| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-17页 |
| 第一部分 沙门氏菌和副溶血弧菌基于O血清型分型的分子检测方法的建立 | 第17-100页 |
| 第一章 引言 | 第18-35页 |
| 第一节 研究背景简介 | 第18-32页 |
| ·食源性致病菌的研究背景 | 第18-19页 |
| ·食源性疾病 | 第18-19页 |
| ·食源性疾病的诱因 | 第19页 |
| ·两种重要的食源性致病菌 | 第19-26页 |
| ·沙门氏菌 | 第19-21页 |
| ·沙门氏菌的生物学特性 | 第19-20页 |
| ·沙门氏菌的危害性 | 第20页 |
| ·沙门氏菌引发的的疾病爆发 | 第20-21页 |
| ·副溶血弧菌 | 第21-26页 |
| ·副溶血弧菌的生物学特性 | 第21-22页 |
| ·副溶血弧菌的致病性 | 第22页 |
| ·副溶血弧菌的毒力因子 | 第22-23页 |
| ·副溶血弧菌的流行性 | 第23-24页 |
| ·副溶血弧菌的遗传学研究 | 第24-26页 |
| ·食源性致病菌的检测方法 | 第26-28页 |
| ·传统检测方法 | 第26页 |
| ·免疫学方法 | 第26-27页 |
| ·分子生物学方法 | 第27-28页 |
| ·微生物检测的靶基因选择 | 第28-29页 |
| ·革兰氏阴性菌O抗原研究进展 | 第29-32页 |
| ·革兰氏阴性菌脂多糖 | 第29页 |
| ·O抗原的功能和结构 | 第29-31页 |
| ·沙门氏菌的O抗原研究 | 第31页 |
| ·副溶血弧菌的O抗原研究 | 第31-32页 |
| 第二节 本项工作的研究目标、内容和创新性 | 第32-35页 |
| ·研究目标 | 第33页 |
| ·研究内容 | 第33-34页 |
| ·1 副溶血弧菌O血清型分型多重PCR方法 | 第33页 |
| ·沙门氏菌46种O血清型分型芯片 | 第33-34页 |
| ·本研究的创新性 | 第34-35页 |
| 第二章 材料与方法 | 第35-55页 |
| 第一节 实验材料 | 第35-42页 |
| ·菌株 | 第35-41页 |
| ·用于副溶血弧菌多重PCR检测方法研制的菌株 | 第35-39页 |
| ·用于筛选特异基因的副溶血弧菌菌株 | 第35页 |
| ·用于多重PCR特异性评价的其它种属菌株 | 第35-36页 |
| ·用于特异性验证的实际样品来源 | 第36-39页 |
| ·用于研制沙门氏菌46种O血清群分型芯片的菌株 | 第39-41页 |
| ·用于筛选特异基因及芯片评价实验的沙门氏菌 | 第39-40页 |
| ·用于特异性评价试验的其它种属菌株 | 第40-41页 |
| ·用于DNA文库构建克隆的受体菌株 | 第41页 |
| ·质粒 | 第41页 |
| ·引物和探针 | 第41页 |
| ·主要酶与试剂 | 第41页 |
| ·实验仪器 | 第41-42页 |
| 第二节 实验方法 | 第42-55页 |
| ·培养基及一些基本试剂的配置 | 第42页 |
| ·2YT培养基及固体培养基的配制 | 第42页 |
| ·抗生素和一些酶制剂的配置 | 第42页 |
| ·细菌基因组DNA的提取 | 第42-43页 |
| ·鸟枪法DNA文库的构建 | 第43-49页 |
| ·O血清型决定簇的扩增及产物的纯化 | 第43-45页 |
| ·PCR反应体系 | 第43-44页 |
| ·PCR程序 | 第44页 |
| ·PCR产物的检测 | 第44页 |
| ·PCR产物纯化 | 第44-45页 |
| ·DNA产物片段化及补平、连接反应 | 第45-47页 |
| ·DNA产物片段化 | 第45-46页 |
| ·DNA片段化产物的补平 | 第46-47页 |
| ·与质粒的连接反应 | 第47页 |
| ·连接产物电转化及质粒提取 | 第47-48页 |
| ·感受态细胞制备 | 第47页 |
| ·电转化连接产物 | 第47页 |
| ·质粒提取 | 第47-48页 |
| ·构建的DNA文库测序 | 第48-49页 |
| ·ABI测序 | 第48页 |
| ·核苷酸序列拼接 | 第48-49页 |
| ·生物信息学方法进行序列分析 | 第49页 |
| ·Solexa/Illumina测序 | 第49-50页 |
| ·Solexa Paired-end样品制备 | 第49-50页 |
