| 摘要 | 第9-11页 |
| Abstract | 第11-13页 |
| 第一章 前言 | 第14-27页 |
| 1.1 微生物培养概况 | 第14-15页 |
| 1.2 微生物不可培养的发现、原因及现有的解决思路 | 第15-21页 |
| 1.2.1 微生物不可培养的发现 | 第15-16页 |
| 1.2.2 微生物不可培养的原因推测 | 第16-17页 |
| 1.2.3 目前解决未培养微生物的策略 | 第17-21页 |
| 1.3 关于对微生物不可培养现象的再思考 | 第21-25页 |
| 1.3.1 微氧可能是影响未培养微生物分离培养的关键因素 | 第21-25页 |
| 1.3.2 基于16S rRNA基因高通量测序技术评估细菌的可培养率 | 第25页 |
| 1.4 活性污泥 | 第25-26页 |
| 1.5 本论文研究意义 | 第26-27页 |
| 第二章 材料与方法 | 第27-37页 |
| 2.1 实验材料 | 第27-30页 |
| 2.1.1 活性污泥样品采集 | 第27页 |
| 2.1.2 耗材 | 第27页 |
| 2.1.3 仪器 | 第27-29页 |
| 2.1.4 药品和试剂 | 第29-30页 |
| 2.2 实验方法 | 第30-37页 |
| 2.2.1 不同培养基制备 | 第30页 |
| 2.2.2 常用试剂配制 | 第30页 |
| 2.2.3 氧浓度对微生物分离培养影响实验 | 第30-32页 |
| 2.2.4 厌氧箱中氧气浓度的控制 | 第32页 |
| 2.2.5 培养平板“刮菌”实验 | 第32-33页 |
| 2.2.6 试剂盒提取基因组DNA(FastDNA~(TM) Spin kit for Soil) | 第33页 |
| 2.2.7 扩增16S rRNA基因V4区 | 第33-35页 |
| 2.2.8 基于全长16S rRNA基因序列构建系统发育树分析 | 第35页 |
| 2.2.9 16S rRNA基因扩增子高通量测序数据分析 | 第35页 |
| 2.2.10 划分zOTU为潜在的不同分类阶元新类群的判定标准 | 第35-37页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第37-70页 |
| 3.1 基于16SrRNA基因扩增子高通量测序分析培养平板“刮菌”样品的可培养微生物 | 第37-55页 |
| 3.1.1 内参检出率证明测序获得的序列来自于平板上生长的微生物 | 第37-38页 |
| 3.1.2 不同氧浓度可培养细菌α多样性分析 | 第38-40页 |
| 3.1.3 不同氧浓度可培养细菌在不同分类水平的物种组成及丰度情况 | 第40-47页 |
| 3.1.4 氧气对可培养微生物的选择性 | 第47-51页 |
| 3.1.5 不同氧浓度对可培养微生物新种率的影响 | 第51-55页 |
| 3.2 活性污泥原始样品微生物类群在不同氧气条件下的可培养情况 | 第55-59页 |
| 3.3 微生物群落的β多样性分析 | 第59-60页 |
| 3.4 菌株鉴定和基于16S rRNA基因系统发生分析 | 第60-70页 |
| 3.4.1 所有菌株鉴定信息 | 第60-62页 |
| 3.4.2 基于16S rRNA基因系统发生分析 | 第62-70页 |
| 第四章 结论 | 第70-71页 |
| 第五章 创新点、不足与展望 | 第71-72页 |
| 参考文献 | 第72-83页 |
| 附录 | 第83-90页 |
| 致谢 | 第90页 |
