首页--生物科学论文--微生物学论文

细菌系统发育分析新方法及其应用的研究

英文缩写词汇表第7-8页
菌属中英文对照表第8-9页
摘要第9-12页
Abstract第12-14页
第一章 前言第15-22页
    1 细菌基因组进化研究的意义第15-17页
    2 细菌基因组进化研究现状第17-20页
        2.1 系统发育分析第17-18页
        2.2 基因组动力学第18-20页
    3 论文的研究内容和创新点第20-22页
        3.1 论文研究内容第20-21页
        3.2 论文创新点第21-22页
第二章 基于同源子序列的细菌基因组进化研究第22-58页
    1 一种基于同源子序列的系统发育分析方法第22-35页
        1.1 概述第22-24页
        1.2 同源子序列的定义第24页
        1.3 同源子序列家族的构建第24-26页
        1.4 材料和方法第26-27页
            1.4.1 数据集第26页
            1.4.2 系统发育分析第26页
            1.4.3 bootstrap值计算第26-27页
        1.5 结果第27-34页
            1.5.1 HSF的基本信息第27-28页
            1.5.2 基于同源子序列的远源物种系统发育分析第28-33页
            1.5.3 基于同源子序列的近源物种系统发育分析第33-34页
        1.6 讨论和结论第34-35页
    2 基于同源子序列的大肠杆菌和志贺杆菌基因组进化研究第35-49页
        2.1 概述第35-36页
        2.2 材料和方法第36-39页
            2.2.1 数据集第36-38页
            2.2.2 HSF的获取第38页
            2.2.3 基于HSF的系统发育分析第38-39页
            2.2.4 bootstrap值的计算第39页
        2.3 结果第39-48页
            2.3.1 HSF的分布情况第39-41页
            2.3.2 基于HSF的基因组进化分析第41-43页
            2.3.3 两种进化模式第43-46页
            2.3.4 系统分群的特异HSF以及特征基因第46-48页
        2.4 讨论和结论第48-49页
    3 基于同源子序列的基因融合/裂解进化事件研究第49-58页
        3.1 概述第49-50页
        3.2 材料和方法第50页
        3.3 结果第50-57页
        3.4 讨论和结论第57-58页
第三章 三种重要病原菌基因组动力学研究第58-91页
    1 牛布鲁氏菌疫苗株 104M的比较基因组学分析第58-69页
        1.1 概述第58页
        1.2 材料和方法第58-60页
            1.2.1 样本提取和鉴定第58-59页
            1.2.2 基因组测序、拼接和注释第59-60页
            1.2.3 比较基因组学分析第60页
        1.3 结果第60-68页
            1.3.1 基因组特征第60-63页
            1.3.2 减毒株与毒株间的基因组差异第63页
            1.3.3 与毒力相关的基因丢失第63-65页
            1.3.4 牛种布鲁氏菌 104M和S19间存在不同的减毒机制第65-66页
            1.3.5 与毒力相关的基因突变第66-68页
        1.4 讨论第68-69页
    2 奈瑟氏菌的适应性进化分析第69-77页
        2.1 概述第69-70页
        2.2 材料和方法第70-71页
            2.2.1 数据准备第70页
            2.2.2 序列特征计算第70页
            2.2.3 重组探测第70-71页
            2.2.4 正选择探测第71页
            2.2.5 统计检验第71页
        2.3 结果第71-77页
            2.3.1 直系同源基因第71-74页
            2.3.2 重组探测第74-75页
            2.3.3 正选择探测第75-77页
        2.4 讨论第77页
    3 嗜麦芽菌的全基因组动力学分析第77-91页
        3.1 概述第77-78页
        3.2 材料和方法第78-80页
            3.2.1 基因组数据以及序列比对第78-79页
            3.2.2 构建同源基因家族第79页
            3.2.3 系统发育分析第79页
            3.2.4 祖先基因组重构第79-80页
            3.2.5 重组探测第80页
            3.2.6 选择探测第80页
            3.2.7 统计分析第80页
        3.3 结果第80-87页
            3.3.1 嗜麦芽菌基因组的基本特征第80页
            3.3.2 嗜麦芽菌种具有明显的开放基因组第80-82页
            3.3.3 嗜麦芽菌基因组功能多样性分析第82-83页
            3.3.4 嗜麦芽菌的系统发育关系第83-84页
            3.3.5 嗜麦芽菌进化过程中的基因流动分析第84-85页
            3.3.6 嗜麦芽菌基因组重组分析第85-86页
            3.3.7 嗜麦芽菌基因组正选择分析第86-87页
        3.4 讨论第87-91页
第四章 总结第91-92页
参考文献第92-106页
附录第106-111页
    附录一176种生物的基本信息第106-111页
综述第111-120页
    参考文献第117-120页
致谢第120-121页
个人简历第121-122页

论文共122页,点击 下载论文
上一篇:(b,c)-逆及相关广义逆的研究
下一篇:Hopf单子与ribbon群范畴的构造