| 致谢 | 第1-7页 |
| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 专业词汇中英文对照表 | 第11-17页 |
| 引言 | 第17-19页 |
| 第1章 文献综述 | 第19-34页 |
| ·mRNA表观遗传学修饰 | 第19-28页 |
| ·m~6A修饰 | 第19-20页 |
| ·m~6A甲基化酶 | 第20-21页 |
| ·m~6A去甲基化酶 | 第21-23页 |
| ·m~6A读码器 | 第23-26页 |
| ·m~6A与microRNA | 第26-27页 |
| ·m~6A的生物学功能 | 第27-28页 |
| ·mRNA剪接 | 第28-34页 |
| ·mRNA选择性剪接 | 第29-31页 |
| ·剪接位点共同基序序列 | 第31页 |
| ·剪接辅助元件 | 第31页 |
| ·RNA二级结构与选择性剪接 | 第31-32页 |
| ·RNA修饰与选择性剪接 | 第32页 |
| ·具有RS结构蛋白的剪接因子与选择性剪接 | 第32-33页 |
| ·其他RNA结合蛋白与选择性剪接 | 第33-34页 |
| 第2章 材料和方法 | 第34-58页 |
| ·实验材料 | 第34-44页 |
| ·高通量数据 | 第34页 |
| ·细胞系 | 第34页 |
| ·质粒载体,引物及抗体信息 | 第34-40页 |
| ·实验试剂与仪器 | 第40-44页 |
| ·实验方法 | 第44-58页 |
| ·细胞培养 | 第44页 |
| ·细胞传代 | 第44页 |
| ·细胞保存与复苏 | 第44页 |
| ·细胞转染 | 第44-45页 |
| ·siRNA(小干扰RNA)转染 | 第44-45页 |
| ·质粒(plasmid)转染 | 第45页 |
| ·细胞电穿孔转染 | 第45页 |
| ·细胞的收集 | 第45-46页 |
| ·总RNA的提取 | 第46页 |
| ·基因组DNA的提取 | 第46页 |
| ·RNA逆转录(Reverse Transcription) | 第46-47页 |
| ·定量PCR反应 | 第47-48页 |
| ·实时定量荧光反应 | 第48-49页 |
| ·动物细胞总蛋白提取及浓度测定 | 第49页 |
| ·蛋白免疫印迹实验 | 第49页 |
| ·m~6A斑点杂交 | 第49-50页 |
| ·亲和沉降与蛋白质谱检测 | 第50页 |
| ·蛋白纯化 | 第50-51页 |
| ·体内免疫共沉降 | 第51页 |
| ·体外免疫沉降 | 第51-52页 |
| ·免疫荧光 | 第52页 |
| ·光活性增强的核糖核苷交联和免疫共沉淀(PAR-CLIP) | 第52-54页 |
| ·报告基因选择性剪接分析(minigene) | 第54-55页 |
| ·cDNA建库与高通量测序 | 第55页 |
| ·选择性剪接分析 | 第55-56页 |
| ·m~6A峰的鉴定 | 第56页 |
| ·PAR-CLIP测序数据分析 | 第56-57页 |
| ·基因簇的基序(motif)分析 | 第57页 |
| ·基因簇在剪接位点的分布分析 | 第57-58页 |
| 第3章 实验结果 | 第58-91页 |
| ·YTHDC1相互作用蛋白发现与鉴定 | 第58-59页 |
| ·免疫共沉降发现YTHDC1潜在相互作用蛋白 | 第58页 |
| ·YTHDC1相互作用蛋白二级串联质谱鉴定 | 第58-59页 |
| ·在整体水平上YTHDC1、SRSF3促进外显子保留而SRSF10促进外显子跳跃 | 第59-61页 |
| ·YTHDC1及SR家族蛋白敲低效率检测 | 第59-60页 |
| ·YTHDC1及SR家族蛋白敲低后转录组数据的选择性剪接分析 | 第60-61页 |
| ·YTHDC1和SR家族蛋白结合RNA的测序数据分析 | 第61-64页 |
| ·YTHDC1、SRSF3和SRSF10的RNA结合效率以及蛋白沉降效率检测 | 第61-62页 |
| ·YTHDC1、SRSF3和SRSF10结合的RNA类型主要是mRNA | 第62-63页 |
