| 摘要 | 第11-13页 |
| Abstract | 第13-14页 |
| 第一章 绪论 | 第15-40页 |
| 1.1 引言 | 第15-18页 |
| 1.2 论文研究背景 | 第18-29页 |
| 1.2.1 质谱技术的发展 | 第18-19页 |
| 1.2.2 基于质谱的蛋白质组学实验平台及其实验策略 | 第19-25页 |
| 1.2.3 基于质谱技术的蛋白质组学数据 | 第25-29页 |
| 1.3 分子生物学实验技术仿真应用研究的进展 | 第29-37页 |
| 1.3.1 生物实验技术仿真研究的进展情况 | 第30-34页 |
| 1.3.2 分子生物学实验技术仿真所使用的方法和模型 | 第34-35页 |
| 1.3.3 分子生物学实验技术仿真的特点 | 第35-36页 |
| 1.3.4 分子生物实验技术仿真研究的发展趋势 | 第36-37页 |
| 1.4 论文的研究内容和创新点 | 第37-38页 |
| 1.5 论文的组织结构 | 第38-40页 |
| 第二章 基于马尔科夫链的蛋白质酶切概率计算 | 第40-53页 |
| 2.1 引言 | 第40-42页 |
| 2.2 基于Markov链的蛋白酶切位点裂解概率预测模型 | 第42-47页 |
| 2.2.1 模型的描述 | 第42-44页 |
| 2.2.2 模型的应用 | 第44-47页 |
| 2.3 数据集 | 第47-49页 |
| 2.3.1 训练数据集 | 第47-48页 |
| 2.3.2 测试数据集 | 第48-49页 |
| 2.4 结果与讨论 | 第49-52页 |
| 2.4.1 对酶切数据的预测 | 第49页 |
| 2.4.2 对漏切数据的预测 | 第49-50页 |
| 2.4.3 数据集中漏切序列模式的分布 | 第50-51页 |
| 2.4.4 概率分布的ROC曲线 | 第51-52页 |
| 2.5 小结 | 第52-53页 |
| 第三章 色谱过程中肽段的保留时间预测和色谱峰形仿真 | 第53-69页 |
| 3.1 引言 | 第53-55页 |
| 3.2 肽段保留时间的预测 | 第55-62页 |
| 3.2.1 肽段保留时间预测方法 | 第56-58页 |
| 3.2.2 肽段保留时间预测模型描述 | 第58-59页 |
| 3.2.3 模型实现与预测结果分析 | 第59-62页 |
| 3.3 肽段的色谱峰形仿真 | 第62-67页 |
| 3.3.1 色谱峰形的拟合 | 第62-64页 |
| 3.3.2 肽段的色谱峰形仿真模型 | 第64-65页 |
| 3.3.3 数据集和仿真结果分析 | 第65-67页 |
| 3.4 小结 | 第67-69页 |
| 第四章 电喷雾电离过程中肽段的电荷状态预测 | 第69-78页 |
| 4.1 引言 | 第69-70页 |
| 4.2 肽段电荷状态预测模型 | 第70-72页 |
| 4.3 数据集 | 第72-73页 |
| 4.3.1 数据集 1—BPRC数据集 | 第72-73页 |
| 4.3.2 数据集 2—PeptideAtlas数据集 | 第73页 |
| 4.4 结果与讨论 | 第73-76页 |
| 4.4.1 5 倍交叉验证 | 第73-75页 |
| 4.4.2 不同物种数据集间的交叉验证 | 第75页 |
| 4.4.3 肽段的长度和碱性氨基酸数量对电荷状态的影响 | 第75-76页 |
| 4.5 小结 | 第76-78页 |
| 第五章 基于Logistic回归的肽段可检测性预测 | 第78-89页 |
| 5.1 引言 | 第78-81页 |
| 5.2 肽段可检测性预测模型 | 第81-83页 |
| 5.3 数据集 | 第83-84页 |
| 5.3.1 训练数据BPRC数据集 | 第83页 |
| 5.3.2 测试数据集 | 第83-84页 |
| 5.4 结果与讨论 | 第84-88页 |
| 5.4.1 不同数据集上肽段特征的分布 | 第84-85页 |
| 5.4.2 模型的性能评估 | 第85-88页 |
| 5.4.3 测试数据集预测结果 | 第88页 |
| 5.5 小结 | 第88-89页 |
| 第六章 基于质谱蛋白质组实验数据的生成实现与应用 | 第89-115页 |
| 6.1 引言 | 第89-91页 |
| 6.2 仿真数据生成流程和方法 | 第91-99页 |
| 6.2.1 蛋白质酶切 | 第93页 |
| 6.2.2 肽段的保留时间和色谱峰形 | 第93-94页 |
| 6.2.3 肽段的电荷状态 | 第94-95页 |
| 6.2.4 肽段离子与同位素峰分布 | 第95-96页 |
| 6.2.5 CID碎片离子 | 第96-97页 |
| 6.2.6 噪声的分布 | 第97-98页 |
| 6.2.7 肽段的可检测性 | 第98-99页 |
| 6.3 数据集 | 第99-100页 |
| 6.3.1 数据集 1 | 第99页 |
| 6.3.2 数据集 2 | 第99页 |
| 6.3.3 数据集 3(BIATECH-54数据集) | 第99-100页 |
| 6.3.4 数据集 4 | 第100页 |
| 6.4 结果与讨论 | 第100-111页 |
| 6.4.1 肽段保留时间和色谱峰形的仿真 | 第100-102页 |
| 6.4.2 肽段离子同位素峰分布 | 第102-104页 |
| 6.4.3 蛋白质酶切和肽段可检测性 | 第104-107页 |
| 6.4.4 LC-MS和LC-MS/MS图谱噪声分布的模拟 | 第107-109页 |
| 6.4.5 肽段电荷状态的计算 | 第109页 |
| 6.4.6 碎裂离子图谱仿真 | 第109-111页 |
| 6.5 应用 | 第111-113页 |
| 6.6 小结 | 第113-115页 |
| 第七章 结论与展望 | 第115-121页 |
| 7.1 论文工作总结 | 第115-118页 |
| 7.2 未来工作展望 | 第118-121页 |
| 致谢 | 第121-123页 |
| 参考文献 | 第123-141页 |
| 作者在学期间取得的学术成果 | 第141-144页 |
| 附录A 蛋白质酶切模型参数列表 | 第144-162页 |
| 蛋白质候选位点酶切概率计算参数列表 | 第144-153页 |
| 蛋白质候选位点漏切概率计算参数列表 | 第153-162页 |
