        2.2.3 TlXynA与GH11家族碱性酶的比较分析第33-35页
        2.2.4 TlXynA与GH11家族耐盐酶的比较分析第35-37页
        2.2.5 TlXynA与GH11家族碱性酶和耐盐酶的序列比对分析第37-38页
        2.2.6 GH11家族表面带电残基序列谱的绘制与功能预测第38-41页
        2.2.7 TlXynA突变位点的展示与虚拟突变第41-42页
    2.3 小结与讨论第42-43页
第三章 热稳定性TlXynA的耐碱性设计及其实验验证第43-62页
    3.1 材料与方法第43-51页
        3.1.1 菌株与质粒第43页
        3.1.2 仪器第43-44页
        3.1.3 试剂与药品第44页
        3.1.4 主要培养基及成分第44-45页
        3.1.5 主要缓冲液第45页
        3.1.6 突变质粒的构建第45-47页
        3.1.7 TlXynA及其耐碱突变体的异源表达第47-48页
        3.1.8 TlXynA及其耐碱突变体酶活的测定第48-49页
        3.1.9 TlXynA及其耐碱突变体分子动力学参数的测定第49页
        3.1.10 TlXynA及其耐碱突变体产物谱的测定第49-50页
        3.1.11 TlXynA及其耐碱突变体热稳定性的测定第50-51页
        3.1.12 TlXynA及其耐碱突变体耐碱性的测定第51页
        3.1.13 TlXynA及其相关耐碱突变体的分子动力学模拟第51页
        3.1.14 D97R突变体验证选点原则的可行性分析第51页
    3.2 结果与分析第51-61页
        3.2.1 定点突变PCR实验结果第51-52页
        3.2.2 突变质粒的提取结果第52页
        3.2.3 TlXynA及其耐碱突变体的表达第52-53页
        3.2.4 TlXynA及其耐碱突变体的酶活第53-54页
        3.2.5 TlXynA及其耐碱突变体的分子动力学参数测定第54-55页
        3.2.6 TlXynA及其耐碱突变体的产物谱变化第55-56页
        3.2.7 TlXynA及其耐碱突变体的DSC测定第56-57页
        3.2.8 TlXynA及其耐碱突变体的耐碱性分析第57-58页
        3.2.9 分子动力学模拟探究TlXynA及其相关耐碱突变体的稳定性第58-60页
        3.2.10 D97R突变体证实选点原则的可行性第60-61页
    3.3 小结与讨论第61-62页
第四章 热稳定性T7XynA的耐盐性设计及其实验验证第62-75页
    4.1 材料与方法第62-67页
        4.1.1 菌株与质粒第62页
        4.1.2 仪器第62页
        4.1.3 试剂与药品第62页
        4.1.4 主要培养基及成分第62-63页
        4.1.5 主要缓冲液第63页
        4.1.6 主要含盐底物第63页
        4.1.7 突变质粒的构建第63-64页
        4.1.8 TlXynA及其耐盐突变体的异源表达第64页
        4.1.9 TlXynA及其耐盐突变体酶活的测定第64页
        4.1.10 TlXynA及其耐盐突变体分子动力学参数的测定第64-65页
        4.1.11 TlXynA及其耐盐突变体的荧光光谱测定第65-66页
        4.1.12 TlXynA及其耐盐突变体产物谱的测定第66页
        4.1.13 TlXynA及其耐盐突变体热稳定性的测定第66页
        4.1.14 TlXynA及其耐盐突变体耐盐性的测定第66-67页
    4.2 结果与分析第67-74页
        4.2.1 定点突变PCR实验结果第67页
        4.2.2 突变质粒的提取结果第67页
        4.2.3 TlXynA及其耐盐突变体的异源表达第67-68页
        4.2.4 TlXynA及其耐盐突变体的酶活第68-69页
        4.2.5 TlXynA及其耐盐突变体的分子动力学参数第69-70页
        4.2.6 TlXynA及其耐盐突变体的荧光扫描第70-71页
        4.2.7 TlXynA及其耐盐突变体的产物谱变化第71-72页
        4.2.8 TlXynA及其耐盐突变体的DSC测定与分析第72-73页
        4.2.9 TlXynA及其耐盐突变体的耐盐性变化第73-74页
    4.3 小结与讨论第74-75页
第五章 耐碱性设计策略在糖苷水解酶GH12家族的应用第75-87页
    5.1 材料与方法第75-79页
        5.1.1 菌株与质粒第75页
        5.1.2 试剂与药品第75-76页
        5.1.3 主要培养基及成分第76页
        5.1.4 主要缓冲液第76页
        5.1.5 TrCel12A耐碱性突变体的确定第76-77页
        5.1.6 突变质粒的构建第77页
        5.1.7 TrCel12A及其耐碱突变体的异源表达第77-78页
        5.1.8 TrCel12A及其耐碱突变体的酶活测定第78页
        5.1.9 TrCel12A及其耐碱突变体的动力学参数测定第78页
        5.1.10 TrCel12A及其耐碱突变体的热稳定性测定第78页
        5.1.11 TrCel12A及其耐碱突变体的产物谱测定第78页
        5.1.12 TrCel12A及其耐碱突变体的耐碱性测定第78-79页
    5.2 结果与分析第79-86页
        5.2.1 TrCel12A与三个碱性酶的结构生物信息学分析第79-81页
        5.2.2 TrCel12A及其耐碱突变体的异源表达第81-82页
        5.2.3 TrCel12A及其耐碱突变体的酶活和稳定性第82-83页
        5.2.4 TrCel12A及其耐碱突变体的分子动力学参数第83-84页
        5.2.5 TrCel12A及其耐碱突变体的产物谱变化第84-85页
        5.2.6 TrCel12A及其耐碱突变体的耐碱性第85-86页
    5.3 小结与讨论第86-87页
全文总结与展望第87-91页
参考文献第91-101页
致谢第101-102页
攻读学位期间发表的学术论文第102-103页
学位论文评阅及答辩情况表第103页

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