| 摘要 | 第5-8页 |
| abstract | 第8-11页 |
| 第1章 绪论 | 第18-34页 |
| 1.1 色素沉积及体色多态性研究进展 | 第18-23页 |
| 1.1.1 色素细胞及其所含色素是决定动物体色的关键因素 | 第19-20页 |
| 1.1.2 动物体色研究已深入至分子水平并进入基因编辑时代 | 第20-22页 |
| 1.1.3 色素研究的应用前景 | 第22-23页 |
| 1.2 棘皮动物色素调控研究进展 | 第23-28页 |
| 1.2.1 色素研究进展 | 第23-26页 |
| 1.2.2 色素合成关键基因研究进展 | 第26-28页 |
| 1.3 不同体色刺参研究进展 | 第28-31页 |
| 1.3.1 不同体色刺参的生理特征及生态适应性 | 第28-30页 |
| 1.3.2 刺参色素沉积及体色多态性调控机制亟待系统深入研究 | 第30-31页 |
| 1.4 研究目的、意义与研究思路 | 第31-33页 |
| 1.4.1 研究目的与意义 | 第31-32页 |
| 1.4.2 科学问题 | 第32页 |
| 1.4.3 研究内容与技术路线 | 第32-33页 |
| 1.4.4 预期成果 | 第33页 |
| 1.5 本章小结 | 第33-34页 |
| 第2章 刺参色素种类、含量及黑色素细胞比较研究 | 第34-46页 |
| 2.1 研究背景 | 第34-36页 |
| 2.2 材料与方法 | 第36-39页 |
| 2.2.1 样品采集与处理 | 第36页 |
| 2.2.2 透射电镜切片的制作过程 | 第36页 |
| 2.2.3 黑色素分析 | 第36-37页 |
| 2.2.4 虾青素分析 | 第37页 |
| 2.2.5 β-胡萝卜素分析 | 第37页 |
| 2.2.6 鸟嘌呤分析 | 第37页 |
| 2.2.7 蝶酸分析 | 第37-38页 |
| 2.2.8 玉米黄素和叶黄素分析 | 第38页 |
| 2.2.9 黄体酮分析 | 第38页 |
| 2.2.10 番茄红素分析 | 第38页 |
| 2.2.11 数据分析 | 第38-39页 |
| 2.3 实验结果 | 第39-42页 |
| 2.3.1 白刺参色素种类少于其他色型刺参 | 第39页 |
| 2.3.2 刺参色型越深则色素含量越高 | 第39-41页 |
| 2.3.3 黑色素小体分泌到细胞外的黑色素颗粒含量 | 第41-42页 |
| 2.4 讨论 | 第42-43页 |
| 2.4.1 色素是刺参体色形成的一项决定性因素 | 第42-43页 |
| 2.4.2 黑色素对于刺参体色起到关键作用 | 第43页 |
| 2.5 本章小结 | 第43-46页 |
| 第3章 刺参体色发生各阶段生长生理特性比较研究 | 第46-58页 |
| 3.1 研究背景 | 第46-47页 |
| 3.2 材料与方法 | 第47-49页 |
| 3.2.1 刺参养殖及样品收集处理 | 第47页 |
| 3.2.2 生长率、成活率及色素沉积 | 第47-48页 |
| 3.2.3 组织切片的制作与观察 | 第48-49页 |
| 3.2.4 透射电镜切片的制作过程 | 第49页 |
| 3.2.5 数据分析 | 第49页 |
| 3.3 实验结果 | 第49-55页 |
| 3.3.1 成活率和生长率 | 第49-52页 |
| 3.3.2 组织学观察分析 | 第52-53页 |
| 3.3.3 色素细胞 | 第53-55页 |
| 3.4 讨论 | 第55-57页 |
| 3.4.1 不同色型刺参间的生长差异 | 第55-56页 |
| 3.4.2 不同色型刺参间的黑色素细胞、黑色素差异 | 第56-57页 |
| 3.5 本章小结 | 第57-58页 |
| 第4章 刺参体色发生三阶段转录组分析 | 第58-92页 |
| 4.1 研究背景 | 第58-59页 |
| 4.2 材料与方法 | 第59-65页 |
| 4.2.1 样品收集及处理 | 第59-61页 |
| 4.2.2 RNA提取、文库制备及Illumina测序 | 第61-62页 |
| 4.2.3 转录组数据质控和组装 | 第62页 |
| 4.2.4 基因功能注释 | 第62页 |
| 4.2.5 差异表达基因鉴定及富集分析 | 第62-63页 |
| 4.2.6 Real time PCR鉴定 | 第63-65页 |
| 4.2.7 SSR和 SNP检测 | 第65页 |
| 4.3 实验结果 | 第65-86页 |
| 4.3.1 De novo转录组测序和组装 | 第65-66页 |
| 4.3.2 转录组数据的功能注释和分类 | 第66-72页 |
| 4.3.3 白、青、紫刺参色素沉积过程差异表达基因的鉴定与验证 | 第72-75页 |
| 4.3.4 差异表达基因的功能富集 | 第75-84页 |
| 4.3.5 SSRs和SNPs的鉴定 | 第84-86页 |
| 4.4 讨论 | 第86-90页 |
| 4.4.1 黑色素合成和黑素瘤 | 第87-88页 |
| 4.4.2 Wnt信号通路、Notch信号通路、c AMP信号通路和Ras信号通路 | 第88-89页 |
