| 第一部分 假单胞菌属WBC-3菌株4-硝基苯酚代谢途径中关键蛋白PnpB和PnpE结构和功能的研究 #V | 第1-93页 |
| 摘要 | 第8-11页 |
| ABSTRACT | 第11-14页 |
| 符号说明 | 第14-15页 |
| 第一章 前言 | 第15-27页 |
| ·酚类污染物对环境的影响 | 第15-16页 |
| ·硝基酚类污染物对环境的影响 | 第16-17页 |
| ·对硝基苯酚污染物的治理方法 | 第17-18页 |
| ·硝基苯酚污染物生物降解途径 | 第18-22页 |
| ·3-硝基酚代谢途径 | 第18-19页 |
| ·2-硝基酚代谢途径 | 第19-20页 |
| ·2,4,6-三硝基酚代谢途径 | 第20-21页 |
| ·二硝基酚代谢 | 第21页 |
| ·4-硝基酚代谢途径 | 第21-22页 |
| ·对硝基苯酚代谢途径的分子学的研究 | 第22-26页 |
| ·对硝基苯酚代谢途径中酶的研究背景 | 第22-24页 |
| ·Pseudomonas sp.WBC-3中PNP代谢途径相关酶学性质 | 第24-25页 |
| ·对硝基苯酚代谢途径机理研究瓶颈 | 第25-26页 |
| ·课题研究内容 | 第26-27页 |
| 第二章 Apo-PnpB、PnpB-F-晶体的获得和优化 | 第27-47页 |
| ·实验材料和方法 | 第27-36页 |
| ·菌株、基因组和载体 | 第27-28页 |
| ·试剂和工具酶 | 第28页 |
| ·溶液配制 | 第28-30页 |
| ·主要仪器 | 第30-31页 |
| ·基因克隆 | 第31-34页 |
| ·蛋白质的分离纯化 | 第34-35页 |
| ·Apo-PnpB和PnpB-FMN复合物晶体的生长和优化 | 第35-36页 |
| ·实验结果 | 第36-45页 |
| ·PnpB的分离与纯化 | 第36-42页 |
| ·Apo-PnpB和PnpB-FMN复合物晶体筛选和优化结果 | 第42-45页 |
| ·本章小结 | 第45-47页 |
| 第三章 Apo-PnpE、PnpE-NAD晶体的获得和优化 | 第47-56页 |
| ·实验材料和方法 | 第47-49页 |
| ·菌株、基因组和载体 | 第47页 |
| ·试剂和工具酶 | 第47-48页 |
| ·溶液配制 | 第48页 |
| ·主要仪器 | 第48页 |
| ·基因克隆 | 第48页 |
| ·蛋白质的分离纯化 | 第48-49页 |
| ·Apo-PnpE和PnpE-NAD复合物晶体的生长和优化 | 第49页 |
| ·实验结果 | 第49-55页 |
| ·PnpE的分离与纯化 | 第49-52页 |
| ·Apo-PnpE和PnpE-NAD复合物晶体筛选和优化结果 | 第52-55页 |
| ·本章小结 | 第55-56页 |
| 第四章 晶体结构的解析 | 第56-66页 |
| ·衍射数据的收集与处理 | 第56-59页 |
| ·衍射数据的收集 | 第56-57页 |
| ·衍射数据处理结果 | 第57-59页 |
| ·相角的求解 | 第59-60页 |
| ·分子置换法的基本原理 | 第60-61页 |
| ·基本原理 | 第60-61页 |
| ·分子置换法的实施过程和结果 | 第61页 |
| ·结构的修正 | 第61-66页 |
| ·结构修正的原理 | 第61-62页 |
| ·结构修正的基本过程和结果 | 第62-66页 |
| 第五章 PnpB结构与功能研究 | 第66-81页 |
| ·实验理论及方法 | 第66-71页 |
| ·突变体的克隆、纯化、表达 | 第66-68页 |
| ·PnpB酶活测定 | 第68-69页 |
| ·PnpB与辅因子NADPH分子对接 | 第69-70页 |
| ·PnpB-BQ Autodock的基本步骤 | 第70页 |
| ·PnpB催化反应反应机制的生化验证 | 第70-71页 |
| ·实验结果 | 第71-79页 |
| ·apo-PnpB的三维结构 | 第71-72页 |
| ·PnpB-FMN复合物结构 | 第72-74页 |
| ·PnpB与辅因子NADPH的分子对接 | 第74-75页 |
| ·基于PnpB-NADPH分子对接结果的生化功能分析 | 第75-76页 |
| ·基于PnpB-BQ分子对接结果的生化功能分析 | 第76-77页 |
| ·突变体功能分析 | 第77-78页 |
| ·PnpB催化机制的初步研究 | 第78-79页 |
| ·本章小结 | 第79-81页 |
| 第六章 PnpE结构与功能研究 | 第81-93页 |
| ·实验理论及方法 | 第81-84页 |
| ·突变体的克隆、纯化、表达 | 第81-82页 |
| ·PnpE酶活测定方法 | 第82-83页 |
| ·PnpE与底物分子对接 | 第83-84页 |
| ·实验结果 | 第84-91页 |
| ·Apo-PnpE结构 | 第84-85页 |
| ·PnpE-NAD复合物结构 | 第85-88页 |
