| 中文摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 1 前言 | 第11-20页 |
| 1.1 日本沼虾肝胰腺特征 | 第11-12页 |
| 1.2 日本沼虾肝胰腺组织各细胞的特点 | 第12-14页 |
| 1.2.1 甲壳类动物肝胰腺相关性研究 | 第13-14页 |
| 1.3 转录组学的概念 | 第14-16页 |
| 1.3.1 髙通量测序技术 | 第14-15页 |
| 1.3.2 DEG | 第15页 |
| 1.3.3 RNA-Seq技术研究基因的差异表达 | 第15-16页 |
| 1.3.4 RNA-Seq与DGE的关系 | 第16页 |
| 1.4 水体中亚硝酸盐的危害 | 第16-20页 |
| 1.4.1 水体中亚硝酸盐的来源 | 第17-18页 |
| 1.4.2 养殖水体中的亚硝酸盐对虾蟹类免疫性能的影响 | 第18-20页 |
| 1.5 本研究的目的意义 | 第20页 |
| 2 材料与方法 | 第20-29页 |
| 2.1 实验材料 | 第20-24页 |
| 2.1.1 实验动物与样品采集 | 第20页 |
| 2.1.2 主要仪器 | 第20-21页 |
| 2.1.3 主要试剂及来源 | 第21页 |
| 2.1.4 主要数据库及生物软件 | 第21-22页 |
| 2.1.5 qRT-PCR引物设计 | 第22页 |
| 2.1.6 常用试剂及其配制 | 第22-24页 |
| 2.2 实验方法 | 第24-29页 |
| 2.2.1 日本沼虾肝胰腺RNA提取 | 第24-26页 |
| 2.2.2 制作组织切片观察日本沼虾肝胰腺 | 第26-29页 |
| 3 结果与分析 | 第29-49页 |
| 3.1 RNA的提取及其质量鉴定 | 第29-30页 |
| 3.2 日本沼虾受亚硝酸盐胁迫后的肝胰腺组织学变化 | 第30-31页 |
| 3.3 Illumina测序和序列组装及结果分析 | 第31-41页 |
| 3.3.1 Illumina测序和序列组装 | 第31-32页 |
| 3.3.2 差异表达基因的筛选及功能注释 | 第32-35页 |
| 3.3.3 KEGG Pathway显著性富集分析 | 第35-38页 |
| 3.3.4 GO（Gene Ontology）分析 | 第38-40页 |
| 3.3.5 COG分析 | 第40-41页 |
| 3.4 差异表达基因的荧光定量PCR检测结果 | 第41-43页 |
| 3.4.1 荧光定量PCR检测体系的建立和优化 | 第41-42页 |
| 3.4.2 日本沼虾基因表达分析 | 第42-43页 |
| 3.5 基于高通量测序筛选与免疫相关的通路与基因 | 第43-44页 |
| 3.6 Lysosome的研究结果 | 第44-46页 |
| 3.6.1 Lysosome mRNA在不同时期段的表达变化 | 第44-45页 |
| 3.6.2 Lysosome基因在不同组织中的表达变化 | 第45-46页 |
| 3.7 Guaninenucleotide-binding protein的研究结果 | 第46-49页 |
| 3.7.1 Guaninenucleotide-binding protein mRNA在不同时期段的表达变化 | 第46-48页 |
| 3.7.2Guaninenucleotide-binding protein基因在不同组织中的表达变化 | 第48-49页 |
| 4 讨论 | 第49-51页 |
| 4.1 组织学方法观察日本沼虾的低浓度亚硝酸盐胁迫损伤 | 第49页 |
| 4.2 通过转录组数据得到的与免疫与抗逆相关通路与基因 | 第49-50页 |
| 4.3 Lysosome和Guaninenucleotide-binding protein在日本沼虾胁迫下表达情况 | 第50-51页 |
| 5 结论 | 第51-52页 |
| 参考文献 | 第52-62页 |
| 致谢 | 第62页 |
