| 摘要 | 第12-14页 |
| Abstract | 第14-15页 |
| 缩略词表 | 第16-18页 |
| 1 文献综述 | 第18-28页 |
| 1.1 匍匐茎的形成 | 第18-20页 |
| 1.2 环境因素调控匍匐茎发生 | 第20-22页 |
| 1.3 赤霉素调节匍匐茎的发生 | 第22-26页 |
| 1.3.1 GA生物合成及信号转导 | 第22-24页 |
| 1.3.2 GA信号途径的调控 | 第24-25页 |
| 1.3.3 GA在匍匐茎发生中的作用 | 第25-26页 |
| 1.4 匍匐茎发生的遗传控制 | 第26-27页 |
| 1.5 本研究目的及意义 | 第27-28页 |
| 2 材料与方法 | 第28-47页 |
| 2.1 植物试验材料 | 第28页 |
| 2.2 突变表型的观察鉴定 | 第28-29页 |
| 2.2.1 实生苗培养 | 第28页 |
| 2.2.2 匍匐茎突变体表现的鉴定 | 第28页 |
| 2.2.3 遗传分析 | 第28-29页 |
| 2.3 核酸的提取及纯化 | 第29-32页 |
| 2.3.1 草莓DNA的提取 | 第29-30页 |
| 2.3.2 草莓RNA的提取 | 第30-31页 |
| 2.3.3 质粒的提取 | 第31页 |
| 2.3.4 DNA片段的回收 | 第31-32页 |
| 2.3.5 PCR产物的纯化 | 第32页 |
| 2.4 全基因组重测序BSA | 第32-33页 |
| 2.4.1 测序文库的构建及高通量测序 | 第32-33页 |
| 2.4.2 测序数据的分析 | 第33页 |
| 2.5 分子标记开发与基因定位 | 第33-35页 |
| 2.5.1 Indel、dCAPS分子标记开发与扩增 | 第33-35页 |
| 2.5.2 连锁分析与图谱构建 | 第35页 |
| 2.6 候选基因的验证 | 第35-42页 |
| 2.6.1 候选基因的测序分析 | 第35-37页 |
| 2.6.1.1 编码序列的扩增 | 第35-36页 |
| 2.6.1.2 DNA片段的回收与TA克隆 | 第36页 |
| 2.6.1.3 重组质粒转入大肠杆菌 | 第36页 |
| 2.6.1.4 重组质粒的PCR鉴定 | 第36-37页 |
| 2.6.1.5 重组质粒提取及测序 | 第37页 |
| 2.6.2 候选基因功能的转基因验证 | 第37-42页 |
| 2.6.2.1 FveRGA1RNAi干扰表达载体的构建 | 第37-38页 |
| 2.6.2.2 FveRGA1过量表达载体的构建 | 第38-39页 |
| 2.6.2.3 载体导入农杆菌 | 第39-40页 |
| 2.6.2.4 农杆菌介导的草莓遗传转化 | 第40-41页 |
| 2.6.2.5 阳性植株的筛选与鉴定 | 第41-42页 |
| 2.7 RGA1基因的相关分析 | 第42-44页 |
| 2.7.1 RGA类基因序列比对和进化树构建 | 第42页 |
| 2.7.2 FveRGA1亚细胞定位 | 第42-44页 |
| 2.7.2.1 FveRGA1与GFP融合表达载体的构建 | 第42-43页 |
| 2.7.2.2 拟南芥原生质体的提取 | 第43-44页 |
| 2.7.2.3 PEG-Ca2+介导的重组质粒转化 | 第44页 |
| 2.7.2.4 激光共聚焦显微镜下荧光信号的观察 | 第44页 |
| 2.7.3 FveRGA1的转录特性分析 | 第44页 |
| 2.7.3.1 FveRGA1的转录水平分析 | 第44页 |
| 2.7.3.2 FveRGA1的启动子分析 | 第44页 |
| 2.8 转录组测序 | 第44-47页 |
| 2.8.1 草莓茎尖生长点总RNA提取 | 第44-45页 |
| 2.8.2 cDNA文库构建与Illumina测序 | 第45页 |
| 2.8.3 生物信息学分析 | 第45页 |
| 2.8.4 差异表达基因的验证 | 第45-47页 |
| 3 结果与分析 | 第47-76页 |
| 3.1 森林草莓匍匐茎突变体srp的表型鉴定 | 第47-48页 |
| 3.2 突变体srp匍匐茎性状的遗传分析 | 第48页 |
| 3.3 srp基因的定位 | 第48-56页 |
| 3.3.1 混池构建 | 第48-49页 |
| 3.3.2 测序数据及分析 | 第49-50页 |
| 3.3.3 SNP检测及注释 | 第50-51页 |
| 3.3.4 InDel检测及注释 | 第51-52页 |
| 3.3.5 子代SNP频率计算 | 第52页 |
| 3.3.6 目标性状区域定位及注释 | 第52-53页 |
| 3.3.7 传统遗传作图法确定候选区间 | 第53-56页 |
| 3.4 srp候选基因的克隆和测序分析 | 第56-58页 |
| 3.5 FveRGA1基因的转化验证 | 第58-65页 |
| 3.5.1 YW及RG中FveRGA1基因的沉默 | 第58-62页 |
| 3.5.1.1 FveRGA1基因沉默表达载体的构建 | 第58-59页 |
| 3.5.1.2 YW及RG中FveRGA1基因的沉默 | 第59-62页 |
| 3.5.2 野生型YW的FveRGA1基因在srp中的过量表达 | 第62-65页 |
| 3.5.2.1 FveRGA1基因过量表达载体的构建 | 第62-63页 |
| 3.5.2.2 FveRGA1基因在srp中的过量表达 | 第63-65页 |
| 3.6 RGA1基因分析 | 第65-71页 |
| 3.6.1 DELLA基因进化分析 | 第65-68页 |
| 3.6.2 RGA1的亚细胞定位 | 第68-70页 |
| 3.6.2.1 RGA1与GFP融合表达载体的构建 | 第68-69页 |
| 3.6.2.2 FveRGA1亚细胞定位在线预测 | 第69页 |
| 3.6.2.3 拟南芥原生质体中的FveRGA1亚细胞定位 | 第69-70页 |
| 3.6.3 FveRGA1基因表达特性 | 第70-71页 |
| 3.6.3.1 FveRGA1基因转录水平表达特性 | 第70页 |
| 3.6.3.2 FveRGA1基因启动子的克隆及分析 | 第70-71页 |
| 3.7 YW与srp茎尖转录组高通量测序分析 | 第71-76页 |
| 3.7.1 转录组测序数据及质量控制 | 第71-72页 |
| 3.7.2 差异表达分析 | 第72-74页 |
| 3.7.3 差异表达基因验证 | 第74-76页 |
| 4 讨论 | 第76-80页 |
| 4.1 全基因组重测序与传统分子标记结合的方法定位候选基因 | 第76页 |
| 4.2 匍匐茎发生候选基因的鉴定 | 第76-77页 |
| 4.3 赤霉素调控匍匐茎发生 | 第77-78页 |
| 4.4 草莓RGA1的功能 | 第78-80页 |
| 5 结论及创新点 | 第80-81页 |
| 5.1 结论 | 第80页 |
| 5.2 创新点 | 第80-81页 |
| 参考文献 | 第81-95页 |
| 附录 | 第95-104页 |
| 致谢 | 第104-106页 |
| 攻读学位期间发表文章及专利 | 第106-107页 |
