| 摘要 | 第10-12页 |
| 英文摘要 | 第12-14页 |
| 1 前言 | 第15-32页 |
| 1.1 番茄与叶霉菌互作机制研究进展 | 第15-25页 |
| 1.1.1 番茄叶霉病症状 | 第15-16页 |
| 1.1.2 番茄叶霉菌 | 第16-17页 |
| 1.1.3 番茄叶霉菌侵染机制 | 第17-18页 |
| 1.1.4 番茄叶霉菌抗病基因Cf和无毒基因Avr研究进展 | 第18-23页 |
| 1.1.5 番茄抗叶霉病免疫系统 | 第23-24页 |
| 1.1.6 番茄抗病信号途径及下游响应反应 | 第24-25页 |
| 1.2 高通量测序技术在番茄上的应用 | 第25-28页 |
| 1.2.1 转录组水平测序 | 第26-27页 |
| 1.2.2 基因组水平测序 | 第27-28页 |
| 1.3 分子标记辅助选择育种在番茄中的应用 | 第28-30页 |
| 1.3.1 分子标记的主要技术 | 第28-29页 |
| 1.3.2 分子标记在番茄抗病中的应用 | 第29-30页 |
| 1.4 研究的目的与意义 | 第30页 |
| 1.5 研究的内容与技术路线 | 第30-32页 |
| 1.5.1 研究内容 | 第30-31页 |
| 1.5.2 技术路线 | 第31-32页 |
| 2 番茄抗叶霉病基因Cf-10的抗性范围鉴定与生理指标的测定 | 第32-40页 |
| 2.1 材料与方法 | 第32-34页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第32页 |
| 2.1.2 实验方法 | 第32-34页 |
| 2.2 结果与分析 | 第34-38页 |
| 2.2.1 Cf-10基因的抗性范围鉴定 | 第34-35页 |
| 2.2.2 番茄与叶霉菌的亲和互作与非亲和互作过程观察 | 第35-38页 |
| 2.3 讨论 | 第38-40页 |
| 3 番茄抗叶霉病基因Cf-10的初步定位 | 第40-53页 |
| 3.1 材料与方法 | 第40-43页 |
| 3.1.1 实验材料与处理 | 第40页 |
| 3.1.2 实验方法 | 第40-43页 |
| 3.2 结果分析 | 第43-51页 |
| 3.2.1 Cf-10基因遗传规律的研究 | 第43页 |
| 3.2.2 测序数据的总体质量控制 | 第43-44页 |
| 3.2.3 测序数据与参考基因组的比对统计 | 第44页 |
| 3.2.4 插入片段分布统计 | 第44-45页 |
| 3.2.5 样品覆盖深度和覆盖度比例统计 | 第45页 |
| 3.2.6 SNP的关联分析与Indel的关联分析 | 第45-50页 |
| 3.2.7 候选区域内基因的功能注释 | 第50-51页 |
| 3.3 讨论 | 第51-53页 |
| 4 KASP标记精细定位番茄抗叶霉病基因Cf-10 | 第53-62页 |
| 4.1 材料与方法 | 第53-55页 |
| 4.1.1 实验材料与处理 | 第53页 |
| 4.1.2 实验方法 | 第53-55页 |
| 4.2 结果与分析 | 第55-61页 |
| 4.2.1 F2代群体的表型与基因型分析 | 第55-60页 |
| 4.2.2 F2代群体的KASP检测的散点图 | 第60-61页 |
| 4.2.3 利用KASP标记对Cf-10基因精细定位 | 第61页 |
| 4.3 讨论 | 第61-62页 |
| 5 番茄与叶霉菌亲和互作与非亲和互作的转录组分析 | 第62-83页 |
| 5.1 材料与方法 | 第62-69页 |
| 5.1.1 实验材料与处理 | 第62页 |
| 5.1.2 实验方法 | 第62-69页 |
| 5.2 结果与分析 | 第69-80页 |
| 5.2.1 RNA-Seq的数据质量评估 | 第69-71页 |
| 5.2.2 RNA-Seq的数据与参考基因组比对的结果 | 第71-72页 |
| 5.2.3 转录组数据之间重复相关性的分析 | 第72-73页 |
| 5.2.4 差异表达基因(DEG)的数目分析 | 第73-76页 |
| 5.2.5 差异表达基因(DEG)的GO分析 | 第76-77页 |
| 5.2.6 差异表达基因(DEG)的KEGGPathway分析 | 第77-78页 |
| 5.2.7 差异基因的代谢与调控途径分析 | 第78页 |
| 5.2.8 差异基因的qRT-PCR验证 | 第78-80页 |
| 5.3 讨论 | 第80-83页 |
| 6 全文总结 | 第83-85页 |
| 6.1 全文结论 | 第83页 |
| 6.2 创新点 | 第83页 |
| 6.3 不足之处 | 第83-85页 |
| 致谢 | 第85-86页 |
| 参考文献 | 第86-94页 |
| 附录 | 第94-150页 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 | 第150页 |
