preQ1核糖开关的调控动态网络分析
| 摘要 | 第2-4页 |
| ABSTRACT | 第4页 |
| 第一章 绪论 | 第8-27页 |
| 1.1 核糖开关 | 第8-18页 |
| 1.1.1 核糖开关的发现 | 第9-11页 |
| 1.1.2 核糖开关的调控方式 | 第11-12页 |
| 1.1.3 核糖开关的种类 | 第12-18页 |
| 1.2 分子动力学模拟 | 第18-27页 |
| 1.2.1 概述 | 第18-19页 |
| 1.2.2 分子动力学计算原理 | 第19-22页 |
| 1.2.3 分子动力学软件AMBER | 第22-25页 |
| 1.2.4 分子力场 | 第25-27页 |
| 第二章 preQ_1核糖开关的分子动力学模拟 | 第27-44页 |
| 2.1 背景介绍 | 第27-32页 |
| 2.1.1 preQ_1-Ⅱ核糖开关的发现 | 第28-30页 |
| 2.1.2 preQ_1-Ⅱ核糖开关的结构 | 第30-32页 |
| 2.2 实验方法 | 第32-34页 |
| 2.2.1 结构准备 | 第32页 |
| 2.2.2 分子动力学模拟 | 第32-33页 |
| 2.2.3 动力学数据分析 | 第33-34页 |
| 2.3 实验结果 | 第34-42页 |
| 2.3.1 RMSD和C5’波动性 | 第34-36页 |
| 2.3.2 结合自由能 | 第36-38页 |
| 2.3.3 平均结构 | 第38-39页 |
| 2.3.4 相互作用分析 | 第39-42页 |
| 2.3.5 主成分分析（PCA） | 第42页 |
| 2.4 本章小结 | 第42-44页 |
| 第三章 动态网络的构建与分析 | 第44-62页 |
| 3.1 背景介绍 | 第44页 |
| 3.2 实验方法 | 第44-48页 |
| 3.2.1 动态网络的构建 | 第44-45页 |
| 3.2.2 特征最短路径（CPL） | 第45-46页 |
| 3.2.3 聚类分析 | 第46-48页 |
| 3.3 实验结果 | 第48-60页 |
| 3.3.1 核糖开关内部网络 | 第48-51页 |
| 3.3.2 特征最短路径（CPL）分析 | 第51-52页 |
| 3.3.3 Community聚类分析 | 第52-54页 |
| 3.3.4 突变验证 | 第54-58页 |
| 3.3.5 调控路径 | 第58-60页 |
| 3.4 本章小结 | 第60-62页 |
| 第四章 结论与展望 | 第62-64页 |
| 参考文献 | 第64-70页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第70-72页 |