| ·Solexa双末端测序 | 第50页 |
| ·Solexa测序序列拼接 | 第50页 |
| ·特异基因的筛选 | 第50-51页 |
| ·副溶血弧菌特异基因的筛选 | 第50页 |
| ·沙门氏菌特异基因的筛选 | 第50-51页 |
| ·多重PCR体系的建立 | 第51-52页 |
| ·副溶血弧菌多重PCR体系 | 第51页 |
| ·沙门氏菌多重PCR体系 | 第51-52页 |
| ·基因芯片的研制 | 第52-53页 |
| ·沙门氏菌基因芯片的点制 | 第52页 |
| ·芯片杂交 | 第52-53页 |
| ·多重PCR产物纯化 | 第52页 |
| ·荧光标记 | 第52-53页 |
| ·杂交反应 | 第53页 |
| ·芯片扫描 | 第53页 |
| ·模拟样品实验 | 第53-55页 |
| ·副溶血弧菌模拟样品实验 | 第53页 |
| ·沙门氏菌模拟样品实验 | 第53-55页 |
| 第三章 结果与分析 | 第55-96页 |
| (Ⅰ)副溶血弧菌多重PCR分子分型方法建立 | 第55-75页 |
| 第一节 副溶血弧菌O2,O6,O9,O10,O11,O13 O血清型决定簇的分子鉴定和进化分析 | 第55-66页 |
| ·副溶血弧菌O血清型决定簇序列的获得 | 第55页 |
| ·副溶血弧菌O2O血清型决定簇的鉴定 | 第55-57页 |
| ·副溶血弧菌O6O血清型决定簇的鉴定 | 第57-59页 |
| ·副溶血弧菌O9O血清型决定簇的鉴定 | 第59-61页 |
| ·副溶血弧菌O10O血清型决定簇的鉴定 | 第61-63页 |
| ·副溶血弧菌O11O血清型决定簇的鉴定 | 第63-65页 |
| ·副溶血弧菌O13O血清型决定簇的鉴定 | 第65-66页 |
| 第二节 特异引物的筛选及多重PCR体系的确立 | 第66-74页 |
| ·副溶血弧菌13种O血清型特异引物的筛选 | 第66-72页 |
| ·副溶血弧菌O血清型决定簇序列分析 | 第66-68页 |
| ·副溶血弧菌高度相似O血清型序列比对分析 | 第68-70页 |
| ·副溶血弧菌O血清型特异引物筛选 | 第70-72页 |
| ·副溶血弧菌多重PCR体系建立 | 第72-74页 |
| 第三节 副溶血弧菌多重PCR体系性能评价实验 | 第74-75页 |
| ·多重PCR体系特异性实验 | 第74页 |
| ·副溶血弧菌和其它种属菌株的特异性检测结果 | 第74页 |
| ·分离自临床样品中的副溶血弧菌双盲样品检测结果 | 第74页 |
| ·灵敏度实验 | 第74-75页 |
| ·DNA灵敏度 | 第74页 |
| ·菌数灵敏度 | 第74-75页 |
| ·模拟样品实验 | 第75页 |
| (Ⅱ)沙门氏菌46种O血清群分子分型基因芯片的研制 | 第75-96页 |
| 第二节 特异引物的筛选和多重PCR体系确立 | 第75-85页 |
| ·沙门氏菌O血清群特异引物的设计 | 第75-84页 |
| ·沙门氏菌O抗原基因簇序列分析 | 第75-77页 |
| ·沙门氏菌相似度较高的几个O抗原基因簇序列比较 | 第77-78页 |
| ·沙门氏菌和相似度较高的大肠杆菌O抗原基因簇 | 第78-79页 |
| ·沙门氏菌46个血清群特异基因的筛选 | 第79-82页 |
| ·沙门氏菌特异引物的设计和筛选 | 第82-84页 |
| ·用于扩增靶基因的多重PCR的设计和优化 | 第84-85页 |
| 第二节 沙门氏菌46种O血清群探针的设计和筛选 | 第85-88页 |
| ·特异探针的设计 | 第85页 |
| ·特异探针的筛选 | 第85-88页 |
| 第三节 沙门氏菌芯片性能评价实验 | 第88-96页 |
| ·沙门氏菌芯片特异性实验 | 第88-92页 |
| ·所有的沙门氏菌杂交结果 | 第88-92页 |
| ·非沙门氏菌菌株杂交结果 | 第92页 |
| ·沙门氏菌芯片灵敏度实验 | 第92-94页 |
| ·DNA灵敏度实验 | 第92-93页 |
| ·菌数度灵敏度实验 | 第93-94页 |
| ·沙门氏菌芯片双盲实验 | 第94-95页 |
| ·沙门氏菌芯片模拟样品实验 | 第95-96页 |
| 第四章 结论与讨论 | 第96-100页 |
| 第二部分 两株不同宿主来源的大肠杆菌O156：H25的比较基因组学和转录组学研究 | 第100-142页 |
| 第一章 引言 | 第101-121页 |
| 第一节 研究背景简介 | 第101-119页 |
