| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 英文缩略表 | 第7-13页 |
| 第一章 背景介绍 | 第13-25页 |
| 1.1 前言 | 第13-14页 |
| 1.2 植物体细胞胚胎发生 | 第14-16页 |
| 1.2.1 胚性细胞的起始 | 第14-15页 |
| 1.2.2 体细胞胚的起始 | 第15页 |
| 1.2.3 植物体细胞胚发育和合子胚发育的比较 | 第15-16页 |
| 1.3 体细胞胚胎发生相关的基因 | 第16-19页 |
| 1.3.1 细胞循环和细胞壁相关基因 | 第17页 |
| 1.3.2 激素响应基因 | 第17-18页 |
| 1.3.3 体细胞胚发育过程中的Marker基因 | 第18-19页 |
| 1.4 体细胞胚胎发生和合子胚发生的蛋白组和转录组学研究 | 第19-21页 |
| 1.5 SAM和RAM在胚发育过程中的作用 | 第21-23页 |
| 1.6 利用Sfold软件预测基因靶标序列的VIGS干涉效率 | 第23-25页 |
| 第二章 棉花体细胞胚发育的蛋白质组学分析 | 第25-47页 |
| 2.1 引言 | 第25页 |
| 2.2 实验材料 | 第25-26页 |
| 2.3 试验方法 | 第26-29页 |
| 2.3.1 改良的酚抽提法提取棉花体细胞胚的总蛋白 | 第26-27页 |
| 2.3.2 蛋白质浓度测定 | 第27页 |
| 2.3.3 SDS电泳 | 第27页 |
| 2.3.4 蛋白质酶解 | 第27页 |
| 2.3.5 iTRAQ标记 | 第27页 |
| 2.3.6 SCX分离 | 第27-28页 |
| 2.3.7 基于Triple TOF 5600的LC-ESI-MSMS分析 | 第28页 |
| 2.3.8 肽段序列的鉴定 | 第28页 |
| 2.3.9 差异蛋白的鉴定和分析 | 第28-29页 |
| 2.4 结果与分析 | 第29-44页 |
| 2.4.1 正常球形胚和子叶胚的选择 | 第29页 |
| 2.4.2 蛋白数据分析和蛋白质的鉴定 | 第29-30页 |
| 2.4.3 差异蛋白的功能聚类 | 第30页 |
| 2.4.4 候选蛋白的转录水平分析 | 第30-31页 |
| 2.4.5 压力响应蛋白影响棉花体细胞胚发育 | 第31-39页 |
| 2.4.6 棉花体细胞胚发育过程中的激素代谢和信号转导通路 | 第39页 |
| 2.4.7 棉花体细胞胚发育过程中能量和糖代谢动态变化 | 第39-40页 |
| 2.4.8 其他差异蛋白的分析 | 第40-42页 |
| 2.4.9 外源激素对棉花体细胞胚发育的影响 | 第42-44页 |
| 2.5 讨论 | 第44-45页 |
| 2.5.1 压力和激素响应蛋白调控棉花体细胞胚发育 | 第44-45页 |
| 2.5.2 能量和糖代谢的动态变化调控棉花体细胞胚发育 | 第45页 |
| 2.5.3 蛋白、脂质、细胞壁代谢和细胞转运影响棉花体细胞胚发育 | 第45页 |
| 2.6 结论 | 第45-47页 |
| 第三章 棉花体细胞胚发育的转录组学分析 | 第47-65页 |
| 3.1 前言 | 第47页 |
| 3.2 实验材料 | 第47页 |
| 3.3 实验方法 | 第47-50页 |
| 3.3.1 棉花体细胞胚总RNA的提取 | 第47-48页 |
| 3.3.2 RNA浓度和质量的测定 | 第48-49页 |
| 3.3.3 RNA-seq的实验步骤 | 第49页 |
| 3.3.4 生物信息学分析 | 第49-50页 |
| 3.4 结果与分析 | 第50-60页 |
| 3.4.1 原始数据质量评估分析 | 第50-51页 |
| 3.4.2 样品reads比对到基因和基因组的概率统计 | 第51-53页 |
| 3.4.3 样品重复性分析 | 第53页 |
| 3.4.4 体细胞胚发育过程中SAM和RAM的动态变化 | 第53-54页 |
| 3.4.5 差异表达基因的分析 | 第54-55页 |
| 3.4.6 棉花体细胞胚发育过程中的差异事件 | 第55-56页 |
| 3.4.7 调控棉花体细胞胚SAM和RAM发育的Marker基因的表达模式分析 | 第56-58页 |
| 3.4.8 体细胞胚发育过程中激素互作维持SAM和RAM的发育 | 第58-60页 |
| 3.4.9 激素互作调控棉花体细胞胚发育的模式图 | 第60页 |
| 3.5 讨论 | 第60-64页 |
| 3.5.1 差异表达基因聚类分析和石蜡切片揭示棉花体细胞胚发育的动态变化 | 第61页 |
| 3.5.2 控制棉花体细胞胚SAM发育成子叶的调控网络 | 第61-62页 |
| 3.5.3 MP和它的靶标TMO5调控RAM发育成胚根 | 第62-63页 |