| ·YTHDC1、SRSF3和SRSF10主要结合在mRNA上的CDS区,5’和3'UTR区 | 第63页 |
| ·YTHDC1偏好结合于长序列的外显子 | 第63-64页 |
| ·YTHDC1和SRSF3促进靶向外显子的保留而SRSF10促进靶向外显子剪接 | 第64-70页 |
| ·YTHDC1、SRSF3及SRSF10靶向外显子的选择性剪接偏好性分析 | 第64-66页 |
| ·YTHDC1、SRSF3及SRSF10靶向外显子及上下游毗连外显子的选择性剪接数目百分比分析 | 第66-67页 |
| ·分别敲低YTHDC1、SRSF3、METTL3及SRSF10后,RT-PCR验证随机挑选基因的靶向外显子选择性剪接变化 | 第67-69页 |
| ·分别过表达YTHDC1、SRSF3、METTL3及SRSF10后,RT-PCR验证随机挑选基因的靶向外显子选择性剪接模式 | 第69-70页 |
| ·YTHDC1、SRSF3及SRSF10结合在靶向外显子的平均空间距离分析 | 第70-71页 |
| ·YHDC1、SRSF3及SRSF10的RNA结合基序分析 | 第70-71页 |
| ·SRSF3靶向外显子的位点离YTHDC1靶向外显子位点的平均距离比SRSF10离YTHDC1的更近 | 第71页 |
| ·SRSF3与SRSF10竞争性的结合YTHDC1 | 第71-76页 |
| ·外源的SRSF3与外源SRSF10在体内存在相互作用 | 第71-72页 |
| ·SRSF3与SRSF10在体外存在直接相互作用 | 第72-73页 |
| ·SRSF3和SRSF10的C端与YTHDC1相互作用 | 第73-74页 |
| ·YTHDC1的N端与SRSF3和SRSF10相互作用 | 第74-75页 |
| ·YTHDC1的N端与SRSF3和SRSF10竞争性相结合 | 第75-76页 |
| ·YTHDC1调节SRSF3和SRSF10结合RNA的能力 | 第76-82页 |
| ·YTHDC1促进SRSF3与RNA的结合而抑制SRSF10与RNA的结合 | 第76-77页 |
| ·SRSF3抑制SRSF10与RNA的结合,而SRSF10抑制SRSF3与RNA的结合 | 第77-80页 |
| ·YTHDC1、SRSF3与RNA的结合是m6A依赖的而SRSF10与RNA的结合则不是 | 第80-81页 |
| ·YTHDC1结合RNA依赖于m~6A | 第81-82页 |
| ·YTHDC1对SRSF3和SRSF10的RNA结合能力以及它们调控的选择性剪接事件起到关键作用 | 第82-86页 |
| ·野生型YTHDC1能恢复YTHDC1敲低引起的SRSF3结合RNA的信号变化 | 第82-83页 |
| ·野生型YTHDC1能恢复YTHDC1敲低引起的SRSF10结合RNA的信号变化 | 第83-84页 |
| ·野生型YTHDC1能回补YTHDC1敲低引起的SRSF3和SRSF10选择性剪接紊乱 | 第84-85页 |
| ·野生型YTHDC1和突变型YTHDC1不能回补因METTL3敲低引起的SRSF3和SRSF10选择性剪接紊乱 | 第85-86页 |
| ·剪接报告载体验证ZNF638基因选择性剪接模式 | 第86-89页 |
| ·剪接报告载体ZNF638基因在分别敲低YTHDC1、SRSF3及SRSF10后的选择性剪接变化 | 第86-88页 |
| ·YTHDC1、SRSF3及SRSF10结合位点突变的ZNF638报告基因过表达后选择性剪接变化 | 第88-89页 |
| ·内源YTHDC1、SRSF3和SRSF10蛋白的定量 | 第89-90页 |
| ·YTHDC1、SRSF3和SRSF10调控mRNA选择性剪接模型 | 第90-91页 |
| 第4章 结论与讨论 | 第91-95页 |
| ·结论 | 第91-93页 |
| ·讨论 | 第93-95页 |
| 参考文献 | 第95-104页 |
| 作者简介及在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第104-105页 |
