| 致谢 | 第5-6页 |
| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-9页 |
| 专业词汇中英文对照表 | 第10-15页 |
| 第一章 引言 | 第15-29页 |
| 一、概述 | 第15-16页 |
| 二、脊索瘤相关研究综述 | 第16-24页 |
| 1、脊索瘤是起源于脊索组织的罕见肿瘤 | 第16-19页 |
| 2、脊索瘤基因组水平研究落后于常见肿瘤 | 第19-22页 |
| 3、脊索瘤转录组水平研究面临的挑战 | 第22-23页 |
| 4、脊索瘤分子水平亚分类研究尚未开展 | 第23-24页 |
| 三、肿瘤基因组学研究方法概述 | 第24-29页 |
| 1、肿瘤是基因组疾病 | 第24-25页 |
| 2、利用芯片技术研究肿瘤基因组 | 第25页 |
| 3、利用第二代测序技术研究肿瘤基因组 | 第25-27页 |
| 4、肿瘤致病候选基因的验证 | 第27-29页 |
| 第二章 脊索瘤的基因组和转录组研究 | 第29-53页 |
| 一、研究背景 | 第29页 |
| 二、脊索瘤致病关键分子通路研究 | 第29-50页 |
| 1、材料和方法 | 第29-34页 |
| 1.1 研究样本 | 第29-30页 |
| 1.2 样本基因组DNA提取 | 第30页 |
| 1.3 样本总RNA提取 | 第30页 |
| 1.4 反转录合成cDNA | 第30-31页 |
| 1.5 外显子组测序 | 第31页 |
| 1.6 外显子组数据比对分析和变异检测 | 第31页 |
| 1.7 mRNA转录组测序和比对分析 | 第31-32页 |
| 1.8 miRNA转录组测序和分析 | 第32页 |
| 1.9 整合miRNA和mRNA数据分析 | 第32页 |
| 1.10 候选基因TGFβ3表达量检测 | 第32-33页 |
| 1.11 新miRNA克隆测序验证 | 第33页 |
| 1.12 候选miRNA表达量检测 | 第33页 |
| 1.13 体细胞突变验证 | 第33页 |
| 1.14 体细胞CNV检测 | 第33-34页 |
| 1.15 细胞系增殖检测 | 第34页 |
| 1.16 在斑马鱼中敲低TGFβ3 | 第34页 |
| 2、研究结果 | 第34-50页 |
| 2.1 样本信息 | 第34-35页 |
| 2.2 外显子测序数据概况 | 第35页 |
| 2.3 脊索瘤属于体细胞突变数目较少的肿瘤类型 | 第35-36页 |
| 2.4 转录组测序数据概况 | 第36-37页 |
| 2.5 在chromosome 2q36.3区域鉴定出一个新的miRNA | 第37页 |
| 2.6 差异表达基因分析 | 第37-39页 |
| 2.7 TGFp信号通路被显著富集并处于抑制状态 | 第39-41页 |
| 2.8 扩大样本量验证差异表达的miRNA和mRNA | 第41-45页 |
| 2.9 TGFβ3处理可显著抑制脊索瘤细胞系增殖 | 第45-47页 |
| 2.10 敲低TGFβ3可诱导斑马鱼产生脊索瘤 | 第47-48页 |
| 2.11 TGFβ3和miR-29基因区域分别发生体细胞拷贝数缺失和扩增 | 第48-50页 |
| 三、小结与讨论 | 第50-53页 |
| 第三章 脊索瘤标记基因T的可变剪切体表达水平研究 | 第53-61页 |
| 一、研究背景 | 第53-54页 |
| 二、T基因可变剪切体表达水平研究 | 第54-59页 |
| 1、材料和方法 | 第54-55页 |
| 1.1 研究样本 | 第54页 |
| 1.2 微滴数字PCR | 第54页 |
| 1.3 Western Blot实验 | 第54-55页 |
| 1.4 rs2305089基因型检测 | 第55页 |
| 1.5 统计分析 | 第55页 |
| 2、结果 | 第55-59页 |
| 2.1 样本信息 | 第55-56页 |
| 2.2 T基因的两种可变剪切体在脊索和脊索瘤中的表达模式显著不同 | 第56-58页 |
| 2.3 在蛋白质表达水平T-long在脊索瘤中占主导 | 第58-59页 |
| 2.4 rs2305089与T基因的可变剪切无显著相关性 | 第59页 |
| 三、小结与讨论 | 第59-61页 |
| 第四章 基于全基因组甲基化分型数据的脊索瘤亚分类研究 | 第61-69页 |
| 一、研究背景 | 第61-62页 |
| 二、利用甲基化分型芯片研究脊索瘤亚分类情况 | 第62-66页 |
| 1 、材料和方法 | 第62页 |
| 1.1 研究样本 | 第62页 |
| 1.2 甲基化芯片分型 | 第62页 |
| 1.3 甲基化芯片数据分析 | 第62页 |
| 2、结果 | 第62-66页 |
| 2.1 样本信息 | 第62-63页 |
| 2.2 通过聚类分析发现经典新脊索瘤存在两个亚类 | 第63-64页 |
| 2.3 两个亚类之间差异基因富集到胞外基质相关通路 | 第64页 |
| 2.4 两个亚类间的临床表型存在不同 | 第64-65页 |
| 2.5 原发脊索瘤甲基化水平低于复发脊索瘤 | 第65-66页 |
| 三、小结与讨论 | 第66-69页 |
| 参考文献 | 第69-87页 |
| 附录 | 第87-99页 |
| 作者简介及在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第99页 |