| 3.5.4 激素互作调控SAM和RAM的干细胞的增殖和分化 | 第63-64页 |
| 3.6 结论 | 第64-65页 |
| 第四章 JA诱导GhMYC3-like表达调控棉花体细胞胚胎发生 | 第65-79页 |
| 4.1 引言 | 第65页 |
| 4.2 实验材料 | 第65-66页 |
| 4.2.1 材料与种植 | 第65页 |
| 4.2.2 菌株与质粒 | 第65-66页 |
| 4.2.3 试剂 | 第66页 |
| 4.3 实验方法 | 第66-69页 |
| 4.3.1 RNA提取 | 第66页 |
| 4.3.2 基因克隆及载体构建 | 第66-67页 |
| 4.3.3 棉花遗传转化 | 第67页 |
| 4.3.4 培养基的配制 | 第67-69页 |
| 4.3.5 石蜡切片制作 | 第69页 |
| 4.3.6 H_2O_2含量的测定 | 第69页 |
| 4.4 结果与分析 | 第69-76页 |
| 4.4.1 外源茉莉酸诱导棉花次级体细胞胚产生 | 第69-70页 |
| 4.4.2 JA诱导GhMYC3-like基因的表达 | 第70-71页 |
| 4.4.3 GhMYC3-like基因的结构域和进化树分析 | 第71-72页 |
| 4.4.4 GhMYC3-like基因存在与JAZ互作的功能结构域 | 第72-73页 |
| 4.4.5 GhMYC3-like基因载体构建和转化棉花 | 第73-74页 |
| 4.4.6 GhMYC3-like基因调控棉花愈伤的生长 | 第74-75页 |
| 4.4.7 GhMYC3-like基因调控H_2O_2的产生 | 第75-76页 |
| 4.5 讨论 | 第76-79页 |
| 第五章 ABA促进棉花体细胞胚胎发生的机制的研究 | 第79-89页 |
| 5.1 前言 | 第79-80页 |
| 5.2 实验材料 | 第80页 |
| 5.2.1 材料与种植 | 第80页 |
| 5.2.2 试剂 | 第80页 |
| 5.3 实验方法 | 第80页 |
| 5.3.1 体细胞胚取样和激素处理 | 第80页 |
| 5.3.2 RNA提取 | 第80页 |
| 5.3.3 基因克隆和载体构建 | 第80页 |
| 5.3.4 棉花遗传转化 | 第80页 |
| 5.3.5 培养基配置 | 第80页 |
| 5.3.6 石蜡切片制作 | 第80页 |
| 5.4 结果与分析 | 第80-87页 |
| 5.4.1 ABA促进次级体细胞胚的产生和成熟 | 第80-81页 |
| 5.4.2 GA抑制棉花体细胞胚发育 | 第81-83页 |
| 5.4.3 ABA诱导体细胞胚胎发生Marker基因LEC1、LEC2、FUS3、WUSCHEL的表达 | 第83-84页 |
| 5.4.4 GhMYB44-1基因及其同源基因的表达模式分析 | 第84-85页 |
| 5.4.5 GhMYB44-1基因与其同源基因的氨基酸比对和进化树分析 | 第85-86页 |
| 5.4.6 GhMYB44-1基因促进棉花体细胞胚发育和再生苗的获得 | 第86页 |
| 5.4.7 过表达GhMYB44-1基因抑制PP2Cs基因的表达 | 第86-87页 |
| 5.5 讨论 | 第87-89页 |
| 第六章 利用Sfold软件预测VIGS效率及可行性分析 | 第89-101页 |
| 6.1 前言 | 第89页 |
| 6.2 材料与方法 | 第89-92页 |
| 6.2.1 植物材料和生长条件 | 第89-90页 |
| 6.2.2 VIGS载体的构建和植物转化 | 第90-91页 |
| 6.2.3 Sflod软件参数的选择 | 第91页 |
| 6.2.4 Sfold软件分析靶标序列的指导原则 | 第91页 |
| 6.2.5 qRT-PCR分析基因干涉水平 | 第91-92页 |
| 6.3 结果与分析 | 第92-98页 |
| 6.3.1 △Gdisruption、DSSE和AIS控制干涉效率 | 第92页 |
| 6.3.2 利用Sfold预测靶标片段的干涉水平 | 第92-95页 |
| 6.3.3 VIGS实验验证Sfold预测的GhCLA1和GhPDS干涉水平 | 第95-96页 |
| 6.3.4 Sfold预测的GhAOSl和GhCXE1的沉默水平与VIGS的实验结果相吻合 | 第96页 |
| 6.3.5 VIGS在棉花体细胞胚中的应用 | 第96-98页 |
| 6.3.6 有效VIGS的干涉过程 | 第98页 |
| 6.4 讨论 | 第98-101页 |
| 第七章 全文结论 | 第101-103页 |
| 7.1 结论 | 第101页 |
| 7.2 创新点 | 第101-103页 |
| 参考文献 | 第103-115页 |
| 附录 | 第115-119页 |
| 致谢 | 第119-121页 |
| 个人简介 | 第121页 |
