| 英文缩写词汇表 | 第7-8页 |
| 菌属中英文对照表 | 第8-9页 |
| 摘要 | 第9-12页 |
| Abstract | 第12-14页 |
| 第一章 前言 | 第15-22页 |
| 1 细菌基因组进化研究的意义 | 第15-17页 |
| 2 细菌基因组进化研究现状 | 第17-20页 |
| 2.1 系统发育分析 | 第17-18页 |
| 2.2 基因组动力学 | 第18-20页 |
| 3 论文的研究内容和创新点 | 第20-22页 |
| 3.1 论文研究内容 | 第20-21页 |
| 3.2 论文创新点 | 第21-22页 |
| 第二章 基于同源子序列的细菌基因组进化研究 | 第22-58页 |
| 1 一种基于同源子序列的系统发育分析方法 | 第22-35页 |
| 1.1 概述 | 第22-24页 |
| 1.2 同源子序列的定义 | 第24页 |
| 1.3 同源子序列家族的构建 | 第24-26页 |
| 1.4 材料和方法 | 第26-27页 |
| 1.4.1 数据集 | 第26页 |
| 1.4.2 系统发育分析 | 第26页 |
| 1.4.3 bootstrap值计算 | 第26-27页 |
| 1.5 结果 | 第27-34页 |
| 1.5.1 HSF的基本信息 | 第27-28页 |
| 1.5.2 基于同源子序列的远源物种系统发育分析 | 第28-33页 |
| 1.5.3 基于同源子序列的近源物种系统发育分析 | 第33-34页 |
| 1.6 讨论和结论 | 第34-35页 |
| 2 基于同源子序列的大肠杆菌和志贺杆菌基因组进化研究 | 第35-49页 |
| 2.1 概述 | 第35-36页 |
| 2.2 材料和方法 | 第36-39页 |
| 2.2.1 数据集 | 第36-38页 |
| 2.2.2 HSF的获取 | 第38页 |
| 2.2.3 基于HSF的系统发育分析 | 第38-39页 |
| 2.2.4 bootstrap值的计算 | 第39页 |
| 2.3 结果 | 第39-48页 |
| 2.3.1 HSF的分布情况 | 第39-41页 |
| 2.3.2 基于HSF的基因组进化分析 | 第41-43页 |
| 2.3.3 两种进化模式 | 第43-46页 |
| 2.3.4 系统分群的特异HSF以及特征基因 | 第46-48页 |
| 2.4 讨论和结论 | 第48-49页 |
| 3 基于同源子序列的基因融合/裂解进化事件研究 | 第49-58页 |
| 3.1 概述 | 第49-50页 |
| 3.2 材料和方法 | 第50页 |
| 3.3 结果 | 第50-57页 |
| 3.4 讨论和结论 | 第57-58页 |
| 第三章 三种重要病原菌基因组动力学研究 | 第58-91页 |
| 1 牛布鲁氏菌疫苗株 104M的比较基因组学分析 | 第58-69页 |
| 1.1 概述 | 第58页 |
| 1.2 材料和方法 | 第58-60页 |
| 1.2.1 样本提取和鉴定 | 第58-59页 |
| 1.2.2 基因组测序、拼接和注释 | 第59-60页 |
| 1.2.3 比较基因组学分析 | 第60页 |
| 1.3 结果 | 第60-68页 |
| 1.3.1 基因组特征 | 第60-63页 |
| 1.3.2 减毒株与毒株间的基因组差异 | 第63页 |
| 1.3.3 与毒力相关的基因丢失 | 第63-65页 |
| 1.3.4 牛种布鲁氏菌 104M和S19间存在不同的减毒机制 | 第65-66页 |
| 1.3.5 与毒力相关的基因突变 | 第66-68页 |
| 1.4 讨论 | 第68-69页 |
| 2 奈瑟氏菌的适应性进化分析 | 第69-77页 |
| 2.1 概述 | 第69-70页 |
| 2.2 材料和方法 | 第70-71页 |
| 2.2.1 数据准备 | 第70页 |
| 2.2.2 序列特征计算 | 第70页 |
| 2.2.3 重组探测 | 第70-71页 |
| 2.2.4 正选择探测 | 第71页 |
| 2.2.5 统计检验 | 第71页 |
| 2.3 结果 | 第71-77页 |
| 2.3.1 直系同源基因 | 第71-74页 |
| 2.3.2 重组探测 | 第74-75页 |
| 2.3.3 正选择探测 | 第75-77页 |
| 2.4 讨论 | 第77页 |
| 3 嗜麦芽菌的全基因组动力学分析 | 第77-91页 |
| 3.1 概述 | 第77-78页 |
| 3.2 材料和方法 | 第78-80页 |
| 3.2.1 基因组数据以及序列比对 | 第78-79页 |
| 3.2.2 构建同源基因家族 | 第79页 |
| 3.2.3 系统发育分析 | 第79页 |
| 3.2.4 祖先基因组重构 | 第79-80页 |
| 3.2.5 重组探测 | 第80页 |
| 3.2.6 选择探测 | 第80页 |
| 3.2.7 统计分析 | 第80页 |
| 3.3 结果 | 第80-87页 |
| 3.3.1 嗜麦芽菌基因组的基本特征 | 第80页 |
| 3.3.2 嗜麦芽菌种具有明显的开放基因组 | 第80-82页 |
| 3.3.3 嗜麦芽菌基因组功能多样性分析 | 第82-83页 |
| 3.3.4 嗜麦芽菌的系统发育关系 | 第83-84页 |
| 3.3.5 嗜麦芽菌进化过程中的基因流动分析 | 第84-85页 |
| 3.3.6 嗜麦芽菌基因组重组分析 | 第85-86页 |
| 3.3.7 嗜麦芽菌基因组正选择分析 | 第86-87页 |
| 3.4 讨论 | 第87-91页 |
| 第四章 总结 | 第91-92页 |
| 参考文献 | 第92-106页 |
| 附录 | 第106-111页 |
| 附录一176种生物的基本信息 | 第106-111页 |
| 综述 | 第111-120页 |
| 参考文献 | 第117-120页 |
| 致谢 | 第120-121页 |
| 个人简历 | 第121-122页 |