| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 英文缩略表 | 第12-13页 |
| 第一章 引言 | 第13-23页 |
| 1.1 磷元素的利用现状 | 第13-14页 |
| 1.2 植物对低磷胁迫的应答机制 | 第14-16页 |
| 1.3 SNP鉴定平台与玉米耐低磷种质资源筛选 | 第16-18页 |
| 1.4 关联分析在玉米遗传研究中的广泛应用 | 第18-20页 |
| 1.5 分离体混合分析在基因定位中的应用 | 第20-21页 |
| 1.6 全基因组选择和预测在植物育种中的应用 | 第21页 |
| 1.7 研究内容和方法 | 第21-22页 |
| 1.8 技术路线 | 第22-23页 |
| 第二章 55 K分子育种芯片性能评价及我国玉米自交系的杂种优势类群分析 | 第23-35页 |
| 2.1 材料与方法 | 第23-25页 |
| 2.1.1 试验材料 | 第23页 |
| 2.1.2 试验仪器和耗材 | 第23页 |
| 2.1.3 实验试剂和药品 | 第23页 |
| 2.1.4 DNA提取方法 | 第23-25页 |
| 2.1.5 群体遗传分析方法 | 第25页 |
| 2.1.6 连锁不平衡和相对亲缘关系（kinship） | 第25页 |
| 2.2 结果与分析 | 第25-32页 |
| 2.2.1 芯片测序质量 | 第25-26页 |
| 2.2.2 芯片设计在温热带玉米群体间不存在偏向性 | 第26-28页 |
| 2.2.3 LD和kinship结果 | 第28-29页 |
| 2.2.4 杂种优势类群的划分 | 第29-31页 |
| 2.2.5 55K芯片相较于Illumina? Maize SNP50 Bead Chip芯片的优势 | 第31-32页 |
| 2.2.6 核心标记筛选结果 | 第32页 |
| 2.3 讨论 | 第32-35页 |
| 第三章 玉米耐低磷胁迫全基因组关联分析 | 第35-59页 |
| 3.1 材料与方法 | 第35-39页 |
| 3.1.1 试验材料 | 第35页 |
| 3.1.2 田间试验与性状调查 | 第35-36页 |
| 3.1.3 表型数据分析 | 第36-37页 |
| 3.1.4 基因型数据和LD分析 | 第37页 |
| 3.1.5 RNA-seq和WGCNA分析 | 第37-38页 |
| 3.1.6 全基因组选择 | 第38-39页 |
| 3.2 结果与分析 | 第39-53页 |
| 3.2.1 玉米耐低磷相关性状的表型变异 | 第39-40页 |
| 3.2.2 性状遗传率、变异和相关性 | 第40-42页 |
| 3.2.3 耐低磷胁迫的玉米杂种优势类群 | 第42-43页 |
| 3.2.4 全基因组关联分析揭示的耐低磷位点和优势单倍型 | 第43-46页 |
| 3.2.5 与耐低磷相关的候选基因及其功能 | 第46-47页 |
| 3.2.6 RNA-seq和WGCNA揭示的耐低磷分子机制 | 第47-50页 |
| 3.2.7 玉米耐低磷相关性状全基因组选择和预测结果 | 第50-53页 |
| 3.3 讨论 | 第53-59页 |
| 3.3.1 耐低磷目标性状选择和优良自交系筛选 | 第53-54页 |
| 3.3.2 与前人QTL定位结果比较 | 第54-55页 |
| 3.3.3 环境因素对耐低磷表型鉴定和关联分析的影响 | 第55-56页 |
| 3.3.4 玉米耐低磷胁迫候选基因及四条主要应答途径 | 第56-57页 |
| 3.3.5 GWAS与GS相结合提高玉米耐低磷分子育种效率 | 第57-59页 |
| 第四章 F_(2:3)群体耐低磷相关性状DNA混池测序分析 | 第59-65页 |
| 4.1 材料与方法 | 第59-60页 |
| 4.1.1 试验材料 | 第59页 |
| 4.1.2 田间设计和性状调查 | 第59页 |
| 4.1.3 数据分析 | 第59页 |
| 4.1.4 田间取样 | 第59页 |
| 4.1.5 DNA提取和混池测序 | 第59-60页 |
| 4.1.6 原始测序数据处理 | 第60页 |
| 4.1.7 数据分析流程 | 第60页 |
| 4.2 结果与分析 | 第60-63页 |
| 4.2.1 F_(2:3) 家系的表型变异 | 第60-61页 |
| 4.2.2 理想的测序质量 | 第61-62页 |
| 4.2.3 与玉米耐低磷相关的候选基因区段 | 第62-63页 |
| 4.3 讨论 | 第63-65页 |
| 第五章 全文结论 | 第65-66页 |
| 参考文献 | 第66-79页 |
| 附录 | 第79-120页 |
| 致谢 | 第120-121页 |
| 作者简介 | 第121页 |