| ·PnpE与Pseudomonas aeruginosa BADH的分子叠合 | 第88页 |
| ·PnpE与底物的分子对接 | 第88-89页 |
| ·基于PnpE-底物分子对接结果的生化功能分析 | 第89-90页 |
| ·PnpE催化机制的初步研究 | 第90-91页 |
| ·本章小结 | 第91-92页 |
| 全文总结 | 第92-93页 |
| 第二部分 古菌嗜酸热原体F3因子作为抗癌药物筛选与设计靶点的晶体学结构研究 | 第93-133页 |
| 摘要 | 第93-96页 |
| ABSTRACT | 第96-99页 |
| 符号说明 | 第99-100页 |
| 第一章 前言 | 第100-110页 |
| ·蛋白酶的分类及生物学功能概述 | 第100-101页 |
| ·金属蛋白酶在恶性肿瘤转移中的作用 | 第101-103页 |
| ·氨肽酶N的生物学特点 | 第103-110页 |
| ·氨肽酶N的组织分布 | 第103-104页 |
| ·氨肽酶N的生物学功能 | 第104-106页 |
| ·氨肽酶N的结构特征 | 第106-108页 |
| ·抗氨肽酶N药物研究进展及瓶颈 | 第108-110页 |
| 第二章 Thermoplasma acidophilum F3因子突变体(E101Q,N261T)复合物晶体的获得和优化 | 第110-119页 |
| ·实验材料和方法 | 第110-112页 |
| ·菌株、基因组和载体 | 第110页 |
| ·试剂和工具酶 | 第110页 |
| ·溶液配制 | 第110页 |
| ·主要仪器 | 第110-111页 |
| ·F3因子突变体(E101Q,N261T)基因克隆 | 第111页 |
| ·蛋白质的分离纯化 | 第111-112页 |
| ·蛋白结晶和优化 | 第112页 |
| ·实验结果 | 第112-118页 |
| ·F3因子突变体(E1O1Q,N261T)的分离纯化 | 第112-115页 |
| ·F3因子突变体(E101Q,N261T)与APN抑制剂复合物的晶体筛选和优化结果 | 第115-118页 |
| ·本章小结 | 第118-119页 |
| 第三章 Thermoplasma acidophilum mutatant F3因子突变体(E101Q,N261T)生化性质及阳性抑制剂对其抑制效果的研究 | 第119-125页 |
| ·实验理论及方法 | 第119-121页 |
| ·F3因子突变体氨肽酶活性测定方法 | 第119-120页 |
| ·F3因子突变体氨肽酶Km值的测定 | 第120页 |
| ·F3因子突变体氨肽酶最适反应温度的测定 | 第120页 |
| ·F3因子突变体氨肽酶最适反应pH的测定 | 第120页 |
| ·F3因子突变体氨肽酶热稳定性研究 | 第120-121页 |
| ·F3因子突变体与APN抑制剂IC50比较 | 第121页 |
| ·实验结果 | 第121-124页 |
| ·F3因子突变体氨肽酶Km值的测定 | 第121-122页 |
| ·F3因子突变体氨肽酶最适反应温度 | 第122页 |
| ·F3因子突变体氨肽酶最适反应pH值 | 第122-123页 |
| ·F3因子突变体氨肽酶温度稳定性 | 第123页 |
| ·APN抑制剂对F3因子突变体的IC50与商品化酶的比较 | 第123-124页 |
| ·本章小结 | 第124-125页 |
| 第四章 Thermoplasma acidophilum F3因子突变体(E101Q,N261T)复合物晶体的解析及结构的分析 | 第125-133页 |
| ·衍射数据的收集与处理 | 第125-126页 |
| ·X射线衍射 | 第125页 |
| ·衍射数据的收集 | 第125页 |
| ·衍射数据处理的实施过程和结果 | 第125-126页 |
| ·相角的求解 | 第126页 |
| ·分子置换法的基本原理 | 第126-127页 |
| ·结构的修正 | 第127-128页 |
| ·结构修正的原理 | 第127页 |
| ·结构修正的结果 | 第127-128页 |
| ·F3因子突变体与D24复合物结构分析 | 第128-131页 |
| ·抑制剂D24与F3因子突变体活性位点的相互作用 | 第128-129页 |
| ·F3因子突变前后结构比较 | 第129-130页 |
| ·F3因子突变体与eAPN两者与抑制剂结合活性位点比较 | 第130-131页 |
| ·本章小结 | 第131-133页 |
| 全文总结 | 第133-134页 |
| 附录 | 第134-138页 |
| 参考文献 | 第138-145页 |
| 攻读博士学位论文期间发表论文 | 第145-146页 |
| 致谢 | 第146-147页 |
| 外文写作一 | 第147-160页 |
| 外文写作二 | 第160-173页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第173页 |
