| 摘要 | 第4-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 第一章 文献综述 | 第9-27页 |
| 1.1 课题研究背景 | 第9-10页 |
| 1.2 国内外研究进展 | 第10-23页 |
| 1.2.1 OptKnock及双层优化基本思路 | 第11-13页 |
| 1.2.2 OptKnock衍生的预测敲除靶点的双层优化方法 | 第13-16页 |
| 1.2.3 预测敲除、上调和下调靶点的双层优化方法 | 第16-19页 |
| 1.2.4 双层优化方法存在的问题 | 第19-21页 |
| 1.2.5 菌种优化软件及工具包 | 第21-23页 |
| 1.3 集成转录调控网络的代谢网络研究 | 第23-26页 |
| 1.3.1 rFBA | 第23-24页 |
| 1.3.2 PROM | 第24-25页 |
| 1.3.3 其他集成方法 | 第25-26页 |
| 1.4 本文的主要工作 | 第26-27页 |
| 第二章 基于代谢网络模型预测基因敲除靶点的新方法 | 第27-49页 |
| 2.1 材料和方法 | 第27-31页 |
| 2.1.1 基因组尺度代谢网络模型 | 第27-28页 |
| 2.1.2 大肠杆菌模拟用培养基 | 第28页 |
| 2.1.3 COBRA工具包的安装 | 第28-29页 |
| 2.1.4 fastFVA工具包的安装 | 第29页 |
| 2.1.5 模型的读入及计算 | 第29-31页 |
| 2.2 结果与讨论 | 第31-48页 |
| 2.2.1 FVA计算工具的改进 | 第31-33页 |
| 2.2.2 QCFVA与COBRA及fastFVA的比较 | 第33-37页 |
| 2.2.3 预测基因敲除靶点的新方法-FVAKnock | 第37页 |
| 2.2.4 琥珀酸优化敲除靶点的预测 | 第37-41页 |
| 2.2.5 PHB优化敲除靶点的预测 | 第41-44页 |
| 2.2.6 核黄素优化敲除靶点的预测 | 第44-48页 |
| 2.3 小结 | 第48-49页 |
| 第三章 基于整合网络模型预测基因敲除靶点的新方法 | 第49-61页 |
| 3.1 材料和方法 | 第49-50页 |
| 3.1.1 基因组尺度代谢网络模型 | 第49页 |
| 3.1.2 转录调控网络模型 | 第49页 |
| 3.1.3 大肠杆菌模拟用培养基 | 第49-50页 |
| 3.1.4 COBRA工具包的安装 | 第50页 |
| 3.1.5 模型的读入及计算 | 第50页 |
| 3.2 基因组尺度整合网络的构建 | 第50-51页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第51-59页 |
| 3.3.1 大肠杆菌基因组尺度整合网络的构建 | 第51-54页 |
| 3.3.2 基于大肠杆菌整合网络模型最优化目标产物 | 第54-55页 |
| 3.3.3 调控通量可变性分析-rFVA | 第55-56页 |
| 3.3.4 基于rFVA的敲除靶点预测 | 第56-57页 |
| 3.3.5 基于整合网络核黄素优化敲除靶点的预测 | 第57-59页 |
| 3.4 小结 | 第59-61页 |
| 第四章 结论和展望 | 第61-63页 |
| 4.1 结论 | 第61-62页 |
| 4.2 展望 | 第62-63页 |
| 参考文献 | 第63-70页 |
| 发表论文和参加科研情况 | 第70-71页 |
| 附录 | 第71-81页 |
| 致谢 | 第81-82页 |