| 4.4.3 上皮细胞发育和表皮生长因子应答 | 第89页 |
| 4.4.4 生长因子的活性和生长 | 第89-90页 |
| 4.5 本章小结 | 第90-92页 |
| 第5章 紫刺参体色发生三阶段蛋白质组学分析 | 第92-110页 |
| 5.1 研究背景 | 第92-93页 |
| 5.2 材料与方法 | 第93-96页 |
| 5.2.1 样品收集及处理 | 第93-94页 |
| 5.2.2 蛋白质提取,消化和IBT标记 | 第94页 |
| 5.2.3 肽分级分离和LC-MS/ MS分析 | 第94-95页 |
| 5.2.4 蛋白质鉴定和定量 | 第95页 |
| 5.2.5 Gene Ontology(GO)和 Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)通路分析 | 第95-96页 |
| 5.2.6 差异表达蛋白的验证 | 第96页 |
| 5.3 实验结果 | 第96-104页 |
| 5.3.1 蛋白质组数据总体分析 | 第96-100页 |
| 5.3.2 差异蛋白GO和 KEGG通路富集分析 | 第100-103页 |
| 5.3.3 Real time PCR验证 | 第103-104页 |
| 5.4 讨论 | 第104-108页 |
| 5.4.1 黑色素合成、黑色素小体、黑素瘤和色素生物合成 | 第104-106页 |
| 5.4.2 表皮发育和Ras信号通路 | 第106-107页 |
| 5.4.3 Wnt信号通路、紫外线应对通路和酪氨酸代谢 | 第107-108页 |
| 5.5 本章小结 | 第108-110页 |
| 第6章 刺参体色发生时阶段代谢组分析 | 第110-124页 |
| 6.1 研究背景 | 第110-111页 |
| 6.2 材料与方法 | 第111-112页 |
| 6.2.1 样品收集 | 第111页 |
| 6.2.2 样品处理及代谢物提取 | 第111页 |
| 6.2.3 UHPLC-QTOF-MS分析 | 第111-112页 |
| 6.2.4 数据处理及代谢物鉴定 | 第112页 |
| 6.2.5 差异代谢物筛选 | 第112页 |
| 6.3 实验结果 | 第112-121页 |
| 6.3.1 UHPLC-QTOF-MS分析结果概述 | 第112-113页 |
| 6.3.2 不同色型刺参间差异代谢物比较分析 | 第113-119页 |
| 6.3.3 差异代谢物KEGG富集分析 | 第119-121页 |
| 6.4 讨论 | 第121-122页 |
| 6.5 本章小结 | 第122-124页 |
| 第7章 MITF基因在不同色型刺参中的差异研究 | 第124-148页 |
| 7.1 研究背景 | 第124-126页 |
| 7.2 材料与方法 | 第126-131页 |
| 7.2.1 样品收集 | 第126页 |
| 7.2.2 Real time PCR分析 | 第126-127页 |
| 7.2.3 原位杂交分析 | 第127-128页 |
| 7.2.4 Western Blot分析 | 第128页 |
| 7.2.5 免疫组化分析 | 第128-129页 |
| 7.2.6 多态性分析 | 第129-130页 |
| 7.2.7 ChIP-seq分析 | 第130-131页 |
| 7.3 实验结果 | 第131-143页 |
| 7.3.1 刺参体壁MITF基因表达分析 | 第131-134页 |
| 7.3.2 MITF基因SNP多态性位点及比较分析 | 第134-137页 |
| 7.3.3 MITF的结合序列分析 | 第137-143页 |
| 7.4 讨论 | 第143-145页 |
| 7.5 本章小结 | 第145-148页 |
| 第8章 不同色型刺参杂交、自交家系子代分析 | 第148-154页 |
| 8.1 研究背景 | 第148-149页 |
| 8.2 材料与方法 | 第149-150页 |
| 8.2.1 材料收集及暂养驯化 | 第149页 |
| 8.2.2 实验设计 | 第149-150页 |
| 8.2.3 养殖管理 | 第150页 |
| 8.2.4 实验取样 | 第150页 |
| 8.2.5 体重及体色发生阶段分析 | 第150页 |
| 8.3 实验结果 | 第150-152页 |
| 8.3.1 家系子代体色统计分析 | 第150-151页 |
| 8.3.2 家系子代体重统计分析 | 第151-152页 |
| 8.4 讨论 | 第152-153页 |
| 8.5 本章小结 | 第153-154页 |
| 第9章 总结与展望 | 第154-158页 |
| 9.1 研究总结 | 第154页 |
| 9.2 创新性 | 第154-155页 |
| 9.3 存在问题 | 第155页 |
| 9.4 研究展望 | 第155-158页 |
| 参考文献 | 第158-180页 |
| 致谢 | 第180-184页 |
| 作者简历及攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 | 第184-187页 |
