| 中文摘要 | 第10-12页 |
| Abstract | 第12-13页 |
| 1 前言 | 第14-26页 |
| 1.1 牡丹分布和经济价值 | 第14页 |
| 1.2 牡丹连作障碍 | 第14页 |
| 1.3 牡丹土传病害 | 第14-15页 |
| 1.4 牡丹根腐病 | 第15-16页 |
| 1.4.1 牡丹根腐病原菌的特征 | 第15页 |
| 1.4.2 牡丹根腐病的传播途径 | 第15页 |
| 1.4.3 牡丹根腐病的发病症状 | 第15页 |
| 1.4.4 牡丹根腐病防治现状 | 第15-16页 |
| 1.5 植物根际促生菌 | 第16-20页 |
| 1.5.1 植物根际促生菌的概念及种类 | 第16-17页 |
| 1.5.2 植物根际促生菌的作用机制 | 第17-19页 |
| 1.5.2.1 直接促生作用 | 第17-19页 |
| 1.5.2.2 间接促生作用 | 第19页 |
| 1.5.3 植物根际促生菌的应用 | 第19-20页 |
| 1.6 微生物肥料 | 第20-21页 |
| 1.6.1 微生物肥料的概念 | 第20页 |
| 1.6.2 微生物肥料的种类 | 第20-21页 |
| 1.6.3 微生物肥料的特点 | 第21页 |
| 1.7 微生物基因组测序分析 | 第21-24页 |
| 1.7.1 基因组测序技术 | 第21-22页 |
| 1.7.2 基因组生物信息学分析 | 第22-24页 |
| 1.7.2.1 功能元件分析 | 第22-23页 |
| 1.7.2.2 亚系统分析 | 第23页 |
| 1.7.2.3 蛋白编码基因的亚细胞定位分析 | 第23页 |
| 1.7.2.4 蛋白编码基因功能注释 | 第23-24页 |
| 1.8 本项目的立项依据、研究内容及技术路线 | 第24-26页 |
| 1.8.1 立项依据 | 第24页 |
| 1.8.2 研究内容 | 第24-25页 |
| 1.8.3 技术路线 | 第25-26页 |
| 2 材料与方法 | 第26-39页 |
| 2.1 牡丹根际样品 | 第26页 |
| 2.2 牡丹根腐病原菌 | 第26页 |
| 2.3 培养基 | 第26-27页 |
| 2.4 PCR引物 | 第27-28页 |
| 2.5 主要试验仪器 | 第28页 |
| 2.6 分析软件、在线网站及其用途 | 第28页 |
| 2.7 梯度系列稀释法获取牡丹根际土壤分离物 | 第28-29页 |
| 2.8 分离物的纯化与保存 | 第29页 |
| 2.9 拮抗菌的筛选 | 第29-30页 |
| 2.10 溶磷、解磷菌的筛选 | 第30页 |
| 2.11 蛋白质降解菌的筛选 | 第30页 |
| 2.12 IAA产生菌的筛选 | 第30页 |
| 2.13 菌株形态学鉴定 | 第30页 |
| 2.14 生理生化鉴定 | 第30-33页 |
| 2.14.1 革兰氏染色 | 第31页 |
| 2.14.2 淀粉水解试验 | 第31页 |
| 2.14.3 明胶液化试验 | 第31页 |
| 2.14.4 丙二酸利用试验 | 第31页 |
| 2.14.5 柠檬酸盐利用试验 | 第31页 |
| 2.14.6 吲哚产生试验 | 第31-32页 |
| 2.14.7 接触酶试验 | 第32页 |
| 2.14.8 运动性试验 | 第32页 |
| 2.14.9 硫化氢产生试验 | 第32页 |
| 2.14.10 硝酸盐还原试验 | 第32-33页 |
| 2.15 分子生物学鉴定 | 第33-35页 |
| 2.15.1 细菌基因组的提取 | 第33页 |
| 2.15.2 放线菌基因组的提取 | 第33-34页 |
| 2.15.3 16SrRNA基因的扩增 | 第34页 |
| 2.15.4 PCR扩增产物的电泳检测 | 第34页 |
| 2.15.5 转化子筛选 | 第34-35页 |
| 2.15.6 系统发育树的构建 | 第35页 |
| 2.16 培养基优化 | 第35-37页 |
| 2.16.1 生长培养基优化 | 第35-36页 |
| 2.16.2 发酵培养基优化 | 第36-37页 |
| 2.17 基因组测序分析 | 第37-39页 |
| 3 结果与分析 | 第39-73页 |
| 3.1 牡丹根际促生菌的筛选 | 第39-41页 |
