| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-18页 |
| 第一章 绪论 | 第18-37页 |
| ·小分子RNA研究进展 | 第18-26页 |
| ·植物miRNA | 第18-23页 |
| ·植物miRNA的生物合成 | 第18页 |
| ·植物miRNA的保守性 | 第18-19页 |
| ·植物miRNA的预测 | 第19-20页 |
| ·植物miRNA的功能 | 第20-21页 |
| ·植物miRNA的靶基因预测 | 第21-22页 |
| ·植物miRNA的进化 | 第22-23页 |
| ·植物siRNA | 第23-26页 |
| ·hc-siRNA | 第23-24页 |
| ·ta-siRNA | 第24页 |
| ·nat-siRNA | 第24-25页 |
| ·phased-siRNA | 第25-26页 |
| ·禾谷类物种进化研究进展 | 第26-30页 |
| ·禾谷类物种基因组测序概况 | 第26页 |
| ·禾谷类物种的系统发育及进化关系 | 第26-30页 |
| ·基因转座机制研究进展 | 第30-31页 |
| ·基因平衡假说 | 第31-33页 |
| ·基因组优势效应 | 第33-34页 |
| ·短柄草开花周期研究进展 | 第34-36页 |
| ·植物开花途径概述 | 第34-35页 |
| ·短柄草开花时间概述 | 第35-36页 |
| ·选题依据 | 第36-37页 |
| 第二章 短柄草小分子RNA的鉴定 | 第37-58页 |
| ·材料与方法 | 第37-39页 |
| ·短柄草材料 | 第37页 |
| ·小分子RNA生物信息学分析流程 | 第37-38页 |
| ·新miRNA鉴定及靶基因预测 | 第38页 |
| ·基因区域差异小分子RNA及GO富集分析 | 第38页 |
| ·nat-siRNA的鉴定 | 第38页 |
| ·phased-siRNA的鉴定 | 第38-39页 |
| ·结果与分析 | 第39-54页 |
| ·短柄草小分子RNA高通量测序分析 | 第39-43页 |
| ·营养器官和生殖器官文库小分子RNA测序分析 | 第39-41页 |
| ·不同光照时间处理条件下的小分子RNA高通量测序分析 | 第41-43页 |
| ·短柄草miRNA基因鉴定 | 第43-46页 |
| ·短柄草保守miRNA基因鉴定 | 第43页 |
| ·短柄草候选miRNA基因鉴定 | 第43-46页 |
| ·短柄草miRNA的靶基因 | 第46-47页 |
| ·短柄草中差异表达的小分子RNA | 第47-51页 |
| ·差异表达的miRNA | 第47-48页 |
| ·基因区域差异表达的siRNA | 第48-51页 |
| ·cis-nat siRNA | 第51-52页 |
| ·phased-siRNA | 第52-54页 |
| ·讨论 | 第54-58页 |
| ·短柄草中MITE起源的miRNA基因 | 第54-55页 |
| ·短柄草siRNA的特征 | 第55-56页 |
| ·短柄草中差异表达的miRNA | 第56-57页 |
| ·短柄草中差异表达的siRNA | 第57-58页 |
| 第三章 MIRNA家族在基因组中的扩增模式 | 第58-73页 |
| ·材料与方法 | 第58-59页 |
| ·基因组序列 | 第58页 |
| ·短柄草小分子RNA在染色体复制区域的分布 | 第58页 |
| ·miRNA转座分析 | 第58-59页 |
| ·结果与分析 | 第59-70页 |
| ·WGD事件与miRNA基因家族的扩增 | 第59-60页 |
| ·miRNA基因以串联复制的形式进行家族成员扩增 | 第60-63页 |
| ·转座子协助miRNA在基因组上重新分布 | 第63-66页 |
| ·nat-miRNA基因的鉴定 | 第66页 |
| ·miRNA基因扩增后功能变化 | 第66-68页 |
| ·miRNA基因数目与靶基因数目关系 | 第68-70页 |
| ·讨论 | 第70-73页 |
| ·miRNA家族的扩增方式 | 第70-71页 |
| ·miRNA家族成员的亚功能化 | 第71-73页 |
| 第四章 禾谷类miRNA基因的古进化分析 | 第73-90页 |
| ·材料与方法 | 第73-74页 |
| ·基因组序列 | 第73页 |
| ·miRNA与靶基因分析 | 第73页 |
| ·靶基因GO功能分析 | 第73页 |
| ·物种间共线性和物种内古复制分析 | 第73-74页 |
| ·miRNA在共线性区域及古染色体复制区域的判定 | 第74页 |
| ·结果与分析 | 第74-86页 |
| ·禾谷类miRNA基因在基因组中的保守性 | 第74-78页 |
| ·miRNA基因在四个物种及祖先染色体上的分布 | 第78-80页 |
| ·miRNA基因在古染色体复制对上的偏好性分布 | 第80-82页 |
| ·miRNA基因在古染色体复制对上的过保留分布 | 第82-83页 |
| ·非过保留的miRNA基因容易通过转座复制 | 第83-85页 |
| ·过保留/非过保留miRNA家族靶基因的富集分析 | 第85-86页 |
| ·讨论 | 第86-90页 |
| ·miRNA家族基因属于剂量效应敏感的基因 | 第86-87页 |
| ·WGD后非过保留miRNA基因较易转座复制 | 第87页 |
| ·miRNA/靶基因互作网络可能影响植物的适应性 | 第87-88页 |
| ·植物miRNA/靶基因互作网络的产生、进化和保守性模型 | 第88-90页 |
| 第五章 全文结论 | 第90-92页 |
| 1. 短柄草小分子RNA的鉴定 | 第90页 |
| 2. miRNA基因家族的扩增机制 | 第90页 |
| 3. miRNA基因的古进化研究为基因平衡假说提供了新证据 | 第90-92页 |
| 参考文献 | 第92-109页 |
| 附录 | 第109-122页 |
| 致谢 | 第122-123页 |
| 作者简介 | 第123-124页 |
| 博士期间发表论文 | 第124页 |