| ·微生物基因组学研究进展 | 第101-105页 |
| ·基因组 | 第101页 |
| ·基因组学 | 第101-102页 |
| ·基因组学的研究策略 | 第102-103页 |
| ·功能基因组学 | 第103-104页 |
| ·比较基因组学 | 第104-105页 |
| ·微生物转录组学研究进展 | 第105-108页 |
| ·转录组学 | 第105页 |
| ·转录组学的研究策略 | 第105-108页 |
| ·DNA测序技术发展 | 第108-113页 |
| ·第一代测序法 | 第108-110页 |
| ·Sanger双脱氧链末端终止法测序 | 第108页 |
| ·Gilbert化学裂解法 | 第108-109页 |
| ·焦磷酸测序技术 | 第109-110页 |
| ·第二代测序技术 | 第110-112页 |
| ·454 GS FLX测序技术 | 第110-111页 |
| ·Solexa测序技术 | 第111-112页 |
| ·ABI测序技术 | 第112页 |
| ·第三代测序技术 | 第112-113页 |
| ·肠道致病性大肠杆菌研究进展 | 第113-119页 |
| ·肠出血性大肠杆菌的致病因子 | 第114页 |
| ·肠出血性大肠杆菌的致病机制 | 第114页 |
| ·LEE致病岛 | 第114-116页 |
| ·效应子蛋白 | 第116-117页 |
| ·重要的致病因子 | 第117-119页 |
| 第二节 本工作的研究内容、目标和创新性 | 第119-121页 |
| ·本实验研究背景 | 第119页 |
| ·研究内容 | 第119-120页 |
| ·E.coli O156：H25菌株的比较基因组学研究 | 第119-120页 |
| ·E.coli O156：H25菌株的比较转录组学研究 | 第120页 |
| ·研究目标 | 第120页 |
| ·创新性 | 第120-121页 |
| 第二章 材料与方法 | 第121-126页 |
| 第一节 实验材料 | 第121-122页 |
| ·菌株 | 第121页 |
| ·细胞株 | 第121页 |
| ·试剂 | 第121-122页 |
| 第二节 实验方法 | 第122-126页 |
| ·基因组测序 | 第122页 |
| ·基因组序列拼接 | 第122页 |
| ·基因预测和注释 | 第122页 |
| ·基因组多序列比对分析 | 第122页 |
| ·转录组测序样本制备 | 第122-124页 |
| ·样本准备 | 第122-123页 |
| ·RNA提取 | 第123页 |
| ·RNA纯化和富集 | 第123-124页 |
| ·RNA文库构建 | 第124页 |
| ·转录组测序 | 第124页 |
| ·转录组测序结果处理 | 第124页 |
| ·细胞粘附实验 | 第124-125页 |
| ·细胞培养 | 第124-125页 |
| ·细胞粘附 | 第125页 |
| ·细菌动力实验 | 第125-126页 |
| 第三章 结果与分析 | 第126-140页 |
| 第一节 基因组学比较 | 第126-137页 |
| ·PT199和CB647基本特性差别 | 第126-127页 |
| ·PT199和CB647基因组概况 | 第127-128页 |
| ·PT199和CB647比较 | 第128-134页 |
| ·特异基因分析 | 第128-130页 |
| ·Snp和假基因分析 | 第130-131页 |
| ·效应子蛋白比较 | 第131-134页 |
| ·12株E.coli O156：H25基因组比较 | 第134-137页 |
| 第二节 转录组学比较 | 第137-140页 |
| ·PT199和CB647转录组 | 第137-139页 |
| ·吸附后基因表达变化 | 第137-138页 |
| ·PT199和CB647基因表达比较 | 第138-139页 |
| ·几类与致病性相关基因的转录组变化 | 第139-140页 |
| ·LEE致病岛转录组变化 | 第139页 |
| ·鞭毛相关基因转录组变化 | 第139页 |
| ·菌毛相关基因转录组变化 | 第139-140页 |
| 第四章 结论与讨论 | 第140-142页 |
| 参考文献 | 第142-152页 |
| 致谢 | 第152-154页 |
| 个人简历、在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第154-156页 |
