| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第一章 前言 | 第17-39页 |
| 1.1 古菌概述 | 第17-24页 |
| 1.1.1 古菌的发现 | 第17-18页 |
| 1.1.2 古菌的分类 | 第18页 |
| 1.1.3 古菌的基本特征 | 第18页 |
| 1.1.4 古菌的DNA复制特点 | 第18-19页 |
| 1.1.5 古菌转录研究进展 | 第19-23页 |
| 1.1.6 古菌的研究与应用价值 | 第23-24页 |
| 1.2 硫化叶菌概述 | 第24-26页 |
| 1.2.1 硫化叶菌属 | 第24-25页 |
| 1.2.2 硫化叶菌的分类、命名与生态学特性 | 第25页 |
| 1.2.3 冰岛硫化叶菌E233S | 第25-26页 |
| 1.3 病毒的简述 | 第26页 |
| 1.4 细菌噬菌体及其转录调节研究进展 | 第26-28页 |
| 1.4.1 无基因组编码RNAP的细菌噬菌体的转录调节研究进展 | 第27页 |
| 1.4.2 基因组编码RNAP的细菌噬菌体的转录调节研究进展 | 第27-28页 |
| 1.5 古菌病毒的概述 | 第28-37页 |
| 1.5.1 古菌病毒研究进程 | 第28-29页 |
| 1.5.2 古菌病毒形态及分类 | 第29-31页 |
| 1.5.3 古菌病毒的转录机制研究进展 | 第31-34页 |
| 1.5.4 纺锤形病毒STSV1/STSV2 | 第34-36页 |
| 1.5.5 古细菌病毒研究存在的问题 | 第36-37页 |
| 1.6 本课题研究的目的及意义 | 第37-39页 |
| 第二章 病毒STSV2感染过程中硫化叶菌E233S RNA聚合酶蛋白复合物组成的研究 | 第39-72页 |
| 2.1 材料 | 第39-43页 |
| 2.1.1 菌株与质粒 | 第39页 |
| 2.1.2 试剂 | 第39-40页 |
| 2.1.3 仪器 | 第40-41页 |
| 2.1.4 培养基配方 | 第41-42页 |
| 2.1.5 引物合成和测序 | 第42-43页 |
| 2.2 方法 | 第43-52页 |
| 2.2.1 硫化叶菌及STSV2的培养方法 | 第43页 |
| 2.2.2 病毒STSV2感染硫化叶菌E233S | 第43-44页 |
| 2.2.3 转化方法 | 第44-45页 |
| 2.2.4 硫化叶菌H5-2 Rpo2亚基基因的克隆 | 第45页 |
| 2.2.5 anti-Rpo2抗体的制备 | 第45-46页 |
| 2.2.6 构建转基因硫化叶菌菌株E233S/pSeSD-Rpo2-1 | 第46-47页 |
| 2.2.7 Rpo2-1基因诱导表达 | 第47页 |
| 2.2.8 RNA提取和检测 | 第47-48页 |
| 2.2.9 反转录 | 第48页 |
| 2.2.10 E233S细胞蛋白提取 | 第48-49页 |
| 2.2.11 蛋白杂交印迹(Western blot,WB) | 第49-50页 |
| 2.2.12 串亲连纯化分离Rpo2复合物 | 第50-52页 |
| 2.3 实验结果 | 第52-69页 |
| 2.3.1 硫化叶菌H5-2 Rpo2亚基基因的克隆和序列分析 | 第52-59页 |
| 2.3.2 获得转基因菌株E233S/pSeSD-Rpo2-1 | 第59-61页 |
| 2.3.3 mRNA水平研究Rpo2-1基因表达 | 第61-63页 |
| 2.3.4 Rpo2蛋白抗体的制备 | 第63页 |
| 2.3.5 anti-Rpo2抗体有特异性分析 | 第63-65页 |
| 2.3.6 RNAP蛋白复合物的分离 | 第65页 |
| 2.3.7 蛋白质谱鉴定 | 第65-69页 |
| 2.4 讨论 | 第69-72页 |
| 第三章 ORF2蛋白对病毒STSV2感染过程中基因转录的影响 | 第72-100页 |
| 3.1 材料与仪器 | 第72-73页 |
| 3.1.1 菌种及质粒 | 第72页 |
| 3.1.2 试剂 | 第72页 |
| 3.1.3 仪器 | 第72页 |
| 3.1.4 培养基配方 | 第72-73页 |
| 3.1.5 引物合成和测序 | 第73页 |
| 3.2 方法 | 第73-84页 |
| 3.2.1 病毒蛋白ORF2的三维建模 | 第73页 |
| 3.2.2 转基因硫化叶菌菌株E233S/pSeSD-ORF2的构建 | 第73-78页 |
| 3.2.3 诱导ORF2基因表达的方法 | 第78页 |
| 3.2.4 RNA提取和检测 | 第78页 |
| 3.2.5 反转录 | 第78-79页 |
| 3.2.6 ORF2基因在mRNA水平的表达 | 第79-80页 |
| 3.2.7 实时荧光定量PCR | 第80页 |
| 3.2.8 ORF2基因对未感染病毒宿主基因转录水平的影响 | 第80-81页 |
| 3.2.9 ORF2基因表达对病毒STSV2感染过程中病毒自身基因转录水平的影响 | 第81-82页 |
| 3.2.10 ORF2蛋白过表达对宿主菌株E233S生长的影响 | 第82页 |
| 3.2.11 过表达ORF2对病毒STSV2增殖的影响 | 第82-83页 |
| 3.2.12 ORF2基因表达对感染过程中宿主E233S的部分基因转录水平的影响 | 第83页 |
| 3.2.13 病毒STSV2感染硫化叶菌E233S过程中部分病毒基因的时序表达 | 第83-84页 |
| 3.3 实验结果 | 第84-96页 |
| 3.3.1 ORF2蛋白的三维结构模拟分析 | 第84-86页 |
| 3.3.2 重组表达质粒pSeSD-ORF2的构建 | 第86-87页 |
| 3.3.3 转基因菌株E233S/pSeSD-ORF2 | 第87-88页 |
| 3.3.4 ORF2基因转录水平分析 | 第88-89页 |
| 3.3.6 实时荧光定量PCR检测ORF2对未感染病毒宿主基因的转录水平的影响 | 第89-91页 |
| 3.3.7 实时荧光定量PCR检测ORF2基因过表达对病毒STSV2基因在转录水平的影响 | 第91-92页 |
| 3.3.8 ORF2过表达对宿主E233S生长的影响结果 | 第92-93页 |
| 3.3.9 ORF2基因表达对病毒STSV2增殖的影响 | 第93-94页 |
| 3.3.11 过表达ORF2基因对病毒感染过程中对宿主E233S部分基因的转录水平影响 | 第94-95页 |
| 3.3.12 病毒STSV2感染硫化叶菌E233S过程中部分病毒基因的时序表达分析 | 第95-96页 |
| 3.4 讨论 | 第96-100页 |
| 第四章 总结与展望 | 第100-101页 |
| 致谢 | 第101-102页 |
| 参考文献 | 第102-112页 |
| 附录A 攻读硕士期间发表论文目录 | 第112-113页 |
| 附录B 试剂 | 第113-116页 |
