| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-10页 |
| 上篇 文献综述 | 第10-22页 |
| 1. 引言 | 第10-22页 |
| ·小球藻概述 | 第10-12页 |
| ·小球藻的开发利用 | 第12-14页 |
| ·小球藻的商品化开发 | 第12页 |
| ·绿藻的生物质能源开发 | 第12-14页 |
| ·小球藻的育种研究进展 | 第14页 |
| ·16S、18S rDNA用以系统进化的研究 | 第14页 |
| ·藻类cpDNA的发现和研究现状 | 第14-16页 |
| ·新一代测序平台——Illumina HiSeq 2000 | 第16-19页 |
| ·基因组注释、基因库共享的现实意义 | 第19页 |
| ·本试验研究的目的、意义 | 第19-21页 |
| ·本研究技术路线 | 第21-22页 |
| 下篇 研究内容 | 第22-61页 |
| 1. 材料与方法 | 第22-36页 |
| ·实验材料 | 第22页 |
| ·藻株来源 | 第22页 |
| ·菌株和质粒 | 第22页 |
| ·主要仪器和试剂 | 第22-23页 |
| ·主要仪器 | 第22页 |
| ·主要试剂 | 第22-23页 |
| ·实验中培养基的配置 | 第23-25页 |
| ·实验方法 | 第25-36页 |
| ·小球藻的平板活化、培养及含油鉴定 | 第25页 |
| ·小球藻SAG211-12的分子生物学鉴定 | 第25-26页 |
| ·小球藻扩大培养、种质保存 | 第26-27页 |
| ·三种方法大量提取小球藻总DNA | 第27-28页 |
| ·小球藻全基因组DNA的高通量测序 | 第28页 |
| ·小球藻cpDNA序列初步拼接 | 第28-33页 |
| ·尿素法提取高质量cpDNA | 第33-35页 |
| ·cpDNA作为模板的PCR扩增 | 第35-36页 |
| ·cpDNA结构分析和基因注释 | 第36页 |
| 2. 结果与分析 | 第36-56页 |
| ·藻株的活化、培养和含油鉴定 | 第36-37页 |
| ·小球藻藻株的活化与培养 | 第36-37页 |
| ·小球藻尼罗红染色后的荧光显微观察 | 第37页 |
| ·模式藻种分子生物学鉴定及种质保存 | 第37-39页 |
| ·小球藻总DNA提取和分子鉴定 | 第37-38页 |
| ·模式藻株SAG211-12种质资源保存 | 第38-39页 |
| ·尿素法大量提取小球藻总DNA | 第39-42页 |
| ·小球藻SAG211-12的扩大培养 | 第39-40页 |
| ·Urea法大量提取小球藻总DNA的优势 | 第40-42页 |
| ·普通小球藻全基因组高通量测序结果 | 第42-43页 |
| ·小球藻cpDNA序列拼接 | 第43-47页 |
| ·cpDNA初步拼接结果 | 第43-44页 |
| ·PCR扩增、测序及相关分析 | 第44-46页 |
| ·TA克隆大片段进行测序 | 第46-47页 |
| ·Percoll分离法、尿素法提取cpDNA的质量检测结果 | 第47-49页 |
| ·小球藻cpDNA的结构拼接和解析 | 第49-55页 |
| ·16S、18S rDNA特异性扩增 | 第49-50页 |
| ·基于近缘种16S rDNA序列的系统树构建 | 第50页 |
| ·以cpDNA为模板的特异性扩增 | 第50-51页 |
| ·SAG211-12藻株cpDNA包含基因的汇总 | 第51-53页 |
| ·普通小球藻SAG211-12 cpDNA碱基组成特征 | 第53-54页 |
| ·普通小球藻SAG211-12 cpDNA结构特征 | 第54-55页 |
| ·cpDNA的数据上传和登录号获得 | 第55-56页 |
| 3. 讨论 | 第56-60页 |
| ·Percoll法和尿素法对cpDNA高质量提取的优势 | 第56页 |
| ·关于藻类基因组学研究的必要性 | 第56-57页 |
| ·藻类叶绿体基因组结构探讨 | 第57-58页 |
| ·cpDNA序列共享有助于叶绿体起源、进化和功能基因组学研究 | 第58-60页 |
| 4. 结论 | 第60-61页 |
| 创新和结语 | 第61-62页 |
| 参考文献 | 第62-67页 |
| 附录1：18S rDNA序列(1864 bp) | 第67-68页 |
| 附录2：16S rDNA(1494 bp) | 第68-69页 |
| 附录3：primer premier 5.0设计的引物 | 第69-71页 |
| 附录4：Mac Vector设计的引物 | 第71-72页 |
| 缩略语 | 第72-73页 |
| 攻读硕士期间发表或者待发表的文章 | 第73-74页 |
| 致谢 | 第74页 |
