拟南芥和水稻基因组中PLD家族分析
| 摘要 | 第1-11页 |
| ABSTRACT | 第11-13页 |
| 1 引言 | 第13-34页 |
| ·生物信息学的概况 | 第13-15页 |
| ·生物信息学的定义 | 第13-14页 |
| ·生物信息学所用的方法和技术 | 第14-15页 |
| ·数学统计方法 | 第14页 |
| ·动态规划方法 | 第14页 |
| ·模式识别技术 | 第14页 |
| ·数据库技术 | 第14页 |
| ·人工神经网络技术 | 第14-15页 |
| ·分子模型化技术 | 第15页 |
| ·Internet 技术 | 第15页 |
| ·进化树 | 第15-19页 |
| ·序列进化树 | 第16-19页 |
| ·建立数据模型 | 第16页 |
| ·决定取代模型 | 第16-17页 |
| ·建树方法 | 第17页 |
| ·进化树搜索 | 第17-18页 |
| ·确定树根 | 第18页 |
| ·评估进化树和数据 | 第18-19页 |
| ·结构进化树 | 第19页 |
| ·Perl语言在生物数据处理中的应用 | 第19-22页 |
| ·Perl 语言的简介 | 第19-20页 |
| ·Perl 语言的优点 | 第20-21页 |
| ·快速的开发过程 | 第20页 |
| ·极强的可移植性 | 第20页 |
| ·极丰富的语言功能和文本处理能力 | 第20页 |
| ·高超的性能 | 第20-21页 |
| ·对OOP 的强大支持 | 第21页 |
| ·与C/C++的接口非常方便 | 第21页 |
| ·极为丰富的函数库 | 第21页 |
| ·Perl 语言在处理生物数据过程中的优点 | 第21-22页 |
| ·Perl 的正则表示式 | 第21-22页 |
| ·Perl 能容错 | 第22页 |
| ·用于生命科学领域的Bioperl 模块 | 第22页 |
| ·基因家族的研究 | 第22-23页 |
| ·磷脂酶D(PLD)的研究进展 | 第23-33页 |
| ·磷脂酶D 的发现 | 第23-24页 |
| ·PLD 的结构特点 | 第24-26页 |
| ·PLD 的亚细胞定位和组织分布 | 第26-27页 |
| ·PLD 的调控 | 第27-28页 |
| ·PLD 对环境胁迫和激素的响应 | 第28-33页 |
| ·机械损伤 | 第28-29页 |
| ·低温 | 第29-30页 |
| ·渗透胁迫 | 第30-31页 |
| ·脱落酸 | 第31-32页 |
| ·乙烯 | 第32-33页 |
| ·病原微生物 | 第33页 |
| ·目的意义 | 第33-34页 |
| 2 材料与方法 | 第34-48页 |
| ·材料 | 第34-38页 |
| ·植物材料 | 第34页 |
| ·生化试剂 | 第34页 |
| ·实验引物 | 第34页 |
| ·软件和网络资源 | 第34-38页 |
| ·实验方法 | 第38-48页 |
| ·Clustal 的使用 | 第38-39页 |
| ·Phylip 系统发育树 | 第39-40页 |
| ·Mega3.1 构建系统发生树的方法 | 第40-41页 |
| ·本地BLAST 方法 | 第41页 |
| ·CTAB 法提取拟南芥总RNA | 第41-42页 |
| ·RNA 电泳检测 | 第42页 |
| ·反转录cDNA 第一条链的合成 | 第42-43页 |
| ·拟南芥PLD 基因全长的克隆 | 第43-44页 |
| ·连接反应 | 第44页 |
| ·大肠杆菌感受态细胞的制备和转化 | 第44-45页 |
| ·大肠杆菌感受态细胞的制备 | 第44-45页 |
| ·大肠杆菌感受态细胞的转化及克隆筛选 | 第45页 |
| ·碱法小量提取质粒DNA | 第45-46页 |
| ·质粒DNA 的酶切鉴定 | 第46页 |
| ·去磷酸化 | 第46-47页 |
| ·DNA 片段的回收 | 第47页 |
| ·序列测定 | 第47-48页 |
| 3 结果与分析 | 第48-69页 |
| ·拟南芥中PLD 基因的鉴定 | 第48-55页 |
| ·拟南芥中PLD 基因家族的系统发生分析 | 第55-57页 |
| ·拟南芥基因与蛋白质结构分析 | 第57页 |
| ·水稻中PLD 基因的鉴定与结构分析 | 第57-60页 |
| ·拟南芥和水稻中PLD 基因家族的比较分析 | 第60页 |
| ·拟南芥与水稻中PLD 基因的染色体定位 | 第60-63页 |
| ·拟南芥和水稻中PLD 基因的表达模式 | 第63-66页 |
| ·拟南芥和水稻中PLD 基因的组织表达模式 | 第63-65页 |
| ·拟南芥和水稻中PLD 基因的诱导表达模式 | 第65-66页 |
| ·拟南芥PLD 基因的分离 | 第66-69页 |
| ·RNA 的提取及反转录 | 第66-67页 |
| ·拟南芥PLD 基因全长的克隆 | 第67页 |
| ·拟南芥PLD 基因表达载体的构建 | 第67-69页 |
| 4 讨论 | 第69-72页 |
| ·拟南芥和水稻中PLD 基因家族分析 | 第69页 |
| ·系统进化树的构建 | 第69-70页 |
| ·PLD 基因家族的表达分析 | 第70页 |
| ·姊妹基因的表达模式的对比 | 第70-72页 |
| 5 结论 | 第72-73页 |
| 参考文献 | 第73-82页 |
| 致谢 | 第82页 |