| 3.1.1 牡丹根腐拮抗菌的筛选 | 第39页 |
| 3.1.2 牡丹根际溶磷和解磷细菌的筛选 | 第39-40页 |
| 3.1.3 牡丹根际蛋白质降解菌的筛选 | 第40-41页 |
| 3.1.4 牡丹根际生长素产生菌的筛选 | 第41页 |
| 3.2 牡丹根际促生菌的鉴定 | 第41-47页 |
| 3.2.1 菌体及菌落形态观察 | 第41-42页 |
| 3.2.2 生理生化鉴定 | 第42-43页 |
| 3.2.3 基于16SrRNA基因的分子生物学鉴定 | 第43-47页 |
| 3.3 MDJK10、MDJK30、MDYZ菌株培养基优化 | 第47-54页 |
| 3.3.1 取样时间点的确定 | 第47页 |
| 3.3.1.1 生长培养基 | 第47页 |
| 3.3.1.2 发酵培养基 | 第47页 |
| 3.3.2 生长培养基优化 | 第47-51页 |
| 3.3.2.1 碳源优化 | 第47-48页 |
| 3.3.2.2 氮源优化 | 第48页 |
| 3.3.2.3 无机盐优化 | 第48-49页 |
| 3.3.2.4 MDJK10生长培养基优化正交试验 | 第49页 |
| 3.3.2.5 MDJK30生长培养基优化正交试验 | 第49-50页 |
| 3.3.2.6 MDYZ生长培养基优化正交试验 | 第50-51页 |
| 3.3.3 发酵培养基优化 | 第51-54页 |
| 3.3.3.1 碳源优化 | 第51页 |
| 3.3.3.2 氮源优化 | 第51-52页 |
| 3.3.3.3 无机盐优化 | 第52页 |
| 3.3.3.4 MDJK10发酵培养基优化正交试验 | 第52-53页 |
| 3.3.3.5 MDJK30发酵培养基优化正交试验 | 第53-54页 |
| 3.3.3.6 MDYZ发酵培养基优化正交试验 | 第54页 |
| 3.4 MDJK30菌株基因组测序分析 | 第54-61页 |
| 3.4.1 基因组拼接与组装 | 第54-55页 |
| 3.4.2 CRISPRs预测 | 第55页 |
| 3.4.3 原噬菌体预测 | 第55-56页 |
| 3.4.4 基因岛预测 | 第56页 |
| 3.4.5 抗生素抗性(CARD)预测 | 第56-57页 |
| 3.4.6 碳水化合物活性酶(CAZy)预测 | 第57页 |
| 3.4.7 信号肽预测 | 第57页 |
| 3.4.8 跨膜螺旋预测 | 第57-58页 |
| 3.4.9 蛋白编码基因的GO注释 | 第58-59页 |
| 3.4.10 蛋白编码基因的eggNOG注释 | 第59-60页 |
| 3.4.11 Antismash分析 | 第60-61页 |
| 3.5 MDJK11菌株基因组测序分析 | 第61-65页 |
| 3.5.1 基因组装 | 第61页 |
| 3.5.2 基因预测 | 第61-62页 |
| 3.5.3 tRNA与rRNA预测结果 | 第62页 |
| 3.5.4 COG注释 | 第62-63页 |
| 3.5.5 GO注释 | 第63-64页 |
| 3.5.6 Antismash分析 | 第64-65页 |
| 3.6 MDJK44菌株基因组测序分析 | 第65-73页 |
| 3.6.1 基因组装 | 第65-66页 |
| 3.6.2 基因预测 | 第66页 |
| 3.6.3 tRNA与rRNA预测结果 | 第66-67页 |
| 3.6.4 COG注释 | 第67-68页 |
| 3.6.5 GO注释 | 第68页 |
| 3.6.6 Antismash分析 | 第68-69页 |
| 3.6.7 pSJK1质粒基因测序分析 | 第69-71页 |
| 3.6.7.1 质粒基因组装 | 第69-70页 |
| 3.6.7.2 质粒基因预测 | 第70页 |
| 3.6.7.3 GO注释 | 第70-71页 |
| 3.6.8 pSJK2质粒基因测序分析 | 第71-73页 |
| 3.6.8.1 质粒基因组装 | 第71页 |
| 3.6.8.2 质粒基因预测 | 第71-72页 |
| 3.6.8.3 GO注释 | 第72-73页 |
| 4 讨论 | 第73-74页 |
| 5 结论 | 第74-75页 |
| 参考文献 | 第75-80页 |
| 致谢 | 第80-81页 |
| 攻读学位期间发表的论文及成果 | 第81页 |
