| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-11页 |
| 第一章 绪论 | 第12-23页 |
| 1.1 蛋白质序列比对 | 第12-17页 |
| 1.1.1 蛋白质序列比对研究背景 | 第12-15页 |
| 1.1.2 蛋白质序列比对研究现状 | 第15-16页 |
| 1.1.3 本课题研究内容 | 第16-17页 |
| 1.2 基因拼接 | 第17-22页 |
| 1.2.1 基因拼接研究背景 | 第17-19页 |
| 1.2.2 基因拼接研究现状 | 第19-21页 |
| 1.2.3 基因拼接研究内容 | 第21-22页 |
| 1.3 论文组织 | 第22-23页 |
| 第二章 基于Intel Xeon Phi的蛋白质序列比对算法 | 第23-36页 |
| 2.1 Intel MIC架构介绍 | 第23-25页 |
| 2.2 PROSITE蛋白质数据库比对算法 | 第25-28页 |
| 2.3 XPFS的并行设计与优化 | 第28-33页 |
| 2.3.1 XPFS执行流程 | 第29页 |
| 2.3.2 并行算法设计与优化 | 第29-33页 |
| 2.4 XPFS的性能比较与分析 | 第33-34页 |
| 2.5 XPFS算法贡献与总结 | 第34-36页 |
| 第三章 面向二代测序技术的基因拼接算法 | 第36-45页 |
| 3.1 ARCS基因拼接算法 | 第36-40页 |
| 3.1.1 ARCS拼接算法基本介绍 | 第36页 |
| 3.1.2 ARCS基因拼接算法的整体流程 | 第36-40页 |
| 3.2 对ARCS算法的性能优化 | 第40-43页 |
| 3.3 ARCS性能分析与比较 | 第43-44页 |
| 3.4 ARCS算法的贡献与总结 | 第44-45页 |
| 第四章 总结与展望 | 第45-48页 |
| 4.1 工作总结 | 第46页 |
| 4.2 未来展望 | 第46-48页 |
| 4.2.1 利用GPU和MIC加速蛋白质序列比对 | 第46-47页 |
| 4.2.2 设计针对第三代测序数据的拼接算法 | 第47-48页 |
| 参考文献 | 第48-52页 |
| 致谢 | 第52-53页 |
| 攻读学位期间发表的主要学术论文 | 第53-54页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第54页 |