| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 目录 | 第5-7页 |
| 植物致病菌缩略词索引 | 第7-8页 |
| 第一章 引言 | 第8-13页 |
| ·研究目的和意义 | 第8页 |
| ·国内外植物致病菌基因组学研究现状分析 | 第8-9页 |
| ·植物致病菌基因组学研究目前存在的问题 | 第9-11页 |
| ·研究内容和技术路线 | 第11-13页 |
| 第二章 植物致病菌基因组假定基因识别和注释 | 第13-36页 |
| ·数据来源 | 第13页 |
| ·植物致病菌概述 | 第13-15页 |
| ·嗜酸菌属(Acidovorax) | 第13页 |
| ·土壤杆菌属(Agrobacterium) | 第13页 |
| ·棒形杆菌属(Clavibacter) | 第13-14页 |
| ·欧文氏菌属(Erwinia) | 第14页 |
| ·假单胞菌属(Pseudomonas) | 第14页 |
| ·青枯病菌属(Ralstonia) | 第14-15页 |
| ·黄单胞菌属(Xanthomonas) | 第15页 |
| ·木质部小菌属(Xylella) | 第15页 |
| ·研究方法 | 第15-24页 |
| ·非编码序列识别方法 | 第15-18页 |
| ·直系同源聚类(Cluster of orthologous group,COG)分析 | 第18-19页 |
| ·主成分分析(Principal component analysis,PCA) | 第19页 |
| ·GS-Finder计算翻译起始位点 | 第19-23页 |
| ·BLAST方法和文献检索法注释假定基因 | 第23-24页 |
| ·结果与讨论 | 第24-36页 |
| ·识别非编码序列准确性 | 第26-31页 |
| ·翻译起始位点的结果分析 | 第31-34页 |
| ·假定基因功能注释结果分析 | 第34-36页 |
| 第三章 植物致病菌基因组表达水平预测 | 第36-39页 |
| ·研究方法简述 | 第36-37页 |
| ·基因群之间密码子使用差异的计算 | 第36页 |
| ·基因表达的度量指标 | 第36-37页 |
| ·高表达基因的限定 | 第37页 |
| ·操作步骤 | 第37-38页 |
| ·CAI的操作步骤 | 第37页 |
| ·E(g)的操作步骤 | 第37-38页 |
| ·结果分析 | 第38-39页 |
| 第四章 植物致病菌潜在靶标 | 第39-48页 |
| ·药物靶标概述 | 第39页 |
| ·潜在靶标的寻找思路 | 第39-40页 |
| ·寻找植物致病菌的潜在靶标 | 第40页 |
| ·同源模建靶标3D结构 | 第40-44页 |
| ·分子动力学 | 第41页 |
| ·分子模拟计算中的几种数理方法 | 第41-42页 |
| ·自由能计算 | 第42页 |
| ·同源蛋白的模建 | 第42-44页 |
| ·结果与讨论 | 第44-48页 |
| 第五章 植物致病菌数据库的构建 | 第48-55页 |
| ·构建数据库用到的计算机技术 | 第48-51页 |
| ·数据库运作模式的选择 | 第48页 |
| ·数据库构建及运行应用的软件 | 第48-50页 |
| ·HTML(超文本标注语言) | 第50-51页 |
| ·数据库的构建过程 | 第51页 |
| ·WEB页面设计和PHP连接数据库的实现 | 第51页 |
| ·数据库对外服务 | 第51页 |
| ·小结 | 第51-55页 |
| 第六章 总结 | 第55-56页 |
| 参考文献 | 第56-60页 |
| 硕士期间发表文章 | 第60-61页 |
| 致谢 | 第61页 |