| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第一篇 金黄色葡萄球菌转录因子SarX蛋白的结构和功能研究 | 第13-67页 |
| 第1章 绪论 | 第13-25页 |
| 1.1 金黄色葡萄球菌简介 | 第13-15页 |
| 1.2 金黄色葡萄球菌生物被膜的调控 | 第15-18页 |
| 1.2.1 全局调控因子的调控 | 第15-17页 |
| 1.2.2 双组份调控系统的调控 | 第17-18页 |
| 1.2.3 小非编码RNA的调控 | 第18页 |
| 1.3 全局调控因子SarA家族 | 第18-20页 |
| 1.4 SarX蛋白及其研究现状 | 第20-25页 |
| 第2章 实验材料与方法 | 第25-43页 |
| 2.1 目标基因克隆及质粒构建 | 第25-28页 |
| 2.1.1 目标基因克隆及PCR产物回收 | 第25-26页 |
| 2.1.2 酶切和连接 | 第26-27页 |
| 2.1.3 连接产物转化 | 第27页 |
| 2.1.4 连接产物筛选与质粒制备 | 第27-28页 |
| 2.2 重组蛋白表达菌株构建与表达鉴定 | 第28-29页 |
| 2.2.1 重组蛋白表达菌株构建 | 第28页 |
| 2.2.2 重组蛋白表达鉴定 | 第28-29页 |
| 2.3 重组蛋白表达与纯化 | 第29-30页 |
| 2.3.1 镍柱亲和层析 | 第29-30页 |
| 2.3.2 Superdex~(TM) 200凝胶排阻层析 | 第30页 |
| 2.4 晶体筛选 | 第30页 |
| 2.5 晶体衍射数据收集与数据处理 | 第30-32页 |
| 2.5.1 衍射数据收集 | 第30-31页 |
| 2.5.2 衍射数据处理 | 第31-32页 |
| 2.6 结构解析与模型修正 | 第32-34页 |
| 2.7 结构模型的质量评估 | 第34-37页 |
| 2.7.1 电子密度吻合情况检测 | 第34-35页 |
| 2.7.2 温度因子分析 | 第35-36页 |
| 2.7.3 实空间相关系数分析 | 第36页 |
| 2.7.4 立体化学分析 | 第36-37页 |
| 2.8 SarX突变体蛋白的构建与纯化 | 第37-38页 |
| 2.9 凝胶阻滞实验 | 第38-39页 |
| 2.10 DNase Ⅰ酶解足迹实验 | 第39-40页 |
| 2.11 荧光偏振实验 | 第40页 |
| 2.12 化学交联 | 第40-41页 |
| 2.13 圆二色谱检测 | 第41页 |
| 2.14 原子力显微镜实验 | 第41-42页 |
| 2.15 分子对接 | 第42-43页 |
| 第3章 实验结果和讨论 | 第43-59页 |
| 3.1 SarX蛋白的表达与纯化 | 第43-44页 |
| 3.2 SarX蛋白与agr promoter相互作用关系及特异性结合位点 | 第44-46页 |
| 3.3 SarX蛋白的结晶与衍射 | 第46-48页 |
| 3.4 SarX蛋白整体结构 | 第48-49页 |
| 3.5 SarX蛋白以同源二聚体发挥功能 | 第49-50页 |
| 3.6 SarX蛋白的DNA结合面分析 | 第50-53页 |
| 3.7 SarX与agr promoter DNA相互作用可以形成核酸蛋白纤维 | 第53-55页 |
| 3.8 基于SarX晶体结构的核酸蛋白纤维模型 | 第55-59页 |
| 本篇小结 | 第59-61页 |
| 参考文献 | 第61-67页 |
| 第二篇 裂殖酵母邻苯二酚氧甲基转移酶spCOMT的结构和功能研究 | 第67-129页 |
| 第4章 绪论 | 第67-77页 |
| 4.1 甲基化反应及其生物学功能概述 | 第67-68页 |
| 4.2 甲基转移酶及其分类 | 第68-70页 |
