| 第一章 绪论 | 第10-22页 |
| 1.1 蛋白质结构预测 | 第10-11页 |
| 1.2 计算机模拟概述 | 第11-14页 |
| 1.3 本论文的内容 | 第14-15页 |
| 参考文献 | 第15-22页 |
| 第二章 理论计算方法简介 | 第22-50页 |
| 2.1 量子化学从头算方法 | 第22-27页 |
| 2.1.1 量子化学从头算和 Hartree-Fock 理论 | 第22-23页 |
| 2.1.2 密度泛函理论 | 第23-25页 |
| 2.1.3 势能面及几何构型优化 | 第25-27页 |
| 2.2 分子动力学模拟 | 第27-43页 |
| 2.2.1 分子力场 | 第28-31页 |
| 2.2.1.1 Born-Oppenheimer 近似 | 第28-29页 |
| 2.2.1.2 力场的组成和定义 | 第29-30页 |
| 2.2.1.3 能量表示 | 第30-31页 |
| 2.2.1.4 力场参数化 | 第31页 |
| 2.2.2 分子力学 | 第31-35页 |
| 2.2.2.1 优化的概念 | 第32页 |
| 2.2.2.2 优化算法 | 第32-34页 |
| 2.2.2.3 优化中要注意的几点 | 第34-35页 |
| 2.2.3 分子动力学 | 第35-43页 |
| 2.2.3.1 积分算法 | 第36-38页 |
| 2.2.3.2 微正则系综的分子动力 | 第38-40页 |
| 2.2.3.3 正则系综的分子动力学 | 第40-41页 |
| 2.2.3.4 等温等压系综的分子动力学 | 第41-43页 |
| 2.3 分子对接 | 第43-46页 |
| 参考文献 | 第46-50页 |
| 第三章 乙型肝炎表面抗原片断三维结构的模建及其配体的研究 | 第50-64页 |
| 3.1 引言 | 第50-51页 |
| 3.2 理论方法和步骤 | 第51-54页 |
| 3.2.1 乙肝表面抗原氨基酸序列 | 第51页 |
| 3.2.2 乙肝表面抗原片断三维结构的同源模建 | 第51-52页 |
| 3.2.3 乙肝表面抗原片断三维结构的优化和评估 | 第52页 |
| 3.2.4 活性区的预测和配体的设计 | 第52-53页 |
| 3.2.5 配体与受体分子对接 | 第53-54页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第54-60页 |
| 3.3.1 乙肝表面抗原片断三维结构模建 | 第54-57页 |
| 3.3.2 活性区的搜寻及配体的设计 | 第57-59页 |
| 3.3.3 配体与乙肝表面抗原片断的分子对接模拟 | 第59-60页 |
| 3.4 本章小结 | 第60-62页 |
| 参考文献 | 第62-64页 |
| 第四章 具有谷胱甘肽过氧化物酶(GPx)活性的抗体酶研究 | 第64-86页 |
| 4.1 引言 | 第64-66页 |
| 4.2 理论方法和步骤 | 第66-69页 |
| 4.2.1 单链抗体scFv2F3 可变区氨基酸序列 | 第67页 |
| 4.2.2 scFv2F3 三维结构的同源模建 | 第67-68页 |
| 4.2.3 Se-scFv2F3 和ESeOH 结构的模建 | 第68-69页 |
| 4.2.4 ESeOH 和GSH 分子对接 | 第69页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第69-81页 |
| 4.3.1 scFv2F3 的同源模建结构 | 第69-76页 |
| 4.3.2 Se-scFv2F3 活性部位的识别 | 第76-78页 |
| 4.3.3 ESeOH 和GSH 分子对接模拟 | 第78-81页 |
| 4.4 本章小结 | 第81-82页 |
| 参考文献 | 第82-86页 |
| 第五章 脱卤素酶的模拟及S_N2 取代反应的研究 | 第86-120页 |
| 5.1 引言 | 第86-90页 |
| 5.2 对氟乙酸脱卤酶Fac-DEX FA1 的研究 | 第90-104页 |
| 5.2.1 理论方法和步骤 | 第90-92页 |
| 5.2.1.1 FAc-DEX FA1 三维结构的模建 | 第90-91页 |
| 5.2.1.2 量子化学计算方法 | 第91-92页 |
| 5.2.2 结果与讨论 | 第92-104页 |
| 5.2.2.1 Fac-DEX FA1 的同源模建结构 | 第92-97页 |
| 5.2.2.2 S_N2 取代反应 | 第97-104页 |
| 5.2.3 小结 | 第104页 |
| 5.3 对卤代烷烃脱卤酶DhmA 的研究 | 第104-114页 |
| 5.3.1 理论方法和步骤 | 第104-106页 |
| 5.3.1.1 DhmA 结构的模建 | 第104-105页 |
| 5.3.1.2 DhmA 和1,2-二氯乙烷分子的对接 | 第105-106页 |
| 5.3.2 结果与讨论 | 第106-114页 |
| 5.3.2.1 DhmA 的同源模建结构 | 第106-111页 |
| 5.3.2.2 DhmA 和1,2-二氯乙烷分子对接模拟 | 第111-114页 |
| 5.3.3 小结 | 第114页 |
| 5.4 本章小结 | 第114-115页 |
| 参考文献 | 第115-120页 |
| 摘要 | 第120-123页 |
| 英文摘要 | 第123页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文 | 第127-128页 |
| 致谢 | 第128页 |
