| 致谢 | 第1-7页 |
| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 专化词汇中英文对照表 | 第11-15页 |
| 第一章 绪论 | 第15-39页 |
| ·测序技术概述 | 第15页 |
| ·第一代测序技术 | 第15-19页 |
| ·Sanger测序 | 第15-17页 |
| ·Gilbert测序 | 第17-19页 |
| ·第二代测序技术 | 第19-22页 |
| ·Illumina测序技术 | 第19-22页 |
| ·第三代测序技术 | 第22-23页 |
| ·三种测序技术比较 | 第23-24页 |
| ·微生物测序与研究进展 | 第24页 |
| ·细菌耐药与泛基因组学研究 | 第24-26页 |
| ·肺炎克雷伯菌研究 | 第26-38页 |
| ·肺炎克雷伯菌简介 | 第26页 |
| ·肺炎克雷伯菌形态学研究 | 第26-29页 |
| ·肺炎克雷伯菌分型研究 | 第29-30页 |
| ·肺炎克雷伯菌分型概述 | 第29页 |
| ·单基因分型方法 | 第29页 |
| ·血清分型方法 | 第29页 |
| ·MLST分型方法 | 第29-30页 |
| ·肺炎克雷伯菌致病性研究 | 第30-36页 |
| ·肺炎克雷伯菌致病性概述 | 第30-31页 |
| ·荚膜多糖蛋白 | 第31-32页 |
| ·脂多糖 | 第32-34页 |
| ·菌毛 | 第34-35页 |
| ·外膜蛋白 | 第35-36页 |
| ·肺炎克雷伯菌基因组学研究 | 第36-38页 |
| ·本课题研究目的及内容 | 第38-39页 |
| 第二章 材料与方法 | 第39-45页 |
| ·MLST数据分析 | 第39-41页 |
| ·MLST-菌株收集、Sanger测序及分型 | 第39-40页 |
| ·最小抑菌浓度(MIC)实验 | 第40页 |
| ·MLST进化树分析 | 第40页 |
| ·MLST序列中SNP位点鉴定、耐药表型分组以及关联分析 | 第40-41页 |
| ·二代基因组数据分析 | 第41-43页 |
| ·细菌DNA文库构建及上机测序 | 第41页 |
| ·网上公共数据收集 | 第41-42页 |
| ·肺炎克雷伯菌基因组拼接及假染色体构建 | 第42页 |
| ·肺炎克雷伯菌基因注释 | 第42页 |
| ·肺炎克雷伯菌核心基因进化树分析 | 第42-43页 |
| ·肺炎克雷伯菌功能元件注释 | 第43页 |
| ·三代测序数据分析 | 第43-45页 |
| ·菌株收集与Pacbio RSII系统测序 | 第43页 |
| ·SMRT数据的生物信息学分析 | 第43-44页 |
| ·耐药质粒基因组分析 | 第44-45页 |
| 第三章 结果 | 第45-81页 |
| ·肺炎克雷伯菌MLST序列多态性与常用抗生素关联分析 | 第45-52页 |
| ·338株肺炎克雷伯菌基本信息统计 | 第45-46页 |
| ·基于MLST序列的肺炎克雷伯菌株系统发育树构建 | 第46-47页 |
| ·338株肺炎克雷伯菌SNP多态性位点鉴定 | 第47-48页 |
| ·338株肺炎克雷伯菌SNP多态性位点与MIC耐药等级关联分析 | 第48-51页 |
| ·肺炎克雷伯菌MLST序列多态性与常用抗生素关联分析小结 | 第51-52页 |
| ·HAP和CAP肺炎克雷伯菌基因组及泛基因组比较分析 | 第52-72页 |
| ·NCBI网上数据整理 | 第52页 |
| ·医院获得性与社区获得性肺炎克雷伯菌样本采集、基因组拼接注释 | 第52-55页 |
| ·HAP与CAP肺炎克雷伯菌耐药基因预测以及比较基因组学研究 | 第55-59页 |
| ·HAP与CAP肺炎克雷伯菌毒力基因预测和比较基因组学分析 | 第59-63页 |
| ·特异基因的基因水平转移溯源分析 | 第63-67页 |
| ·HAP/CAP肺炎克雷伯菌泛基因组以及系统发育树分析 | 第67-69页 |
| ·HAP和CAP核心基因集鉴定和比较 | 第69-70页 |
| ·HAP和CAP非必需基因集鉴定和差异比较 | 第70-71页 |
| ·小结 | 第71-72页 |
| ·肺炎克雷伯菌H39和耐药质粒H11的基因组测序及分析 | 第72-81页 |
| ·耐药质粒H11基因组分析 | 第72-76页 |
| ·肺炎克雷伯菌H39基因组精细图构建 | 第76-81页 |
| 第四章 总结 | 第81-83页 |
| 附录 | 第83-107页 |
| 参考文献 | 第107-115页 |
| 作者简介及在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第115-117页 |