| 4.3 邻苯二酚氧甲基转移酶及其功能 | 第70-74页 |
| 4.3.1 哺乳动物中的邻苯二酚氧甲基转移酶 | 第70-72页 |
| 4.3.2 植物中的邻苯二酚氧甲基转移酶 | 第72-73页 |
| 4.3.3 微生物中的邻苯二酚氧甲基转移酶 | 第73-74页 |
| 4.4 裂殖酵母邻苯二酚氧甲基转移酶spCOMT研究现状 | 第74-77页 |
| 第5章 实验材料和方法 | 第77-107页 |
| 5.1 目标基因克隆及质粒构建 | 第77-80页 |
| 5.1.1 目标基因克隆及PCR产物回收 | 第77-78页 |
| 5.1.2 酶切和连接 | 第78-79页 |
| 5.1.3 连接产物转化 | 第79页 |
| 5.1.4 连接产物筛选与质粒制备 | 第79-80页 |
| 5.2 重组蛋白表达菌株构建与表达鉴定 | 第80-81页 |
| 5.2.1 重组蛋白表达菌株构建 | 第80页 |
| 5.2.2 重组蛋白表达鉴定 | 第80-81页 |
| 5.3 重组蛋白表达与纯化 | 第81-82页 |
| 5.3.1 镍柱亲和层析 | 第81页 |
| 5.3.2 Superdex~(TM) 200凝胶排阻层析 | 第81-82页 |
| 5.4 晶体初筛与优化 | 第82页 |
| 5.5 晶体衍射数据收集与数据处理 | 第82-87页 |
| 5.5.1 衍射数据收集 | 第82-83页 |
| 5.5.2 衍射数据处理 | 第83-87页 |
| 5.6 结构解析与模型修正 | 第87-92页 |
| 5.6.1 spCOMT蛋白apo结构的解析与修正 | 第87-89页 |
| 5.6.2 spCOMT蛋白与SAM复合物结构的解析与修正 | 第89-92页 |
| 5.7 结构模型的质量评估 | 第92-104页 |
| 5.7.1 spCOMT apo结构模型的电子密度吻合情况检测 | 第92-93页 |
| 5.7.2 spCOMT apo结构模型的温度因子分析 | 第93-95页 |
| 5.7.3 spCOMT apo结构模型的实空间相关系数分析 | 第95-96页 |
| 5.7.4 spCOMT apo结构模型的立体化学分析 | 第96-98页 |
| 5.7.5 spCOMT与SAM复合物结构模型的电子密度吻合情况检测 | 第98-99页 |
| 5.7.6 spCOMT与SAM复合物结构模型的温度因子分析 | 第99-101页 |
| 5.7.7 spCOMT与SAM复合物结构模型的实空间相关系数分析 | 第101-102页 |
| 5.7.8 spCOMT与SAM复合物结构模型的立体化学分析 | 第102-104页 |
| 5.8 spCOMT突变体蛋白的构建及纯化 | 第104-105页 |
| 5.9 等温量热滴定实验 | 第105页 |
| 5.10 圆二色谱检测 | 第105页 |
| 5.11 酶活测定 | 第105-107页 |
| 第6章 实验结果与讨论 | 第107-123页 |
| 6.1 spCOMT的克隆、表达和纯化 | 第107页 |
| 6.2 spCOMT是一个Mg~(2+)依赖的邻苯二酚氧甲基转移酶 | 第107-109页 |
| 6.3 spCOMT的结晶与晶体衍射 | 第109-111页 |
| 6.4 spCOMT整体结构分析 | 第111-112页 |
| 6.5 甲基供体SAM结合口袋分析 | 第112-117页 |
| 6.6 同源物结构比对及分析 | 第117-119页 |
| 6.7 可能的Mg~(2+)结合口袋和甲基受体结合口袋 | 第119-121页 |
| 6.8 可能的spCOMT底物识别及催化机制 | 第121-123页 |
| 本篇小结 | 第123-125页 |
| 参考文献 | 第125-129页 |
| 致谢 | 第129-131页 |
| 在读期间已发表学术论文 | 第131页 |
