| 摘要 | 第4-7页 |
| Abstract | 第7-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-27页 |
| 1.1 草莓的分类 | 第14-16页 |
| 1.2 草莓果色成分研究进展 | 第16-17页 |
| 1.3 花色素苷合成途径研究进展 | 第17-19页 |
| 1.4 花色素合成的结构基因 | 第19-21页 |
| 1.5 花色素合成的调节基因 | 第21页 |
| 1.6 草莓基因组 | 第21-22页 |
| 1.7 转录组学研究 | 第22-25页 |
| 1.8 lncRNA研究进展 | 第25-26页 |
| 1.9 本研究的目的和意义 | 第26-27页 |
| 第二章 影响草莓果色变化相关基因的表达模式分析 | 第27-74页 |
| 2.1 引言 | 第27页 |
| 2.2 材料和方法 | 第27-31页 |
| 2.2.1 实验材料 | 第27-28页 |
| 2.2.2 实验试剂 | 第28-29页 |
| 2.2.3 总RNA提取 | 第29-30页 |
| 2.2.4 文库构建及上机测序 | 第30-31页 |
| 2.3 分析流程 | 第31-38页 |
| 2.3.1 数据质控 | 第32-33页 |
| 2.3.2 测序饱和度分析 | 第33页 |
| 2.3.3 基因组比对 | 第33-34页 |
| 2.3.4 转录本组装 | 第34-36页 |
| 2.3.5 基因水平的表达定量 | 第36页 |
| 2.3.6 差异基因表达分析 | 第36-37页 |
| 2.3.7 新转录本预测和注释 | 第37页 |
| 2.3.8 SNP和InDel水平分析 | 第37-38页 |
| 2.3.9 GO功能分类注释 | 第38页 |
| 2.3.10 KEGG Pathway通路注释 | 第38页 |
| 2.4 分析结果 | 第38-63页 |
| 2.4.1 RNA质量检测结果 | 第38-39页 |
| 2.4.2 数据预处理及质量评估 | 第39-40页 |
| 2.4.3 测序饱和度分析 | 第40-41页 |
| 2.4.4 基因组比对分析 | 第41-42页 |
| 2.4.5 Reads在参考基因组上分布情况统计 | 第42-43页 |
| 2.4.6 Reads随机性分布统计 | 第43-44页 |
| 2.4.7 转录本拼接 | 第44页 |
| 2.4.8 基因表达定量 | 第44-45页 |
| 2.4.9 样品相关性检测 | 第45-48页 |
| 2.4.10 差异表达分析 | 第48-55页 |
| 2.4.11 基因功能注释 | 第55-62页 |
| 2.4.12 SNP和INDEL分析 | 第62-63页 |
| 2.5 结果与讨论 | 第63-74页 |
| 2.5.1 RNA质量判断及纯度检测 | 第63-64页 |
| 2.5.2 参考基因组数据库的选择 | 第64页 |
| 2.5.3 比对软件的选择 | 第64-65页 |
| 2.5.4 比对策略的优化 | 第65页 |
| 2.5.5 草莓果实不同发育时期差异结果讨论 | 第65-66页 |
| 2.5.6 草莓果实不同材料间差异比较分析 | 第66页 |
| 2.5.7 次生代谢通路差异基因分析 | 第66-70页 |
| 2.5.8 类黄酮代谢通路 | 第70-74页 |
| 第三章 RNA-seq技术探究lncRNA草莓果实发育及果色行程过程中的功能 | 第74-88页 |
| 3.1 引言 | 第74页 |
| 3.2 实验方法 | 第74页 |
| 3.3 分析流程 | 第74-77页 |
| 3.3.1 lncRNA筛选及鉴定 | 第74-76页 |
| 3.3.2 lncRNA差异表达分析 | 第76页 |
| 3.3.3 差异表达lncRNA靶基因鉴定 | 第76页 |
| 3.3.4 差异表达lncRNA靶基因功能分析 | 第76-77页 |
| 3.4 分析结果 | 第77-82页 |
| 3.4.1 全基因组范围内lncRNA鉴定 | 第77-79页 |
| 3.4.2 差异表达lncRNA靶基因鉴定及功能注释及富集分析 | 第79-82页 |
| 3.5 结果与讨论 | 第82-88页 |
| 3.5.1 lncRNA参与草莓果实发育及果色形成过程 | 第82页 |
| 3.5.2 lncRNA参与苯基丙酸类合成途径调控,影响草莓果色形成 | 第82-86页 |
| 3.5.3 植物激素及转录因子影响草莓果实中花青素的合成 | 第86-88页 |
| 第四章 果实发育及果色形成相关基因表达调控网络构建 | 第88-104页 |
| 4.1 引言 | 第88页 |
| 4.2 分析流程 | 第88-89页 |
| 4.2.1 权重基因共表达网络分析(WGCNA) | 第88-89页 |
| 4.2.2 mRNA-protein-lncRNA-miRNA网络互作构建 | 第89页 |
| 4.3 分析结果 | 第89-98页 |
| 4.3.1 基因共表达网络构建 | 第89-90页 |
| 4.3.2 果实发育及果色形成相关的关键调控模块鉴定 | 第90-92页 |
| 4.3.3 果实发育及果色形成相关的关键调控模块功能富集分析 | 第92-96页 |
| 4.3.4 mRNA-protein-lncRNA-miRNA网络互作构建 | 第96-98页 |
| 4.4 结果与讨论 | 第98-104页 |
| 4.4.1 PR10蛋白参与调控草莓果色的形成 | 第98-101页 |
| 4.4.2 草莓果实发育过程中蜡质层形成影响草莓的抗性 | 第101页 |
| 4.4.3 lncRNA以多种作用方式参与草莓果实发育及果色形成 | 第101-104页 |
| 第五章 结论 | 第104-106页 |
| 参考文献 | 第106-117页 |
| 致谢 | 第117-119页 |
| 附表 | 第119-137页 |
