| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-38页 |
| 1.1 昆虫体内共生病毒的研究 | 第16-25页 |
| 1.1.1 昆虫病毒研究概况 | 第16-18页 |
| 1.1.2 昆虫与病毒的共生关系 | 第18-24页 |
| 1.1.2.1 内源性病毒 | 第19-21页 |
| 1.1.2.2 病毒与昆虫的互利共生 | 第21-22页 |
| 1.1.2.3 共栖病毒 | 第22-24页 |
| 1.1.3 褐飞虱体内的共生病毒 | 第24-25页 |
| 1.2 双顺反子病毒研究进展 | 第25-30页 |
| 1.2.1 病毒形态及理化特性 | 第26页 |
| 1.2.2 基因组结构及其功能 | 第26-28页 |
| 1.2.3 致病性及传播特点 | 第28页 |
| 1.2.4 昆虫的免疫反应 | 第28-29页 |
| 1.2.5 与其他小RNA病毒的关系 | 第29-30页 |
| 1.3 裸杆状病毒研究进展 | 第30-36页 |
| 1.3.1 裸杆状病毒的分类地位 | 第30-32页 |
| 1.3.2 病毒形态与生物学特性 | 第32-33页 |
| 1.3.3 裸杆状病毒的基因组 | 第33页 |
| 1.3.4 polh/gran基因 | 第33-34页 |
| 1.3.5 与其他大分子环状双链DNA病毒的关系 | 第34-36页 |
| 1.4 论文研究目的和思路 | 第36-38页 |
| 第二章 常用仪器、试剂及方法 | 第38-44页 |
| 2.1 常用仪器 | 第38页 |
| 2.2 常用试剂配制 | 第38-39页 |
| 2.3 培养基 | 第39页 |
| 2.4 常用实验方法 | 第39-44页 |
| 2.4.1 琼脂糖凝胶回收DNA片段 | 第39-40页 |
| 2.4.2 氯化钙法制备大肠杆菌感受态 | 第40页 |
| 2.4.3 T载体连接 | 第40页 |
| 2.4.4 热激法转化 | 第40页 |
| 2.4.5 提取质粒DNA | 第40-41页 |
| 2.4.6 酶切反应 | 第41页 |
| 2.4.7 基因组DNA提取 | 第41-42页 |
| 2.4.8 总RNA抽提 | 第42页 |
| 2.4.9 总RNA反转录 | 第42-43页 |
| 2.4.10 荧光定量PCR | 第43-44页 |
| 第三章 褐飞虱转录组中的RNA病毒序列 | 第44-50页 |
| 3.1 引言 | 第44页 |
| 3.2 材料和方法 | 第44-45页 |
| 3.2.1 昆虫种群及饲养 | 第44页 |
| 3.2.2 转录组测序、拼接与注释 | 第44-45页 |
| 3.2.3 多序列比对及系统发育分析 | 第45页 |
| 3.3 结果与分析 | 第45-49页 |
| 3.3.1 褐飞虱转录组中来源于RNA病毒的序列 | 第45-48页 |
| 3.3.1.1 双链RNA病毒序列 | 第45页 |
| 3.3.1.2 单正链RNA病毒序列 | 第45-47页 |
| 3.3.1.3 单负链RNA病毒序列 | 第47-48页 |
| 3.3.2 病毒在褐飞虱不同组织中的分布 | 第48-49页 |
| 3.4 讨论 | 第49-50页 |
| 第四章 褐飞虱C病毒的研究 | 第50-68页 |
| 4.1 引言 | 第50页 |
| 4.2 材料与方法 | 第50-54页 |
| 4.2.1 昆虫种群及饲养 | 第50页 |
| 4.2.2 病毒基因组序列分析 | 第50-51页 |
| 4.2.3 系统发育分析 | 第51-52页 |
| 4.2.4 NlCV的PCR检测 | 第52页 |
| 4.2.5 褐飞虱蜜露收集 | 第52-53页 |
| 4.2.6 透射电镜观察 | 第53页 |
| 4.2.7 病毒负链的检测 | 第53页 |
| 4.2.8 病毒在BPH中的水平传播 | 第53页 |
| 4.2.9 水稻植株中病毒的检测 | 第53页 |
| 4.2.10 本章所用引物 | 第53-54页 |
| 4.3 结果与分析 | 第54-65页 |
