| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-13页 |
| 表索引 | 第13-14页 |
| 图索引 | 第14-16页 |
| 英文缩略表 | 第16-18页 |
| 第一章 绪论 | 第18-42页 |
| ·燃料乙醇生产 | 第18-23页 |
| ·能源消耗与石油资源的矛盾 | 第18-19页 |
| ·生物质能源 | 第19-20页 |
| ·木质纤维素乙醇生产 | 第20-23页 |
| ·五碳糖的利用 | 第23-28页 |
| ·五碳糖发酵 | 第24-25页 |
| ·作为研究木糖发酵模式生物的S.stipitis | 第25-28页 |
| ·高通量基因组学研究技术 | 第28-38页 |
| ·高通量测序技术 | 第28-33页 |
| ·蛋白质组学研究技术 | 第33-38页 |
| ·研究意义、目标和内容 | 第38-42页 |
| 第二章 建立生物信息学分析平台 | 第42-50页 |
| ·方法 | 第42-44页 |
| ·硬件系统 | 第42-43页 |
| ·配置运算环境 | 第43页 |
| ·数据集 | 第43-44页 |
| ·构建数据库管理系统 | 第44页 |
| ·结果和讨论 | 第44-49页 |
| ·分析平台的硬件规划 | 第44-45页 |
| ·数据库结构 | 第45-47页 |
| ·结合数据库和R软件开发分析程序 | 第47-49页 |
| ·结论 | 第49-50页 |
| 第三章 转录本测序和转录组分析 | 第50-76页 |
| ·材料和方法 | 第50-57页 |
| ·培养和处理酵母细胞 | 第50-51页 |
| ·提取总RNA和纯化mRNA | 第51-52页 |
| ·构建cDNA文库和RNA-Seq测序 | 第52页 |
| ·RNA-Seq数据基因组作图和归一化处理 | 第52-53页 |
| ·发现新的转录本 | 第53页 |
| ·差异转录分析 | 第53页 |
| ·GO和代谢途径分析 | 第53-54页 |
| ·实时荧光定量反转录PCR | 第54-57页 |
| ·结果和讨论 | 第57-75页 |
| ·细胞培养 | 第57-59页 |
| ·提取RNA | 第59页 |
| ·RNA-Seq结果概述 | 第59-63页 |
| ·不同碳源下的转录组转录水平比较分析 | 第63-65页 |
| ·GO注释的比较分析 | 第65-69页 |
| ·转录本在染色体上的分布 | 第69页 |
| ·糖代谢 | 第69-72页 |
| ·qPCR验证RNA-Seq结果 | 第72-75页 |
| ·结论 | 第75-76页 |
| 第四章 预测蛋白质相互作用 | 第76-84页 |
| ·方法 | 第76-79页 |
| ·提取酿酒酵母蛋白质相互作用信息 | 第76页 |
| ·酿酒酵母和S.stipitis本地BLASTP | 第76-77页 |
| ·基于基因的直系同源预测蛋白质相互作用 | 第77页 |
| ·基于基因本体论注释预测蛋白质相互作用 | 第77页 |
| ·整合转录组数据预测蛋白质相互作用 | 第77页 |
| ·蛋白质互作网络中hub蛋白的聚类分析 | 第77-78页 |
| ·蛋白质相互作用网络分析 | 第78-79页 |
| ·结果和讨论 | 第79-82页 |
| ·酿酒酵母和S.stipitis比较基因组分析 | 第79页 |
| ·S.stipitis蛋白质相互作用 | 第79-81页 |
| ·S.stipitis蛋白质相互作用的hub蛋白分类和作用规律 | 第81-82页 |
| ·蛋白质相互作用倾向性分析 | 第82页 |
| ·结论 | 第82-84页 |
| 第五章 无标记定量磷酸化蛋白质组研究 | 第84-103页 |
| ·材料和方法 | 第84-89页 |
| ·菌株和培养条件 | 第84页 |
| ·制备细胞总蛋白 | 第84页 |
| ·蛋白质分级沉淀和胶内酶切 | 第84-85页 |
| ·液内酶切和富集磷酸化多肽 | 第85页 |
| ·nanoLC-MS/MS质谱条件 | 第85-86页 |
| ·蛋白质数据库搜索和统计学分析 | 第86-87页 |
| ·蛋白质组的蛋白质丰度定量 | 第87-88页 |
| ·确定磷酸化修饰位点 | 第88-89页 |
| ·结果和讨论 | 第89-101页 |
| ·实验流程 | 第89-90页 |
| ·蛋白质鉴定和丰度定量分析 | 第90-94页 |
| ·提出改进的鉴定磷酸化修饰位点的算法Psco re | 第94-96页 |
| ·鉴定潜在磷酸化修饰位点 | 第96-100页 |
| ·葡萄糖和木糖对磷酸化蛋白质磷酸化修饰水平的影响 | 第100-101页 |
| ·结论 | 第101-103页 |
| 第六章 基因关联性分析 | 第103-124页 |
| ·方法 | 第103-104页 |
| ·测定游离氨基酸和脂肪酸含量 | 第103页 |
| ·提取KEGG代谢和蛋白质互作信息以及图形化展示 | 第103-104页 |
| ·结果和讨论 | 第104-122页 |
| ·参与糖利用的基因关联性分析 | 第104-109页 |
| ·呼吸链和氧化磷酸化 | 第109-111页 |
| ·参与氨基酸代谢的编码基因关联性分析 | 第111-114页 |
| ·参与脂肪酸β-氧化、细胞组成和合成乙醇的编码基因关联性分析 | 第114-120页 |
| ·S.stipitis的转录组和蛋白质组数据比较 | 第120-122页 |
| ·结论 | 第122-124页 |
| 第七章 全文结论 | 第124-128页 |
| ·全文结论 | 第124-126页 |
| ·论文研究创新点 | 第126-128页 |
| 参考文献 | 第128-134页 |
| 附录(培养基和溶液的配制) | 第134-135页 |
| 致谢 | 第135-137页 |
| 作者简历 | 第137页 |
