RNA二级结构中假结的研究及预测
| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第1章 绪论 | 第10-14页 |
| 1.1 研究背景与意义 | 第10-11页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第11-12页 |
| 1.3 论文研究内容及结构 | 第12-14页 |
| 1.3.1 论文研究内容 | 第12-13页 |
| 1.3.2 论文结构安排 | 第13-14页 |
| 第2章 RNA 及其二级结构相关内容 | 第14-26页 |
| 2.1 RNA 的基本知识 | 第14-16页 |
| 2.1.1 RNA 的构成 | 第14-15页 |
| 2.1.2 RNA 的种类及功能 | 第15-16页 |
| 2.2 RNA 的结构及其表示方法 | 第16-20页 |
| 2.2.1 RNA 的二级结构 | 第16-17页 |
| 2.2.2 RNA 二级结构的表示方法 | 第17-20页 |
| 2.3 假结 | 第20-22页 |
| 2.3.1 假结的功能 | 第20-21页 |
| 2.3.2 假结的结构 | 第21-22页 |
| 2.4 RNA 的数据库 | 第22-23页 |
| 2.4.1 RNASTRAND数据库 | 第22-23页 |
| 2.4.2 PseudoBase数据库 | 第23页 |
| 2.5 自由能 | 第23-26页 |
| 2.5.1 最小自由能 | 第24页 |
| 2.5.2 能量模型 | 第24-26页 |
| 第3章 包含假结的 RNA 二级结构预测算法现状 | 第26-36页 |
| 3.1 比较序列分析法 | 第26-27页 |
| 3.2 基于最小自由能的动态规划方法 | 第27-32页 |
| 3.2.1 PKNOTS 算法 | 第27-29页 |
| 3.2.2 NUPACK 算法 | 第29-30页 |
| 3.2.3 pknotsRG 算法 | 第30-31页 |
| 3.2.4 LP 算法 | 第31-32页 |
| 3.3 启发式算法 | 第32-34页 |
| 3.3.1 遗传算法 | 第32-33页 |
| 3.3.2 遗传模拟退火算法 | 第33-34页 |
| 3.4 本章小结 | 第34-36页 |
| 第4章 RNA 二级结构中假结的预测算法研究 | 第36-48页 |
| 4.1 算法整体描述 | 第36页 |
| 4.2 假结数据收集 | 第36-37页 |
| 4.3 方法模型 | 第37-44页 |
| 4.3.1 预测不含假结的 RNA 二级结构 | 第38页 |
| 4.3.2 假结结构的能量模型 | 第38-40页 |
| 4.3.3 含假结结构的局部交互预测 | 第40-44页 |
| 4.4 计算结果比较与分析 | 第44-48页 |
| 4.4.1 评测标准 | 第45页 |
| 4.4.2 计算结果比较分析 | 第45-47页 |
| 4.4.3 算法复杂性分析 | 第47-48页 |
| 第5章 总结与展望 | 第48-49页 |
| 参考文献 | 第49-53页 |
| 作者简介 | 第53页 |
| 硕士期间发表的学术论文 | 第53-54页 |
| 致谢 | 第54页 |