| 4.3.1 NlCV基因组序列分析 | 第54-59页 |
| 4.3.1.1 NlCV的基因组结构 | 第54-55页 |
| 4.3.1.2 NlCV的非结构蛋白 | 第55-56页 |
| 4.3.1.3 IGR-IRES的二级结构预测 | 第56页 |
| 4.3.1.4 NlCV的结构蛋白 | 第56-57页 |
| 4.3.1.5 系统发育分析 | 第57-59页 |
| 4.3.2 褐飞虱体内NlCV的检测 | 第59-61页 |
| 4.3.3 NlCV病毒粒子的电镜观察 | 第61页 |
| 4.3.4 NlCV的水平传播 | 第61-64页 |
| 4.3.5 病毒DNA的检测 | 第64-65页 |
| 4.4 讨论 | 第65-68页 |
| 第五章 昆虫转录组中类双顺反子病毒序列的鉴定 | 第68-78页 |
| 5.1 引言 | 第68页 |
| 5.2 材料和方法 | 第68-69页 |
| 5.2.1 类双顺反子病毒序列的检索 | 第68-69页 |
| 5.2.2 病毒序列分析 | 第69页 |
| 5.2.3 多序列比对及系统发育分析 | 第69页 |
| 5.3 结果与分析 | 第69-75页 |
| 5.3.1 昆虫转录组中的类双顺反子病毒序列 | 第69-71页 |
| 5.3.2 其他真核生物转录组中的类双顺反子病毒序列 | 第71-73页 |
| 5.3.3 系统发育分析 | 第73-75页 |
| 5.4 讨论 | 第75-78页 |
| 第六章 褐飞虱内源性裸杆状病毒的研究 | 第78-94页 |
| 6.1 引言 | 第78页 |
| 6.2 材料与方法 | 第78-82页 |
| 6.2.1 昆虫种群及饲养 | 第78页 |
| 6.2.2 基因组测序和拼接 | 第78-79页 |
| 6.2.3 褐飞虱体内NlENV的检测 | 第79页 |
| 6.2.4 NlENV基因序列分析 | 第79-80页 |
| 6.2.5 系统发育分析 | 第80页 |
| 6.2.6 荧光定量PCR检测 | 第80页 |
| 6.2.7 病毒的分离和纯化 | 第80-81页 |
| 6.2.8 本章所用引物 | 第81-82页 |
| 6.3 结果与分析 | 第82-91页 |
| 6.3.1 褐飞虱基因组中的裸杆状病毒序列 | 第82-86页 |
| 6.3.2 直系同源基因的排列 | 第86页 |
| 6.3.3 系统发育分析 | 第86-87页 |
| 6.3.4 褐飞虱体内NlENV序列的检测 | 第87-90页 |
| 6.3.5 NlENV基因在褐飞虱体内的表达情况 | 第90页 |
| 6.3.6 NlENV序列整合到宿主的基因组中 | 第90-91页 |
| 6.4 讨论 | 第91-94页 |
| 第七章 昆虫基因组中的内源性裸杆状病毒序列 | 第94-112页 |
| 7.1 引言 | 第94页 |
| 7.2 材料和方法 | 第94-98页 |
| 7.2.1 昆虫基因组中类裸杆状病毒序列鉴定 | 第94-97页 |
| 7.2.2 序列覆盖度分析 | 第97-98页 |
| 7.2.3 类病毒序列分析 | 第98页 |
| 7.2.4 多序列比对及系统发育分析 | 第98页 |
| 7.2.5 类病毒序列的表达分析 | 第98页 |
| 7.3 结果与分析 | 第98-110页 |
| 7.3.1 昆虫基因组中的类裸杆状病毒序列 | 第98-99页 |
| 7.3.2 节肢动物基因组中类病毒序列特征 | 第99-108页 |
| 7.3.3 类裸杆状病毒序列在宿主中的表达 | 第108-109页 |
| 7.3.4 系统发育分析 | 第109-110页 |
| 7.4 讨论 | 第110-112页 |
| 第八章 总结与展望 | 第112-116页 |
| 8.1 总结 | 第112-114页 |
| 8.2 本研究创新点 | 第114页 |
| 8.3 展望 | 第114-116页 |
| 参考文献 | 第116-126页 |
| 在读期间发表的论文 | 第126-128页 |
| 致谢 | 第128-129页 |