| 摘要 | 第11-13页 |
| Abstract | 第13-15页 |
| 第一章 绪论 | 第16-41页 |
| 1.1 研究背景与意义 | 第16-19页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第19-33页 |
| 1.2.1 蛋白质相互作用数据整合研究现状 | 第19-24页 |
| 1.2.2 蛋白质相互作用网络模块挖掘研究现状 | 第24-33页 |
| 1.3 论文研究的内容和主要贡献 | 第33-39页 |
| 1.3.1 研究内容 | 第33-36页 |
| 1.3.2 主要贡献 | 第36-39页 |
| 1.4 论文的组织结构 | 第39-41页 |
| 第二章 蛋白质相互作用数据库整合及数据平台建设 | 第41-62页 |
| 2.1 PPI数据库比较和整合 | 第41-46页 |
| 2.1.1 PPI数据库选择 | 第41-42页 |
| 2.1.2 PPI数据库数据比较 | 第42-44页 |
| 2.1.3 PPI数据整合 | 第44-46页 |
| 2.2 PPI和通路数据整合 | 第46-57页 |
| 2.2.1 通路数据库选择 | 第46页 |
| 2.2.2 Path PPI分类 | 第46-47页 |
| 2.2.3 通路蛋白质相互作用模型到Path PPI模型的转换方法 | 第47-50页 |
| 2.2.4 整合结果及分析 | 第50-56页 |
| 2.2.5 通路数据模型转换到作用对模型存在的困难 | 第56-57页 |
| 2.3 数据平台建设 | 第57-58页 |
| 2.4 融入多种生物分子的数据模型 | 第58-60页 |
| 2.5 本章小结 | 第60-62页 |
| 第三章 蛋白质属性数据整合及挖掘 | 第62-89页 |
| 3.1 蛋白质属性数据资源 | 第62-63页 |
| 3.2 属性分类及存储格式探讨 | 第63-66页 |
| 3.2.1 属性分类 | 第63-64页 |
| 3.2.2 属性数据的存储格式 | 第64-66页 |
| 3.3 蛋白质属性分布特点分析 | 第66-71页 |
| 3.4 不同生物功能蛋白质的理化特性分析 | 第71-79页 |
| 3.4.1 理化属性和生物功能数据 | 第71-72页 |
| 3.4.2 起源时间和进化压力特点 | 第72-74页 |
| 3.4.3 m RNA/protein稳定性特点 | 第74-75页 |
| 3.4.4 m RNA/蛋白质稳定性与进化压力特点 | 第75-76页 |
| 3.4.5 小氨基酸组成与蛋白质分子量特点 | 第76页 |
| 3.4.6 疏水性、等电点与极性、电荷氨基酸组成特点 | 第76-77页 |
| 3.4.7 硫、羟基及芳香族氨基酸组成特点 | 第77-78页 |
| 3.4.8 讨论 | 第78-79页 |
| 3.5 不同染色体定位蛋白质的理化及生物功能特点分析 | 第79-88页 |
| 3.5.1 蛋白质理化、生物功能、染色体定位数据和富集方法 | 第80页 |
| 3.5.2 分子量、等电点、疏水性及特定氨基酸组成分布特点 | 第80-81页 |
| 3.5.3 不同染色体定位组蛋白在起源时间组上的富集 | 第81-82页 |
| 3.5.4 不同功能组蛋白质在染色体定位组上的富集 | 第82-85页 |
| 3.5.5 不同通路蛋白质集合在染色体定位组上的富集 | 第85-86页 |
| 3.5.6 不同转录因子目标基因集合在染色体定位组上的富集 | 第86-87页 |
| 3.5.7 不同疾病基因集合在染色体定位组上的富集 | 第87-88页 |
| 3.6 本章小结 | 第88-89页 |
| 第四章 蛋白质相互作用网络模块研究 | 第89-108页 |
| 4.1 代谢通路调控模块构建及特性分析 | 第90-101页 |
| 4.1.1 信号转导调控、转录调控相互作用和代谢通路数据 | 第90页 |
| 4.1.2 基于调控作用的代谢通路调控模块构建 | 第90-98页 |
| 4.1.3 基于调控通路的代谢通路调控模块构建 | 第98-101页 |
| 4.1.4 讨论 | 第101页 |
| 4.2 等表达量网络模块挖掘及功能一致性分析 | 第101-106页 |
| 4.2.1 蛋白质相互作用和蛋白质定量数据 | 第101-102页 |
| 4.2.2 等表达量网络模块搜索方法 | 第102-103页 |
| 4.2.3 等表达量网络模块功能一致性分析 | 第103-106页 |
| 4.2.4 讨论 | 第106页 |
| 4.3 本章小结 | 第106-108页 |
| 第五章 肝癌转移相关网络模块挖掘 | 第108-130页 |
| 5.1 肝癌转移研究概况 | 第108-110页 |
| 5.2 功能一致表达差异网络模块搜索方法 | 第110-119页 |
| 5.2.1 功能一致差异网络模块搜索方法流程 | 第110-117页 |
| 5.2.2 方法效果评价 | 第117-119页 |
| 5.3 肝癌转移临床样本数据挖掘 | 第119-123页 |
| 5.3.1 样本信息及分组 | 第120页 |
| 5.3.2 样本表达谱和蛋白质相互作用数据 | 第120页 |
| 5.3.3 结果与讨论 | 第120-123页 |
| 5.4 肝癌转移细胞株数据挖掘 | 第123-129页 |
| 5.4.1 样本信息及分组 | 第123页 |
| 5.4.2 样本表达谱和蛋白质相互作用数据 | 第123-124页 |
| 5.4.3 表达差异基因确定 | 第124-125页 |
| 5.4.4 结果与讨论 | 第125-129页 |
| 5.5 本章小结 | 第129-130页 |
| 第六章 总结与展望 | 第130-133页 |
| 致谢 | 第133-134页 |
| 参考文献 | 第134-148页 |
| 作者在学期间取得的学术成果 | 第148-150页 |
| 附录A Bio GRID的相互作用检测方法分类与PSI-MI分类的对应表 | 第150-151页 |
| 附录B Path PPI整合相关表 | 第151-157页 |
| 附录C 文献收集的乳腺癌转移相关的基因 | 第157页 |
