| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第1章 绪论 | 第8-17页 |
| 1.1 课题背景与研究目的及意义 | 第8-9页 |
| 1.2 测序技术发展及其展望 | 第9-11页 |
| 1.3 拼接算法简介 | 第11-16页 |
| 1.3.1 贪婪算法 | 第12-13页 |
| 1.3.2 overlap-layout-consensus 算法 | 第13页 |
| 1.3.3 基于 de bruijn 图的算法 | 第13-15页 |
| 1.3.4 拼接算法比较 | 第15-16页 |
| 1.4 论文的主要内容 | 第16-17页 |
| 第2章 测序数据纠错处理 | 第17-24页 |
| 2.1 引言 | 第17页 |
| 2.2 纠错算法简介 | 第17-20页 |
| 2.2.1 HiTEC 算法 | 第17-18页 |
| 2.2.2 SHREC 算法 | 第18-19页 |
| 2.2.3 Reptile 算法 | 第19-20页 |
| 2.2.4 纠错方法比较 | 第20页 |
| 2.3 数据纠错 | 第20-23页 |
| 2.3.1 数据介绍 | 第20-21页 |
| 2.3.2 利用 HiTEC 算法纠错 | 第21-23页 |
| 2.4 本章小结 | 第23-24页 |
| 第3章 基于概率模型的基因组从头测序算法 | 第24-34页 |
| 3.1 引言 | 第24页 |
| 3.2 原理介绍 | 第24-26页 |
| 3.3 构建概率模型 | 第26-29页 |
| 3.3.1 编码规则 | 第27页 |
| 3.3.2 数据存储结构 | 第27-28页 |
| 3.3.3 构建哈希表 | 第28-29页 |
| 3.4 DNA 拼接策略 | 第29-33页 |
| 3.4.1 种子选取规则 | 第30-31页 |
| 3.4.2 拼接方法 | 第31-33页 |
| 3.5 本章小结 | 第33-34页 |
| 第4章 基于启发式规则的算法优化 | 第34-44页 |
| 4.1 引言 | 第34-35页 |
| 4.2 无后缀问题及解决方案 | 第35-38页 |
| 4.2.1 退五进八原则 | 第35-36页 |
| 4.2.2 反向拼接策略 | 第36-38页 |
| 4.3 多个后缀问题及解决方案 | 第38-43页 |
| 4.3.1 repeat 问题及解决方法 | 第40-42页 |
| 4.3.2 错误高发区问题及解决方案 | 第42-43页 |
| 4.4 本章小结 | 第43-44页 |
| 第5章 实验结果与分析 | 第44-48页 |
| 5.1 实验环境及测试用例 | 第44页 |
| 5.2 测试结果分析 | 第44-47页 |
| 5.2.1 与 SOAPdenovo 比较 | 第45-46页 |
| 5.2.2 与 Velvet 比较 | 第46-47页 |
| 5.3 本章小结 | 第47-48页 |
| 结论 | 第48-49页 |
| 参考文献 | 第49-53页 |
| 致谢 | 第53页 |