| 学位论文原创性声明 | 第1-4页 |
| 学位论文版权使用授权书 | 第4-5页 |
| 摘 要 | 第5-8页 |
| ABSTRACT | 第8-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-29页 |
| ·生物信息学与计算生物学 | 第14-15页 |
| ·系统生物学的产生和内涵 | 第15-20页 |
| ·代谢网络的研究内容和现状 | 第20-24页 |
| ·本论文的研究内容和创新点 | 第24-29页 |
| 第二章 叶绿体的内共生起源和进化研究 | 第29-48页 |
| ·引言 | 第29页 |
| ·叶绿体的结构及光合作用的原理 | 第29-38页 |
| ·叶绿体的起源 | 第38-45页 |
| ·水平基因转移 | 第45-47页 |
| ·基于代谢网络比较探讨叶绿体的进化 | 第47页 |
| ·小结 | 第47-48页 |
| 第三章 叶绿体和蓝藻代谢网络的重构及拓扑分析与比较 | 第48-78页 |
| ·引言 | 第48页 |
| ·代谢网络数据库 | 第48-52页 |
| ·叶绿体和蓝藻代谢网络的重构 | 第52-58页 |
| ·代谢网络静态分析方法 | 第58-70页 |
| ·叶绿体与蓝藻代谢网络拓扑特征的比较 | 第70-77页 |
| ·小结 | 第77-78页 |
| 第四章 叶绿体和蓝藻代谢网络模块化分析与比较 | 第78-108页 |
| ·引言 | 第78页 |
| ·代谢网络的层次模块化结构 | 第78-81页 |
| ·代谢网络的模块化分解 | 第81-89页 |
| ·马尔可夫聚类算法与模拟退火聚类算法的比较 | 第89-96页 |
| ·代谢网络模块结构相似性分析 | 第96-99页 |
| ·基于模拟退火算法的叶绿体与蓝藻代谢网络模块化结构比较 | 第99-106页 |
| ·小结 | 第106-108页 |
| 第五章 叶绿体代谢网络的进化 | 第108-123页 |
| ·引言 | 第108页 |
| ·酶的进化模型 | 第108-111页 |
| ·代谢网络的偏好性依附进化 | 第111-114页 |
| ·叶绿体代谢网络的进化分析 | 第114-121页 |
| ·小结 | 第121-123页 |
| 第六章 总结与展望 | 第123-126页 |
| ·工作总结 | 第123-124页 |
| ·工作展望 | 第124-126页 |
| 参考文献 | 第126-134页 |
| 附录 1 | 第134-143页 |
| 致 谢 | 第143-145页 |
| 攻读博士学位期间发表及完成的论文 | 第145页 |