| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第10-21页 |
| 1.1 蛋白质概述 | 第10-13页 |
| 1.1.1 蛋白质的结构 | 第10-11页 |
| 1.1.2 蛋白质的功能 | 第11-13页 |
| 1.2 碳酸酐酶(CA)介绍 | 第13-19页 |
| 1.2.1 CA的结构和功能 | 第14-15页 |
| 1.2.2 CA及其抑制剂的研究进展 | 第15-19页 |
| 1.3 HCA Ⅱ研究存在的问题以及本文的研究工作 | 第19-21页 |
| 第二章 研究方法 | 第21-34页 |
| 2.1 分子动力学模拟 | 第21-22页 |
| 2.2 分子动力学模拟的理论介绍 | 第22-28页 |
| 2.2.1 分子动力学模拟的基本原理以及计算流程 | 第22-24页 |
| 2.2.2 分子力场 | 第24-27页 |
| 2.2.3 边界条件和非键作用算法 | 第27-28页 |
| 2.2.4 热力学系综 | 第28页 |
| 2.3 主成分分析(Principal Component Analysis) | 第28-29页 |
| 2.4 蛋白质结构的聚类网络分析 | 第29-30页 |
| 2.5 使用软件介绍 | 第30-32页 |
| 2.5.1 GROMACS | 第30-31页 |
| 2.5.2 WORDOM | 第31页 |
| 2.5.3 VMD | 第31-32页 |
| 2.6 本章小结 | 第32-34页 |
| 第三章 HCAⅡ构象变化的模拟研究 | 第34-49页 |
| 3.1 前言 | 第34-37页 |
| 3.2 模拟方法 | 第37-38页 |
| 3.2.1 初始体系的构建 | 第37页 |
| 3.2.2 分子动力学模拟 | 第37-38页 |
| 3.3 模拟结果 | 第38-47页 |
| 3.3.1 蛋白质结构在模拟过程中的稳定性 | 第38-39页 |
| 3.3.2 关键残基间距离的变化 | 第39-40页 |
| 3.3.3 聚类分析以及构象网络分析 | 第40-43页 |
| 3.3.4 loop1的自由能分析 | 第43-44页 |
| 3.3.5 主成分分析 | 第44-47页 |
| 3.4 本章小结 | 第47-49页 |
| 第四章 总结与展望 | 第49-51页 |
| 参考文献 | 第51-60页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第60-61页 |
| 致谢 | 第61-62页 |