| 中文摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-10页 |
| 1 引言 | 第11-19页 |
| 1.1 植物抗病机制 | 第11-12页 |
| 1.1.1 植物抗病性 | 第11页 |
| 1.1.2 植物抗病机理 | 第11-12页 |
| 1.1.3 植物抗病基因 | 第12页 |
| 1.2 水稻抗稻瘟病研究现状 | 第12-14页 |
| 1.2.1 稻瘟病的危害 | 第12-13页 |
| 1.2.2 稻瘟病菌致病机理 | 第13页 |
| 1.2.3 水稻抗稻瘟基因的发掘 | 第13-14页 |
| 1.3 植物基因组测序技术与应用研究进展 | 第14-17页 |
| 1.3.1 基因组测序技术的产生与发展 | 第14-16页 |
| 1.3.2 转录组测序技术的应用 | 第16-17页 |
| 1.4 本文研究内容 | 第17-19页 |
| 2 材料和方法 | 第19-22页 |
| 2.1 试验材料 | 第19页 |
| 2.2 试验方法 | 第19-22页 |
| 2.2.1 总RNA提取、cDNA文库构建及RNA-seq | 第19页 |
| 2.2.2 RNA-seq原始数据的过滤 | 第19-20页 |
| 2.2.3 转录组数据的拼接 | 第20-21页 |
| 2.2.4 转录本重构与融合 | 第21页 |
| 2.2.5 基因差异表达分析 | 第21-22页 |
| 2.2.6 基因的GO注释分析 | 第22页 |
| 2.2.7 抗病基因的CRISPR/Cas9试验 | 第22页 |
| 2.2.8 抗病基因的启动子与转录因子分析 | 第22页 |
| 3 结果与分析 | 第22-51页 |
| 3.1 供试水稻品种对不同稻瘟病菌的抗感性状分析 | 第22-23页 |
| 3.2 RNA-Seq测序质量分析 | 第23-27页 |
| 3.3 转录组拼接及转录本重构 | 第27-31页 |
| 3.4 转录本的融合及差异表达基因的寻找 | 第31-32页 |
| 3.5 差异表达基因的筛选 | 第32-37页 |
| 3.6 相同供试品种在稻瘟病菌胁迫不同时间的差异表达基因GO注释分析 | 第37-43页 |
| 3.6.1 水稻CN-1在不同稻瘟病菌胁迫不同时间时上下调差异表达基因GO注释分析 | 第37-39页 |
| 3.6.2 水稻CN-4a在不同稻瘟病菌胁迫不同时间点的上下调差异表达基因GO注释分析 | 第39-41页 |
| 3.6.3 水稻CN-4b在不同稻瘟病菌胁迫不同时间点的上下调差异表达基因GO注释分析 | 第41-43页 |
| 3.7 不同供试品种在稻瘟病菌胁迫相同时期的差异表达基因GO注释分析 | 第43-46页 |
| 3.7.1 CN-1与CN-4a在不同稻瘟病菌胁迫24h共同上下调差异表达基因GO注释分析 | 第43-44页 |
| 3.7.2 CN-1与CN-4a在不同稻瘟病菌胁迫48h共同上下调差异表达基因GO注释分析 | 第44-45页 |
| 3.7.3 水稻品种CN-4b潜在抗稻瘟病菌GUY11基因的GO注释分析 | 第45-46页 |
| 3.8 水稻CN-4b中抗稻瘟病菌GUY11候选基因的功能分析 | 第46-47页 |
| 3.9 水稻抗稻瘟病菌GUY11基因LOC_Os08g13465的序列与结构分析 | 第47-48页 |
| 3.10 水稻抗稻瘟病菌GUY11基因LOC_Os08g13465的功能验证 | 第48-49页 |
| 3.11 水稻抗稻瘟病菌GUY11基因LOC_Os08g13465的调控转录因子预测与表达分析 | 第49-51页 |
| 4 讨论 | 第51-54页 |
| 4.1 供试水稻样本的转录组测序与分析 | 第51页 |
| 4.2 不同稻瘟病菌胁迫下水稻的差异表达基因分析 | 第51-53页 |
| 4.3 水稻抗稻瘟病菌GUY11新基因的功能分析 | 第53-54页 |
| 5 下一步研究计划展望 | 第54-55页 |
| 5.1 水稻抗稻瘟病菌Guy11转录因子TRAB1的调控机制研究 | 第54页 |
| 5.2 水稻抗稻瘟病菌81278ZB15侵染的基因筛选与功能分析研究 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-62页 |
| 附录 | 第62-65页 |
| 致谢 | 第65页 |
